More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2105 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2105  sensor protein YgiY, putative  100 
 
 		 476 aa  975    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1928  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  81.68 
 
 		 465 aa  754    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0290384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2082  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  80.6 
 
 		 464 aa  753    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0367152  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2398  histidine kinase  82.11 
 
 		 465 aa  757    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00201135  normal  0.0208658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1921  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  81.9 
 
 		 465 aa  755    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000014063  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1886  ATPase domain-containing protein  87.47 
 
 		 464 aa  811    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  81.64 
 
 		 465 aa  756    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00272877  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1828  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  87.07 
 
 		 466 aa  813    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0770919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  87.5 
 
 		 466 aa  816    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00327402  normal  0.336975 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1129  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  50.78 
 
 		 467 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983019  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1982  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 		 464 aa  203  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3512  sensor histidine kinase  30.89 
 
 		 457 aa  194  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2327  histidine kinase  30.02 
 
 		 467 aa  191  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.205174 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0285  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.98 
 
 		 470 aa  189  9e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.723089  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1893  sensor histidine kinase  30.3 
 
 		 457 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4241  sensor protein QseC  30.66 
 
 		 449 aa  179  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2714  sensor histidine kinase  31.15 
 
 		 454 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1782  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.8 
 
 		 466 aa  178  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3038  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.93 
 
 		 454 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3355  histidine kinase  30.67 
 
 		 455 aa  176  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 		 450 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3308  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.11 
 
 		 454 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3018  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.09 
 
 		 454 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18640  sensory histidine protein kinase,two-component  30.25 
 
 		 472 aa  169  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0643  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 		 413 aa  169  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2816  sensor histidine kinase  28.74 
 
 		 449 aa  168  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2755  sensor protein qseC  29.07 
 
 		 454 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3989  sensor protein QseC  27.87 
 
 		 452 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2623  histidine kinase  28.13 
 
 		 519 aa  167  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1941  histidine kinase  29.72 
 
 		 514 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.531292  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0135  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 		 455 aa  163  7e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0665221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4531  sensor protein QseC  29.98 
 
 		 449 aa  162  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0682388  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6336  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 		 450 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.337613  normal  0.66239 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02898  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with QseB  28.91 
 
 		 449 aa  158  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0674  histidine kinase  28.91 
 
 		 449 aa  158  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3460  sensor protein QseC  28.91 
 
 		 449 aa  158  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02848  hypothetical protein  28.91 
 
 		 449 aa  158  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.684564  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3204  sensor protein QseC  28.91 
 
 		 449 aa  158  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 		 452 aa  157  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0671  sensor protein QseC  28.91 
 
 		 449 aa  158  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0679985 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003618  signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 		 475 aa  157  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4335  sensor protein QseC  28.69 
 
 		 449 aa  156  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3434  sensor protein QseC  31.06 
 
 		 449 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3315  sensor protein QseC  28.48 
 
 		 449 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0769555 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1373  sensor protein qseC  27.51 
 
 		 478 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622972  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3491  sensor protein QseC  28.69 
 
 		 449 aa  155  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3529  sensor protein QseC  31.06 
 
 		 449 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3359  sensor protein QseC  31.06 
 
 		 449 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1313  sensor protein  27.51 
 
 		 478 aa  154  5e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000254318  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3428  sensor protein QseC  31.06 
 
 		 449 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.561258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1536  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.73 
 
 		 449 aa  153  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2077  signal transduction histidine kinase sensor  30.39 
 
 		 487 aa  153  5.9999999999999996e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.200991  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1254  hypothetical protein  28.03 
 
 		 471 aa  152  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3363  sensor protein QseC  30.85 
 
 		 449 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.987162 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0140  sensor histidine kinase  26.16 
 
 		 471 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1253  hypothetical protein  28.03 
 
 		 471 aa  150  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03385  sensor histidine kinase  29.89 
 
 		 411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.367883  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3012  histidine kinase  29.09 
 
 		 475 aa  148  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0576  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.73 
 
 		 458 aa  147  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.176736 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0693  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.78 
 
 		 487 aa  146  9e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.62 
 
 		 453 aa  145  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3269  histidine kinase  32.22 
 
 		 474 aa  144  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.86332  normal  0.63748 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4142  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 		 463 aa  143  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.129438  normal  0.113394 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3670  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 		 463 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3251  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.68 
 
 		 446 aa  141  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3301  histidine kinase  30.46 
 
 		 439 aa  141  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4248  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 		 474 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.31722  normal  0.105539 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5522  Signal transduction histidine kinase  26.18 
 
 		 460 aa  140  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4118  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 		 474 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.137791  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2785  sensor histidine kinase  27.62 
 
 		 512 aa  140  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4830  two-component regulatory system sensory histidine kinase  27.23 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00276208  normal  0.0320947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3625  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 		 439 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1763  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 		 477 aa  139  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00600595 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4905  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.24 
 
 		 445 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.121062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2595  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 		 441 aa  138  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.580815  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0125  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 		 438 aa  139  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0421257 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3076  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 		 450 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.483241  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0674  sensor histidine kinase  26.77 
 
 		 438 aa  137  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.77 
 
 		 433 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0405734 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0309  sensor histidine kinase  26.82 
 
 		 438 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0052  sensor histidine kinase  26.82 
 
 		 438 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1010  sensor kinase protein  26.82 
 
 		 438 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0851  sensor histidine kinase  26.82 
 
 		 438 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3742  sensor protein BasS/PmrB  31.98 
 
 		 355 aa  136  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0846  sensor histidine kinase  26.82 
 
 		 438 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2438  sensor histidine kinase  26.82 
 
 		 438 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3608  sensor protein BasS/PmrB  31.98 
 
 		 355 aa  136  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000312076  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0604  sensor histidine kinase  26.82 
 
 		 438 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3403  two-component sensor kinase transcription regulator protein  29.48 
 
 		 446 aa  136  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3821  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.64 
 
 		 444 aa  136  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1184  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.78 
 
 		 480 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4342  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 		 476 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1338  sensor histidine kinase  26.84 
 
 		 452 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.117372  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2792  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 		 444 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0287  two-component system, sensor protein  27.32 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2102  sensor histidine kinase  30.25 
 
 		 472 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.801487  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3431  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.61 
 
 		 450 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.039017  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3681  hypothetical protein  28.37 
 
 		 455 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.740643 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2664  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.3 
 
 		 445 aa  134  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3333  histidine kinase  29.6 
 
 		 468 aa  133  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>