More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2956 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2956  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
215 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.502503  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2488  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  92.99 
 
 
218 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.062829  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  81.4 
 
 
217 aa  345  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  74.65 
 
 
216 aa  325  3e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.38967  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  72.9 
 
 
220 aa  318  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1598  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75.81 
 
 
217 aa  318  5e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.718303  normal  0.398382 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2325  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75.35 
 
 
218 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.598595  normal  0.961188 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0641  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.46 
 
 
208 aa  213  9.999999999999999e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.64 
 
 
222 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.1 
 
 
224 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.22 
 
 
219 aa  206  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.15 
 
 
214 aa  205  4e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.47 
 
 
208 aa  204  1e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.147128  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.57 
 
 
218 aa  202  4e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.06 
 
 
220 aa  202  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.12 
 
 
206 aa  201  5e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.38 
 
 
212 aa  201  6e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.53 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.53 
 
 
219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.71 
 
 
220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1967  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.87 
 
 
236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
217 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.31 
 
 
209 aa  199  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.11 
 
 
212 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
216 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.15 
 
 
210 aa  196  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.73 
 
 
220 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.73 
 
 
220 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.23 
 
 
220 aa  195  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.21 
 
 
205 aa  194  8.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.97 
 
 
229 aa  193  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.21 
 
 
205 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.5 
 
 
216 aa  192  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.79 
 
 
223 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.73 
 
 
220 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.52 
 
 
210 aa  193  2e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.77 
 
 
209 aa  192  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.24 
 
 
220 aa  192  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.27 
 
 
220 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.27 
 
 
220 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.28 
 
 
221 aa  191  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.28 
 
 
223 aa  191  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.26 
 
 
221 aa  190  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.01 
 
 
220 aa  188  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.32 
 
 
216 aa  188  7e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48 
 
 
209 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5165  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.57 
 
 
218 aa  186  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820799  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.6 
 
 
216 aa  186  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_002978  WD0763  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, putative  47.06 
 
 
186 aa  185  4e-46  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.211527  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.83 
 
 
216 aa  185  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.03 
 
 
211 aa  184  9e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226239  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1837  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.58 
 
 
197 aa  184  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.117962 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2761  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.02 
 
 
214 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.31 
 
 
209 aa  181  5.0000000000000004e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.28 
 
 
215 aa  181  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.85 
 
 
214 aa  181  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.95 
 
 
203 aa  181  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.19 
 
 
218 aa  180  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.84 
 
 
218 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.1 
 
 
205 aa  179  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.89 
 
 
222 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.89 
 
 
222 aa  177  8e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1888  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.99 
 
 
197 aa  177  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00391405  normal  0.23878 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2544  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
193 aa  177  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.715033  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.72 
 
 
213 aa  177  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
223 aa  176  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.87 
 
 
222 aa  175  5e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1649  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.58 
 
 
197 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2550  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.05 
 
 
214 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000126905  hitchhiker  0.000000000223078 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1734  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.05 
 
 
214 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000105531  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.6 
 
 
198 aa  173  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.05 
 
 
214 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000685362  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.05 
 
 
214 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000874228  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.36 
 
 
219 aa  172  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.73 
 
 
199 aa  172  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.13 
 
 
219 aa  171  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.13 
 
 
219 aa  171  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.13 
 
 
219 aa  171  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0791  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.89 
 
 
220 aa  171  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277928  normal  0.560587 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.52 
 
 
203 aa  171  5.999999999999999e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.86 
 
 
214 aa  171  6.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.7 
 
 
220 aa  170  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2381  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.83 
 
 
214 aa  170  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0156868  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2453  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.83 
 
 
214 aa  170  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0349529  normal  0.141715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2546  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.83 
 
 
214 aa  170  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000131759  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.92 
 
 
192 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.6 
 
 
226 aa  169  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.08 
 
 
213 aa  169  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1407  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.92 
 
 
202 aa  168  5e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2095  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.09 
 
 
213 aa  168  6e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000370583  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1595  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.55 
 
 
214 aa  168  6e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000272068  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.39 
 
 
194 aa  168  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.62 
 
 
203 aa  167  8e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1531  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.15 
 
 
197 aa  167  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.468098  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.79 
 
 
206 aa  166  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.39 
 
 
227 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000877023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.88 
 
 
217 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.85 
 
 
194 aa  166  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.85 
 
 
220 aa  165  4e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>