More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2042 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2042  putative sulfite oxidase subunit YedY  100 
 
 
344 aa  716    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2103  putative sulfite oxidase subunit YedY  88.08 
 
 
344 aa  640    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.890821  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2283  putative sulfite oxidase subunit YedY  87.79 
 
 
344 aa  640    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0379362  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2055  putative sulfite oxidase subunit YedY  87.5 
 
 
344 aa  637    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00062173  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2102  putative sulfite oxidase subunit YedY  87.79 
 
 
344 aa  640    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2109  putative sulfite oxidase subunit YedY  96.51 
 
 
344 aa  692    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.327015  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1865  putative sulfite oxidase subunit YedY  96.51 
 
 
344 aa  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.728701  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2271  putative sulfite oxidase subunit YedY  87.79 
 
 
344 aa  640    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0141273  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4557  putative sulfite oxidase subunit YedY  87.79 
 
 
344 aa  640    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2234  putative sulfite oxidase subunit YedY  96.22 
 
 
344 aa  691    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0607971  normal  0.313251 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2619  putative sulfite oxidase subunit YedY  74.63 
 
 
338 aa  531  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0854128  normal  0.179498 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2527  putative sulfite oxidase subunit YedY  73.04 
 
 
345 aa  526  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2123  putative sulfite oxidase subunit YedY  75.6 
 
 
336 aa  502  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2345  putative sulfite oxidase subunit YedY  70.03 
 
 
347 aa  490  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1893  putative sulfite oxidase subunit YedY  68.96 
 
 
334 aa  488  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.772909  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1981  putative sulfite oxidase subunit YedY  68.47 
 
 
340 aa  473  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141842  normal  0.726615 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2413  putative sulfite oxidase subunit YedY  66.96 
 
 
340 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2014  putative sulfite oxidase subunit YedY  65.64 
 
 
332 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.921473  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3633  putative sulfite oxidase subunit YedY  63.64 
 
 
338 aa  430  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01069  putative sulfite oxidase subunit YedY  62.76 
 
 
335 aa  417  9.999999999999999e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0576  putative sulfite oxidase subunit YedY  59 
 
 
341 aa  413  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1201  putative sulfite oxidase subunit YedY  58.38 
 
 
366 aa  402  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.229043  normal  0.403829 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3680  putative sulfite oxidase subunit YedY  61.18 
 
 
331 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0844677  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0462  putative sulfite oxidase subunit YedY  58.08 
 
 
366 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.512392  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4414  putative sulfite oxidase subunit YedY  59.02 
 
 
333 aa  398  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0244066  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3640  putative sulfite oxidase subunit YedY  59.46 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000496426 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0395  putative sulfite oxidase subunit YedY  58.08 
 
 
366 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3569  putative sulfite oxidase subunit YedY  59.16 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0584327  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3675  putative sulfite oxidase subunit YedY  59.46 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0647126  normal  0.489877 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0247  putative sulfite oxidase subunit YedY  61.3 
 
 
333 aa  398  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.15698  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3568  putative sulfite oxidase subunit YedY  59.16 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00040411  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01886  hypothetical protein  58.23 
 
 
334 aa  395  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000117188  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2202  putative sulfite oxidase subunit YedY  57.66 
 
 
334 aa  396  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000714656  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01876  hypothetical protein  58.23 
 
 
334 aa  395  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000821276  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3992  putative sulfite oxidase subunit YedY  62.35 
 
 
333 aa  397  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1214  putative sulfite oxidase subunit YedY  58.23 
 
 
334 aa  395  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000894438  normal  0.649922 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1674  putative sulfite oxidase subunit YedY  58.23 
 
 
334 aa  395  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00322488  normal  0.215149 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0912  putative sulfite oxidase subunit YedY  58.23 
 
 
334 aa  395  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000237537  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2072  putative sulfite oxidase subunit YedY  58.23 
 
 
334 aa  396  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.41751e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3737  putative sulfite oxidase subunit YedY  59.16 
 
 
334 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.256044  normal  0.0204641 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3838  putative sulfite oxidase subunit YedY  59.88 
 
 
333 aa  397  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00559103  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1680  oxidoreductase molybdopterin binding protein  57.93 
 
 
334 aa  392  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123038  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2750  putative sulfite oxidase subunit YedY  57.93 
 
 
334 aa  392  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000229765  normal  0.192354 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3690  putative sulfite oxidase subunit YedY  58.54 
 
 
333 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.20174  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0257  putative sulfite oxidase subunit YedY  61.06 
 
