28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2687 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2687  pilus assembly protein Fim  100 
 
 		 174 aa  343  8.999999999999999e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.99828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0777  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  54.97 
 
 		 185 aa  159  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0716  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  33.14 
 
 		 186 aa  85.9  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0709  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  32.39 
 
 		 190 aa  85.1  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.664786 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0665  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  31.82 
 
 		 190 aa  80.5  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.956301  normal  0.276525 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11820  type IV pilus biogenesis protein, FimT  32.74 
 
 		 171 aa  57  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  28.89 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2915  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  28.57 
 
 		 157 aa  48.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2679  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  26.92 
 
 		 157 aa  45.8  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  35.85 
 
 		 214 aa  45.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.02 
 
 		 187 aa  45.1  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3425  methylation site containing protein  35.63 
 
 		 144 aa  45.1  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3229  Tfp pilus assembly protein  38.81 
 
 		 147 aa  43.9  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0019  pre-pilin like leader sequence  27.81 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.808404  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0015  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  37.1 
 
 		 192 aa  42.7  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  37.08 
 
 		 214 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  30.38 
 
 		 195 aa  42.4  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3182  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.62 
 
 		 194 aa  42.4  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3313  methylation site containing protein  35.8 
 
 		 144 aa  42.4  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.936741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0709  methylation site containing protein  35.8 
 
 		 144 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3169  prepilin-type cleavage/methylation  30.38 
 
 		 190 aa  42.7  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  30.38 
 
 		 195 aa  42.4  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3549  Tfp pilus assembly protein FimT  24.42 
 
 		 201 aa  42  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0297  hypothetical protein  25.61 
 
 		 166 aa  42  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  30.77 
 
 		 171 aa  41.2  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0853  pilin, putative  33.72 
 
 		 144 aa  41.2  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 170 aa  40.8  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4848  general secretion pathway protein H  28.99 
 
 		 184 aa  40.8  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966259 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>