More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3509 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3509  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding protein  100 
 
 
577 aa  1187    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0871  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding protein  53.71 
 
 
576 aa  629  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1444  thiamine pyrophosphate protein central region  55.44 
 
 
581 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0135797  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1910  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.52 
 
 
565 aa  241  4e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0748  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.32 
 
 
572 aa  239  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.651563  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1495  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.25 
 
 
566 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.433241 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2746  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.72 
 
 
566 aa  232  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2503  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.18 
 
 
566 aa  229  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000132944  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3401  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.21 
 
 
575 aa  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3531  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.21 
 
 
575 aa  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1911  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.77 
 
 
566 aa  228  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.500204  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2932  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.21 
 
 
593 aa  228  3e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3720  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.32 
 
 
566 aa  227  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.104335  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1547  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  32.49 
 
 
569 aa  227  5.0000000000000005e-58  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1170  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.48 
 
 
583 aa  226  7e-58  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1631  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.2 
 
 
559 aa  226  1e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0281  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.33 
 
 
554 aa  226  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0218  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.78 
 
 
588 aa  225  2e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0158938 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1260  acetolactate synthase, large subunit  29.32 
 
 
566 aa  224  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00775476  hitchhiker  0.00000116322 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0624  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.45 
 
 
574 aa  224  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146468 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0325  thiamine pyrophosphate protein central region  31.74 
 
 
576 aa  224  3e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.555432  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0736  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.39 
 
 
597 aa  224  4e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.591869  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0408  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.07 
 
 
562 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2666  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.24 
 
 
573 aa  223  8e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302703  decreased coverage  0.000148215 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3108  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.88 
 
 
571 aa  223  8e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3236  acetolactate synthase III, large subunit, biosynthetic type  28.7 
 
 
575 aa  223  9e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00702842  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0596  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.42 
 
 
573 aa  222  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.793346  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3793  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.93 
 
 
572 aa  222  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3430  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.02 
 
 
574 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.646845  normal  0.0217288 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3605  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.8 
 
 
572 aa  223  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3554  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.46 
 
 
581 aa  221  3e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.743835  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1242  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.72 
 
 
563 aa  220  5e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1877  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.5 
 
 
570 aa  220  5e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.082916 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3112  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.52 
 
 
601 aa  220  7e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0197191  normal  0.918751 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1543  acetolactate synthase catalytic subunit  28.83 
 
 
587 aa  219  1e-55  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.59725  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2122  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.59 
 
 
572 aa  219  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4126  acetolactate synthase large subunit  30.66 
 
 
638 aa  219  1e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1443  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  32.05 
 
 
559 aa  218  2e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0306105  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2018  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.96 
 
 
573 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.801766  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2821  acetolactate synthase large subunit  31.72 
 
 
581 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0139  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  32.56 
 
 
612 aa  217  4e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4383  thiamine pyrophosphate protein central region  31.47 
 
 
578 aa  217  5e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.00140196  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0634  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.44 
 
 
573 aa  217  5e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0951931  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1072  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  29.61 
 
 
566 aa  217  5e-55  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0954  acetolactate synthase catalytic subunit  29.19 
 
 
587 aa  217  5.9999999999999996e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2714  acetolactate synthase, large subunit  28.55 
 
 
555 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0125  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.16 
 
 
584 aa  216  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1628  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.47 
 
 
572 aa  216  8e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0382  thiamine pyrophosphate protein  30.17 
 
 
552 aa  216  9e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00079  acetolactate synthase III large subunit  28.34 
 
 
574 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1955  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.03 
 
 
618 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0672621 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2401  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.38 
 
 
558 aa  216  9.999999999999999e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00078  hypothetical protein  28.34 
 
 
574 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1850  acetolactate synthase catalytic subunit  29.67 
 
 
566 aa  216  9.999999999999999e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4788  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.68 
 
 
574 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.092848  hitchhiker  0.00966018 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0666  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.98 
 
 
552 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0239  acetolactate synthase catalytic subunit  28.88 
 
 
587 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3347  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.45 
 
 
561 aa  215  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.18132  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4356  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  30.6 
 
 
597 aa  215  1.9999999999999998e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0195043  normal  0.165363 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0127  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.16 
 
 
584 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.53134  hitchhiker  0.000772873 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2059  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.6 
 
 
573 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0079  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.34 
 
 
574 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1911  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.33 
 
 
573 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.274178  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0153  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.52 
 
 
562 aa  214  3.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0209009 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0128  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.98 
 
 
584 aa  214  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2269  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.39 
 
 
572 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3522  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.34 
 
 
574 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0083  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.24 
 
 
604 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3580  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.34 
 
 
574 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0132  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.98 
 
 
584 aa  213  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.084297 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1691  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.26 
 
 
570 aa  213  7.999999999999999e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1714  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.26 
 
 
570 aa  213  9e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1888  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.26 
 
 
570 aa  213  9e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1850  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.26 
 
 
570 aa  213  9e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0722574  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0132  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.8 
 
 
584 aa  213  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0544  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.6 
 
 
602 aa  212  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1692  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.57 
 
 
563 aa  212  1e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1776  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.78 
 
 
573 aa  211  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0083  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.34 
 
 
574 aa  212  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.630637  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3322  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.1 
 
 
607 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.437675  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1750  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.56 
 
 
572 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.524546  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1830  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.56 
 
 
572 aa  212  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1900  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.78 
 
 
568 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1985  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.78 
 
 
568 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0086  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.16 
 
 
574 aa  211  3e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08850  acetolactate synthase, large subunit  30.42 
 
 
623 aa  211  3e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.369585  normal  0.232213 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4239  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  29.98 
 
 
620 aa  211  3e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.469976  normal  0.302024 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0608  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  30.53 
 
 
566 aa  211  3e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1978  acetolactate synthase, large subunit  28.6 
 
 
568 aa  211  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0710  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.83 
 
 
563 aa  211  3e-53  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1070  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.32 
 
 
558 aa  211  3e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0531725  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0284  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.78 
 
 
555 aa  211  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0833  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.77 
 
 
569 aa  211  4e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.469559  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2893  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.22 
 
 
592 aa  211  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0020584 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1877  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.54 
 
 
636 aa  211  4e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000157707 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2146  acetolactate synthase large subunit  29.36 
 
 
562 aa  211  4e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5104  acetolactate synthase catalytic subunit  28.12 
 
 
562 aa  210  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.127246 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2122  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  29.25 
 
 
625 aa  210  6e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522117  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1620  acetolactate synthase catalytic subunit  28.95 
 
 
556 aa  210  7e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.546066  normal  0.5994 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00825  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.52 
 
 
574 aa  210  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>