More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4970 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B3893  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.51 
 
 
820 aa  1323    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.454533  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1575  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.99 
 
 
814 aa  677    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.889584 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.91 
 
 
814 aa  663    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.861297 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4970  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
823 aa  1672    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.883575  normal  0.269597 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
811 aa  319  1e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
811 aa  319  1e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3774  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.61 
 
 
811 aa  318  2e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199117  normal  0.974632 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4229  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.66 
 
 
836 aa  300  8e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2423  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.33 
 
 
805 aa  288  2e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  32.05 
 
 
418 aa  207  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.45 
 
 
418 aa  204  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  35.1 
 
 
412 aa  203  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  33.8 
 
 
420 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  33.8 
 
 
416 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
401 aa  201  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.06 
 
 
401 aa  200  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.89 
 
 
411 aa  200  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.84 
 
 
398 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.91 
 
 
401 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.74 
 
 
435 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.91 
 
 
401 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.91 
 
 
401 aa  198  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.93 
 
 
401 aa  198  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11894  hypothetical protein  28.83 
 
 
802 aa  198  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.291529 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.93 
 
 
401 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  33.68 
 
 
416 aa  197  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.2 
 
 
407 aa  197  9e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.84 
 
 
398 aa  197  9e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5656  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.17 
 
 
786 aa  197  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5366  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.17 
 
 
786 aa  195  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5277  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.17 
 
 
786 aa  195  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.337577  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.67 
 
 
423 aa  195  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.08 
 
 
398 aa  194  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  33.93 
 
 
401 aa  194  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  33.42 
 
 
401 aa  194  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.11 
 
 
409 aa  194  7e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  33.42 
 
 
401 aa  193  9e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  33.42 
 
 
401 aa  193  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  33.42 
 
 
401 aa  193  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  33.42 
 
 
401 aa  193  9e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  33.42 
 
 
401 aa  193  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  33.42 
 
 
401 aa  193  9e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.99 
 
 
413 aa  193  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.9 
 
 
413 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.74 
 
 
421 aa  193  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
390 aa  193  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.43 
 
 
406 aa  192  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  32.65 
 
 
413 aa  192  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2336  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.03 
 
 
401 aa  191  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000535701  normal  0.0935751 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.93 
 
 
424 aa  190  9e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  32.67 
 
 
402 aa  189  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.7 
 
 
406 aa  190  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.08 
 
 
423 aa  190  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.16 
 
 
415 aa  190  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.59 
 
 
407 aa  190  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  33.5 
 
 
409 aa  190  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33 
 
 
395 aa  189  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.87 
 
 
402 aa  189  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1559  Formyl-CoA transferase  32.19 
 
 
399 aa  189  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.64 
 
 
413 aa  189  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  31.7 
 
 
400 aa  189  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  34.07 
 
 
405 aa  188  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.31 
 
 
412 aa  189  3e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1613  Formyl-CoA transferase  32.19 
 
 
399 aa  189  3e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.860453 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1589  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.19 
 
 
399 aa  189  3e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0540324  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.97 
 
 
393 aa  188  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.06 
 
 
399 aa  188  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.94 
 
 
400 aa  188  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
416 aa  187  5e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
399 aa  187  6e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  32.35 
 
 
402 aa  187  6e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.9 
 
 
433 aa  187  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  33.91 
 
 
399 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  31.94 
 
 
406 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4014  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.75 
 
 
399 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.68 
 
 
397 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  30.83 
 
 
398 aa  186  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3015  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.18 
 
 
411 aa  186  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.472695  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.78 
 
 
423 aa  185  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.18 
 
 
411 aa  186  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.6 
 
 
407 aa  186  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.26 
 
 
397 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  30 
 
 
404 aa  185  3e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.7 
 
 
406 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  34.8 
 
 
399 aa  185  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  30.17 
 
 
396 aa  184  6e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6186  Formyl-CoA transferase  34.49 
 
 
386 aa  184  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101384  normal  0.961037 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  32.25 
 
 
395 aa  184  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.45 
 
 
416 aa  184  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  30.75 
 
 
420 aa  184  8.000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
426 aa  184  8.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
399 aa  183  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  33.51 
 
 
406 aa  183  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6128  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.94 
 
 
406 aa  183  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
399 aa  183  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  31.45 
 
 
406 aa  183  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.62 
 
 
389 aa  183  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.94 
 
 
413 aa  182  2e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.86 
 
 
407 aa  182  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  29.23 
 
 
399 aa  182  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>