More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3462 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
217 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2956  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  81.4 
 
 
215 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.502503  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2488  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  81.31 
 
 
218 aa  338  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.062829  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  77.57 
 
 
220 aa  338  2.9999999999999998e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  72.64 
 
 
216 aa  318  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.38967  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1598  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  72.56 
 
 
217 aa  307  8e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.718303  normal  0.398382 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2325  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75.69 
 
 
218 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.598595  normal  0.961188 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.77 
 
 
222 aa  219  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.12 
 
 
224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.88 
 
 
219 aa  211  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.61 
 
 
220 aa  210  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.37 
 
 
218 aa  207  9e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.12 
 
 
212 aa  207  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.4 
 
 
217 aa  206  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.37 
 
 
219 aa  204  7e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.6 
 
 
219 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.15 
 
 
214 aa  204  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60 
 
 
206 aa  202  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.61 
 
 
209 aa  201  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0641  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
208 aa  201  9e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.65 
 
 
216 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.96 
 
 
220 aa  198  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5165  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.83 
 
 
218 aa  198  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820799  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.85 
 
 
221 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.89 
 
 
220 aa  197  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1967  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.38 
 
 
236 aa  197  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.24 
 
 
216 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.37 
 
 
212 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.28 
 
 
216 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.78 
 
 
208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.147128  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
205 aa  196  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
205 aa  195  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.81 
 
 
210 aa  194  9e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
209 aa  193  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.63 
 
 
221 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0763  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, putative  51.34 
 
 
186 aa  192  3e-48  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.211527  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.58 
 
 
223 aa  192  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.48 
 
 
216 aa  192  4e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.67 
 
 
210 aa  191  6e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.57 
 
 
215 aa  191  8e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.76 
 
 
216 aa  191  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.81 
 
 
220 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.81 
 
 
220 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.3 
 
 
220 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.55 
 
 
220 aa  190  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.7 
 
 
223 aa  188  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
220 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
220 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1888  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.63 
 
 
197 aa  186  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00391405  normal  0.23878 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
222 aa  186  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.49 
 
 
229 aa  186  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.24 
 
 
218 aa  186  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.22 
 
 
209 aa  186  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.93 
 
 
203 aa  185  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.34 
 
 
220 aa  185  5e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1837  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.63 
 
 
197 aa  184  7e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.117962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.93 
 
 
211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226239  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.56 
 
 
213 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.95 
 
 
222 aa  182  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.17 
 
 
223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.95 
 
 
222 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
214 aa  180  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.47 
 
 
209 aa  181  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.23 
 
 
218 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.15 
 
 
205 aa  180  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1407  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.89 
 
 
202 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2544  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.47 
 
 
193 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.715033  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.96 
 
 
245 aa  179  4e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.41 
 
 
199 aa  178  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.88 
 
 
213 aa  178  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.39 
 
 
219 aa  176  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.92 
 
 
206 aa  175  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.35 
 
 
198 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.91 
 
 
198 aa  173  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.18 
 
 
219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.18 
 
 
219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.18 
 
 
219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.18 
 
 
203 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.9 
 
 
214 aa  171  7.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.92 
 
 
226 aa  171  9e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0973  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
220 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2761  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.19 
 
 
214 aa  170  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
220 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.68 
 
 
220 aa  170  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0969  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
220 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.92 
 
 
227 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000877023 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
220 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2110  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
220 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.487388  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
220 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1031  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
220 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.723337  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2656  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
220 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.682807  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.92 
 
 
198 aa  169  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1475  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.18 
 
 
184 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.194881  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0791  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.55 
 
 
220 aa  168  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277928  normal  0.560587 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.35 
 
 
205 aa  167  7e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.400719 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.12 
 
 
206 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.32 
 
 
217 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.42 
 
 
192 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.95 
 
 
216 aa  166  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1649  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.79 
 
 
197 aa  166  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>