184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3363 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3363  hypothetical protein  100 
 
 
96 aa  184  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16041 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  85.42 
 
 
96 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  85.42 
 
 
96 aa  158  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  80.43 
 
 
94 aa  149  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.976554  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3208  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  66.67 
 
 
98 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2185  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.74 
 
 
99 aa  100  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.262576 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.02 
 
 
93 aa  95.9  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.55 
 
 
90 aa  94  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.25 
 
 
82 aa  90.5  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0861  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.81 
 
 
97 aa  87.8  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.339436  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.85 
 
 
85 aa  87.8  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0713  hydrogenase assembly chaperone HypC  52.81 
 
 
97 aa  87.8  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.487958  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3396  hydrogenase 2 accessory protein HypG  53.42 
 
 
82 aa  87.8  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887296  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.69 
 
 
104 aa  87.8  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.181199  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3491  hydrogenase 2 accessory protein HypG  53.42 
 
 
82 aa  87.8  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  56.1 
 
 
100 aa  87.4  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3316  hydrogenase 2 accessory protein HypG  52.05 
 
 
82 aa  87  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000211231  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3390  hydrogenase 2 accessory protein HypG  52.05 
 
 
82 aa  87  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.50292 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3325  hydrogenase 2 accessory protein HypG  52.05 
 
 
82 aa  86.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.834406  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  48.15 
 
 
86 aa  85.9  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02866  hydrogenase 2 accessory protein  49.33 
 
 
82 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.33 
 
 
82 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0703  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3276  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3417  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  84.7  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02815  hypothetical protein  49.33 
 
 
82 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4302  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.322153  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3170  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3458  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1418  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52 
 
 
95 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.75 
 
 
81 aa  81.3  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2437  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.96 
 
 
97 aa  80.1  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2526  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48 
 
 
96 aa  78.6  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234436  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.25 
 
 
91 aa  77.8  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.41 
 
 
88 aa  76.6  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.44 
 
 
90 aa  74.7  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3402  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.22 
 
 
80 aa  74.3  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.14 
 
 
92 aa  71.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4589  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.35 
 
 
93 aa  71.6  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  47.83 
 
 
90 aa  70.1  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  50 
 
 
92 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08050  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  47.44 
 
 
90 aa  68.2  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.25 
 
 
90 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2594  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.46 
 
 
85 aa  64.7  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  39.56 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.56 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  39.56 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  39.56 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.21 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.701167  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.67 
 
 
81 aa  63.2  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2135  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.94 
 
 
102 aa  60.8  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.402409  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2181  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.94 
 
 
102 aa  60.8  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2122  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.94 
 
 
102 aa  60.8  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.717614  normal  0.0140851 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3903  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45 
 
 
78 aa  61.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.76 
 
 
79 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.53 
 
 
88 aa  60.5  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2257  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.96 
 
 
83 aa  60.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.59 
 
 
83 aa  60.5  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1815  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.51 
 
 
81 aa  59.3  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.48 
 
 
79 aa  59.3  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0932  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  38.14 
 
 
92 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.305278  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  40 
 
 
93 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.04 
 
 
82 aa  58.2  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.296554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.27 
 
 
81 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1400  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.71 
 
 
80 aa  58.5  0.00000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.303909  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.33 
 
 
81 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1882  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.33 
 
 
81 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1907  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.33 
 
 
81 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0933507  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1870  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.67 
 
 
81 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2092  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.67 
 
 
81 aa  57.4  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0472  hydrogenase expression/formation protein HypC  59.57 
 
 
51 aa  57.4  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.104475 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  36.96 
 
 
96 aa  57  0.00000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2308  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.66 
 
 
83 aa  57  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.685831 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3879  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.08 
 
 
91 aa  57  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2447  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.07 
 
 
87 aa  56.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0458574 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1071  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.53 
 
 
93 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61575  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2412  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.33 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0703435  hitchhiker  0.0000250564 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.46 
 
 
89 aa  56.6  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.45 
 
 
84 aa  55.5  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2406  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.73 
 
 
102 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.24 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.91 
 
 
97 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  38.27 
 
 
79 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3980  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.66 
 
 
105 aa  54.7  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.943187  normal  0.61085 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35 
 
 
76 aa  54.7  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  35 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.57 
 
 
86 aa  53.9  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  33.33 
 
 
81 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
76 aa  53.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
83 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.12267 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>