More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4671 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4671  single-strand binding protein  100 
 
 		 158 aa  329  9e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.726649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  30.99 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0449  single-strand binding protein  36.7 
 
 		 143 aa  76.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000857397  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4136  single-strand binding protein  32.69 
 
 		 165 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  35.78 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0422  single-stranded DNA-binding protein  36.36 
 
 		 178 aa  73.9  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  32.19 
 
 		 175 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  34.86 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2200  single-strand binding protein  33.77 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.886044 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  35.04 
 
 		 162 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5215  single-stranded DNA-binding protein  34.55 
 
 		 177 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1550  single-stranded DNA-binding protein  34.55 
 
 		 177 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.202411  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0304  single-stranded DNA-binding protein  35.51 
 
 		 185 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.895882 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3720  single-strand binding protein  34.86 
 
 		 143 aa  72  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  35.09 
 
 		 150 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  35.19 
 
 		 149 aa  72  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0277  single-stranded DNA-binding protein  35.51 
 
 		 185 aa  71.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3685  single-stranded DNA binding protein  36.36 
 
 		 152 aa  71.2  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.283411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  31.33 
 
 		 168 aa  70.9  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  34.13 
 
 		 167 aa  70.5  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  34.26 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  29.68 
 
 		 151 aa  69.3  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  36.27 
 
 		 175 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0156  single-strand binding protein  35.2 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3117  single-strand binding protein  35.51 
 
 		 146 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0500  single-stranded DNA-binding protein  35.19 
 
 		 186 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0538  single-stranded DNA-binding protein  35.19 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0223  single-strand binding protein  30.77 
 
 		 172 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  29.61 
 
 		 175 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0746  single-strand binding protein  30.77 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000549741  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1969  single-stranded DNA-binding protein  34.42 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.198905  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2576  single-strand binding protein  36.45 
 
 		 158 aa  68.2  0.00000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  33.86 
 
 		 161 aa  67.8  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2695  single-stranded DNA-binding protein  34.26 
 
 		 186 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.284268 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2837  single-stranded DNA-binding protein  34.26 
 
 		 187 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0731757  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6107  single-stranded DNA-binding protein  34.26 
 
 		 184 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0341  single-stranded DNA-binding protein  35.19 
 
 		 172 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  34.58 
 
 		 163 aa  67.4  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0611  single-stranded DNA-binding protein  35.19 
 
 		 184 aa  67  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3093  single-stranded DNA-binding protein  35.19 
 
 		 199 aa  67  0.00000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1529  single-stranded DNA-binding protein  35.19 
 
 		 192 aa  67  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2957  single-stranded DNA-binding protein  35.19 
 
 		 192 aa  67  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.602343  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0061  single-stranded DNA-binding protein  35.19 
 
 		 196 aa  67  0.00000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0781  single-stranded DNA-binding protein  35.19 
 
 		 185 aa  67  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.391635  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  31.29 
 
 		 190 aa  67  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2163  single-stranded DNA-binding protein  34.26 
 
 		 184 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2777  single-stranded DNA-binding protein  34.26 
 
 		 184 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450674  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0596  single-stranded DNA-binding protein  35.19 
 
 		 179 aa  67  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2788  single-stranded DNA-binding protein  34.26 
 
 		 183 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.481192 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  35.19 
 
 		 156 aa  66.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  29.87 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  35.19 
 
 		 156 aa  66.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0008  single-stranded DNA-binding protein  33.33 
 
 		 172 aa  66.6  0.0000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000612973  hitchhiker  0.0000000000172856 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  29.41 
 
 		 146 aa  67  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  33.58 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2233  single-strand binding protein  37.98 
 
 		 168 aa  66.6  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.559126 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0114  single-stranded DNA-binding protein (SSB)  29.63 
 
 		 149 aa  65.5  0.0000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0362  single-strand binding protein  35.51 
 
 		 147 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000141012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  31.78 
 
 		 171 aa  65.9  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0008  single-strand binding protein  29.8 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000109058  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4718  single-stranded DNA-binding protein  33.87 
 
 		 183 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.336644 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2303  single-strand binding protein  34.58 
 
 		 171 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0375599  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0130  single-strand binding protein  28.89 
 
 		 142 aa  65.5  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  31.86 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  31.86 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  31.86 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  31.86 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  31.86 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  31.86 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  31.86 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  31.86 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0656  single-stranded DNA-binding protein  35.4 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2149  single-strand binding protein  29.41 
 
 		 165 aa  65.1  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  32.43 
 
 		 184 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0011  single-stranded DNA-binding protein  31.21 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000915981  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  36.11 
 
 		 173 aa  64.7  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2151  single-strand binding protein  31.4 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1713  single-stranded DNA-binding protein  29.22 
 
 		 163 aa  64.7  0.0000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000713514  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0044  single-strand binding protein  32.71 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.139232  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0369  single-stranded DNA-binding protein  33.33 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0315  single-stranded DNA-binding protein  33.33 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  32.73 
 
 		 160 aa  63.9  0.0000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  30.07 
 
 		 182 aa  64.3  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  35.19 
 
 		 167 aa  63.9  0.0000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  29.2 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  34.65 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0271  single-stranded binding protein  40.82 
 
 		 156 aa  63.2  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1677  single-strand binding protein  30.48 
 
 		 168 aa  63.5  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000004529  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0611  single-stranded DNA-binding protein  34.26 
 
 		 179 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0353597 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4518  single-stranded DNA-binding protein  33.93 
 
 		 183 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142427  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02950  single stranded DNA-binding protein  28.18 
 
 		 165 aa  63.2  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.0000000248223  hitchhiker  6.12072e-47 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0643  ssDNA-binding protein  33.64 
 
 		 157 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.25623e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  34.65 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4106  single-stranded DNA-binding protein  34.26 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  34.65 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  31.54 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  34.65 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  34.65 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  33.64 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  29.75 
 
 		 174 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>