More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03132 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03132  hypothetical protein  100 
 
 		 128 aa  266  8.999999999999999e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4194  Endoribonuclease L-PSP  92.97 
 
 		 128 aa  237  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  92.97 
 
 		 128 aa  237  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  79.69 
 
 		 130 aa  204  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  81.25 
 
 		 128 aa  202  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4773  putative endoribonuclease L-PSP  76.56 
 
 		 130 aa  199  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.091821  normal  0.524756 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0642  Endoribonuclease L-PSP  78.57 
 
 		 128 aa  197  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297456 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4057  YjgF family translation inhibitor  78.57 
 
 		 128 aa  197  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0675  putative endoribonuclease L-PSP  70.87 
 
 		 166 aa  192  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6067  endoribonuclease L-PSP  71.43 
 
 		 128 aa  192  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.865959 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2656  endoribonuclease L-PSP  71.43 
 
 		 128 aa  192  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2789  endoribonuclease L-PSP  71.43 
 
 		 128 aa  192  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2127  endoribonuclease L-PSP  71.43 
 
 		 128 aa  191  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0560  endoribonuclease L-PSP  70.63 
 
 		 128 aa  191  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2739  endoribonuclease L-PSP  71.43 
 
 		 128 aa  191  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2765  endoribonuclease L-PSP  71.43 
 
 		 128 aa  191  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0179  endoribonuclease L-PSP, putative  70.63 
 
 		 128 aa  190  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0838  YjgF family protein  70.63 
 
 		 128 aa  190  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0660  endoribonuclease L-PSP  70.63 
 
 		 128 aa  190  7e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.239315  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0547  endoribonuclease L-PSP, putative  70.63 
 
 		 128 aa  190  7e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2390  putative endoribonuclease L-PSP  70.63 
 
 		 128 aa  190  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2768  putative endoribonuclease L-PSP  70.63 
 
 		 128 aa  190  7e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2310  putative endoribonuclease L-PSP  74.14 
 
 		 123 aa  186  8e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.650904  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4650  endoribonuclease L-PSP  66.67 
 
 		 129 aa  180  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0994249  normal  0.0444369 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6248  translation initiation inhibitor  65.08 
 
 		 128 aa  180  6e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3088  endoribonuclease L-PSP  67.97 
 
 		 129 aa  178  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.123749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5680  Endoribonuclease L-PSP  63.78 
 
 		 129 aa  174  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.979461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6623  Endoribonuclease L-PSP  62.99 
 
 		 129 aa  173  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.808088  normal  0.892457 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2779  endoribonuclease L-PSP family protein  64.06 
 
 		 128 aa  168  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2507  endoribonuclease L-PSP  63.28 
 
 		 136 aa  167  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.022272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4550  endoribonuclease L-PSP  61.9 
 
 		 127 aa  166  9e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0969  endoribonuclease L-PSP  62.2 
 
 		 133 aa  157  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401025  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0552  endoribonuclease L-PSP  60.8 
 
 		 132 aa  146  9e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.897554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0090  endoribonuclease L-PSP  63.49 
 
 		 130 aa  139  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0741494  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4897  putative endoribonuclease L-PSP  61.6 
 
 		 129 aa  138  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3111  Endoribonuclease L-PSP  57.14 
 
 		 130 aa  130  7.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  48.82 
 
 		 129 aa  123  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  46.85 
 
 		 129 aa  106  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  47.75 
 
 		 130 aa  100  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  47.75 
 
 		 130 aa  98.2  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 123 aa  98.2  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  45.54 
 
 		 123 aa  90.9  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  45.54 
 
 		 123 aa  90.9  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 128 aa  89.7  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0877  YjgF-like protein  45.95 
 
 		 129 aa  89.7  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0965  endoribonuclease L-PSP  45.95 
 
 		 141 aa  89.7  1e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2247  endoribonuclease L-PSP  43.52 
 
 		 125 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.137208  normal  0.668732 
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  39.64 
 
 		 125 aa  87  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  39.64 
 
 		 125 aa  87  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  37.3 
 
 		 125 aa  87  8e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3491  endoribonuclease L-PSP  42.59 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  38.68 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1878  endoribonuclease L-PSP  42.59 
 
 		 125 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0868  YjgF family translation initiation inhibitor  44.44 
 
 		 126 aa  85.5  2e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000281222  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 129 aa  85.9  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  42.99 
 
 		 125 aa  84.3  5e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 129 aa  84  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 126 aa  84  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1579  endoribonuclease L-PSP, putative  40 
 
 		 120 aa  82.8  0.000000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0655756  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  43.93 
 
 		 123 aa  83.2  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0106  endoribonuclease L-PSP  41.07 
 
 		 127 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 136 aa  82.4  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3322  endoribonuclease L-PSP  46.43 
 
 		 94 aa  82.4  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.939467  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1390  endoribonuclease L-PSP, putative  39.09 
 
 		 120 aa  82  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483032  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0262  putative endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 120 aa  82.4  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08201  putative translation initiation inhibitor, yjgF family protein  43.24 
 
 		 132 aa  82  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  82  0.000000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 126 aa  82  0.000000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2982  Endoribonuclease L-PSP  46.32 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 125 aa  81.3  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  38.18 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  38.18 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  38.74 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 126 aa  80.9  0.000000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  45.05 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  45.05 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  39.06 
 
 		 128 aa  80.1  0.000000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4079  putative endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 124 aa  80.1  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 124 aa  80.1  0.000000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 		 126 aa  80.1  0.000000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  38.18 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  37.27 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3032  endoribonuclease L-PSP  39.25 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  42.34 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4880  Endoribonuclease L-PSP  41.18 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02784  hypothetical protein  38.39 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0156  endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 126 aa  78.6  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3374  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 126 aa  78.6  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.066634 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  39.45 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>