 
333 aa  386  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.258803  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1017  putative sulfite oxidase subunit YedY  59.26 
 
 
317 aa  387  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0990  putative sulfite oxidase subunit YedY  54.12 
 
 
319 aa  359  3e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0932  putative sulfite oxidase subunit YedY  54.12 
 
 
319 aa  359  3e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.958125  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0349  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.45 
 
 
331 aa  350  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0106094 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3608  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.68 
 
 
331 aa  349  4e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0264425  hitchhiker  0.0000000362399 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2485  putative sulfite oxidase subunit YedY  55.38 
 
 
317 aa  347  1e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.471576  normal  0.23616 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2804  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.21 
 
 
331 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321388  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1368  putative sulfite oxidase subunit YedY  54.12 
 
 
319 aa  345  7e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2758  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.07 
 
 
331 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1013  putative sulfite oxidase subunit YedY  63.81 
 
 
313 aa  344  1e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.300604 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3454  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.07 
 
 
331 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.926854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3711  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.07 
 
 
331 aa  344  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0886  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.4 
 
 
324 aa  344  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00104567  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1900  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.07 
 
 
331 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.190019  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3194  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.07 
 
 
331 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.349387  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3033  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.76 
 
 
331 aa  343  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0383  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.05 
 
 
331 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0362  putative sulfite oxidase subunit YedY  50.75 
 
 
331 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.24616  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2724  putative sulfite oxidase subunit YedY  50.75 
 
 
331 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1360  putative sulfite oxidase subunit YedY  61.83 
 
 
315 aa  339  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0715758  normal  0.838202 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3739  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.07 
 
 
331 aa  339  5e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337436  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1330  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.1 
 
 
330 aa  338  9e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000518918  normal  0.0308009 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3769  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.07 
 
 
331 aa  338  9e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0850  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.03 
 
 
337 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0251202  normal  0.0119403 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3769  oxidoreductase molybdopterin binding protein  52.82 
 
 
328 aa  337  9.999999999999999e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0538  oxidoreductase molybdopterin binding protein  60.46 
 
 
315 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.169615  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0284  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.15 
 
 
331 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.212861  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1458  putative sulfite oxidase subunit YedY  62.21 
 
 
315 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516736  normal  0.156711 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3977  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.11 
 
 
313 aa  336  3.9999999999999995e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.710612  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0302  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.45 
 
 
344 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4088  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.11 
 
 
313 aa  336  3.9999999999999995e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.440331  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2981  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.06 
 
 
331 aa  335  5e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4784  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.82 
 
 
337 aa  336  5e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  hitchhiker  0.00829988 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0311  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.45 
 
 
331 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.810304  normal  0.333907 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07350  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.92 
 
 
336 aa  335  5.999999999999999e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.19996  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3482  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.45 
 
 
331 aa  335  9e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0985  hypothetical protein  52.12 
 
 
337 aa  333  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00832393  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00718  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.83 
 
 
322 aa  333  3e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0719411  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4120  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.71 
 
 
313 aa  333  3e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0279916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1011  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.82 
 
 
336 aa  332  4e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0127235  hitchhiker  0.000046829 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3141  putative sulfite oxidase subunit YedY  58.84 
 
 
334 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.258907  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1503  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.4 
 
 
316 aa  332  7.000000000000001e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2914  putative sulfite oxidase subunit YedY  50.3 
 
 
335 aa  330  3e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.618004  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4676  putative sulfite oxidase subunit YedY  50.76 
 
 
341 aa  329  4e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0107716  hitchhiker  0.00951249 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2049  putative sulfite oxidase subunit YedY  53.19 
 
 
315 aa  329  4e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00190211  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4674  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.36 
 
 
337 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000277637  hitchhiker  0.00000119887 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0758  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.99 
 
 
337 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000256517  hitchhiker  0.0000149537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4540  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.06 
 
 
337 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000750768  hitchhiker  0.0010274 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2413  putative sulfite oxidase subunit YedY  52.13 
 
 
315 aa  326  3e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00411856  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3877  putative sulfite oxidase subunit YedY  59.32 
 
 
306 aa  325  7e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62110  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.3 
 
 
337 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00944415 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3259  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.91 
 
 
331 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.439006  normal  0.753503 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0368  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.38 
 
 
320 aa  325  1e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0877  putative sulfite oxidase subunit YedY  60.23 
 
 
322 aa  323  2e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.687916  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5406  putative sulfite oxidase subunit YedY  51.01 
 
 
337 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0192707  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>