68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3310 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2110  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  85.75 
 
 		 386 aa  691    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417803  normal  0.0323515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3948  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  81.09 
 
 		 386 aa  650    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3310  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 		 386 aa  794    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.787615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2672  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.37 
 
 		 320 aa  76.3  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0519084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  24.39 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  25.17 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  26.04 
 
 		 317 aa  58.9  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.94 
 
 		 328 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.78 
 
 		 325 aa  57  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  31.68 
 
 		 316 aa  57  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.27 
 
 		 318 aa  57  0.0000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  25.15 
 
 		 323 aa  57  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.13 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.02 
 
 		 329 aa  55.8  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2692  immunogenic protein family protein  22.86 
 
 		 329 aa  55.1  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.33 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.48 
 
 		 375 aa  55.1  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  21.36 
 
 		 344 aa  55.1  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  23.67 
 
 		 328 aa  54.7  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.32 
 
 		 317 aa  53.5  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.87 
 
 		 326 aa  52.8  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.12 
 
 		 318 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  24.47 
 
 		 324 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.12 
 
 		 318 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.12 
 
 		 318 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.47 
 
 		 324 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.12 
 
 		 318 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  23.61 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.6 
 
 		 317 aa  51.6  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.26 
 
 		 333 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.06 
 
 		 329 aa  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  23.94 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  20.64 
 
 		 348 aa  50.8  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.31 
 
 		 319 aa  50.8  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  23 
 
 		 323 aa  50.4  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  25 
 
 		 318 aa  50.1  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 		 318 aa  50.1  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  24.33 
 
 		 319 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 		 318 aa  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0342  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.21 
 
 		 314 aa  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  23.4 
 
 		 324 aa  49.7  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.16 
 
 		 318 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.63 
 
 		 319 aa  49.3  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6160  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.91 
 
 		 343 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.419436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  26.14 
 
 		 320 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.57 
 
 		 318 aa  48.5  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.5 
 
 		 323 aa  47.8  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.81 
 
 		 326 aa  47.4  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.88 
 
 		 299 aa  46.6  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2300  phosphonate-binding periplasmic protein  32.32 
 
 		 290 aa  45.8  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.749292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1853  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.58 
 
 		 328 aa  46.2  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.45766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  23.15 
 
 		 319 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  22.44 
 
 		 317 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7198  ABC transporter substrate binding protein (aliphatic sulfonate)  33.78 
 
 		 357 aa  45.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0232268  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.44 
 
 		 317 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.61 
 
 		 322 aa  44.7  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.64 
 
 		 318 aa  44.3  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.66 
 
 		 315 aa  44.3  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 		 318 aa  44.3  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1090  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  20.33 
 
 		 332 aa  44.3  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0945459  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 		 315 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  22.42 
 
 		 316 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3279  putative ABC-type sulfonate transport system  39.44 
 
 		 366 aa  43.9  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.13 
 
 		 344 aa  43.9  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.08 
 
 		 328 aa  43.1  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0129  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  32.35 
 
 		 318 aa  43.5  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0134  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  32.35 
 
 		 318 aa  43.5  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2408  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.32 
 
 		 326 aa  43.5  0.007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>