161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0037 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  91.14 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  95.92 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 89 bp  77.8  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  85.39 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  93.88 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  84.27 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  84.27 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1169  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000109978  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0033  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.374525 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  83.15 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000391887  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000441599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  96.43 
 
 		 126 bp  48.1  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 96 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0017  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00474021  normal  0.100605 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>