More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1416 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
265 aa  524  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.49 
 
 
265 aa  517  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  89.43 
 
 
265 aa  441  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.03 
 
 
298 aa  353  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.3 
 
 
312 aa  353  2e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.4 
 
 
300 aa  352  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  69.6 
 
 
300 aa  348  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.43 
 
 
298 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.68 
 
 
298 aa  328  8e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
362 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
347 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
366 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
362 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
366 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
362 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  71.2 
 
 
410 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.43 
 
 
300 aa  324  7e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.43 
 
 
300 aa  324  7e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.83 
 
 
300 aa  324  9e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  71.43 
 
 
298 aa  322  4e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.48 
 
 
261 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104135  normal  0.640499 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.2 
 
 
261 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.6 
 
 
261 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  62.1 
 
 
291 aa  301  6.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  72.49 
 
 
243 aa  299  3e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5852  molybdenum ABC transporter permease  62.45 
 
 
261 aa  297  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.581419  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.89 
 
 
268 aa  292  5e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939917  normal  0.176342 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.35 
 
 
262 aa  279  4e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147455  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.76 
 
 
264 aa  267  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0488  ABC transporter, permease protein  59.92 
 
 
264 aa  263  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.85 
 
 
265 aa  258  8e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.840186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
266 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.51 
 
 
294 aa  251  9.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00110867  normal  0.885774 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  29.34 
 
 
266 aa  99.4  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.96 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.96 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  28.96 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  28.96 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.96 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.96 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  29.34 
 
 
266 aa  97.1  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.28 
 
 
264 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  28.28 
 
 
264 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.87 
 
 
280 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.7 
 
 
267 aa  94  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
266 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
266 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
262 aa  94  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
266 aa  93.2  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 
272 aa  93.2  4e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.210545  normal  0.706839 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.66 
 
 
563 aa  92.4  7e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.96 
 
 
266 aa  91.3  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  27.56 
 
 
264 aa  90.1  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.71 
 
 
268 aa  90.1  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.96 
 
 
265 aa  89.7  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.225733  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.25 
 
 
277 aa  89.7  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2156  ABC transporter, inner membrane subunit  29.3 
 
 
265 aa  89  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  28.35 
 
 
265 aa  89  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.16 
 
 
280 aa  89  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596153  normal  0.412675 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7601  ABC transporter membrane spanning protein  33.96 
 
 
273 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.05 
 
 
304 aa  88.6  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  28.11 
 
 
271 aa  87.8  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  31.75 
 
 
256 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.06 
 
 
264 aa  86.7  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.91 
 
 
254 aa  86.7  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.943674  normal  0.650517 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.88 
 
 
264 aa  85.9  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  31.28 
 
 
256 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.27 
 
 
262 aa  85.5  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.67 
 
 
264 aa  85.1  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.67 
 
 
279 aa  84.7  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.47 
 
 
263 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.15 
 
 
300 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.67 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.7 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.718576  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.02 
 
 
606 aa  85.1  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.67 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.67 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.26 
 
 
259 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  25.09 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  32.37 
 
 
281 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
295 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  27.95 
 
 
288 aa  83.2  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2242  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  28.1 
 
 
224 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 
282 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
261 aa  82.4  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  28.84 
 
 
282 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 
282 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  28.74 
 
 
285 aa  82.4  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3185  ABC transporter permease  31.05 
 
 
271 aa  82.4  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.8 
 
 
265 aa  82.4  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  26.48 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  26.91 
 
 
265 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.25 
 
 
272 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 
282 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 
282 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 
282 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 
282 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
281 aa  82  0.000000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.46 
 
 
276 aa  82  0.000000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>