More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1333 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1333  NADH dehydrogenase subunit I  100 
 
 		 171 aa  351  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1354  NADH dehydrogenase subunit I  95.32 
 
 		 171 aa  338  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.253044  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4736  NADH dehydrogenase subunit I  90.59 
 
 		 173 aa  326  8e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4064  NADH dehydrogenase subunit I  85.96 
 
 		 171 aa  307  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0149353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2765  NADH dehydrogenase subunit I  68.26 
 
 		 180 aa  244  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1499  NADH dehydrogenase subunit I  68.26 
 
 		 180 aa  244  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2543  NADH dehydrogenase subunit I  67.24 
 
 		 180 aa  244  6e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.879169  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1401  NADH dehydrogenase subunit I  66.67 
 
 		 180 aa  243  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.590324  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2825  NADH dehydrogenase subunit I  68.26 
 
 		 180 aa  243  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339444  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2435  NADH dehydrogenase subunit I  70.81 
 
 		 180 aa  241  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02206  NADH dehydrogenase subunit I  70.81 
 
 		 180 aa  241  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1376  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  70.81 
 
 		 180 aa  241  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00237006  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3301  NADH dehydrogenase subunit I  71.43 
 
 		 180 aa  242  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.9572 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3420  NADH dehydrogenase subunit I  70.81 
 
 		 180 aa  241  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2505  NADH dehydrogenase subunit I  68.86 
 
 		 180 aa  242  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2574  NADH dehydrogenase subunit I  70.81 
 
 		 180 aa  241  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1371  NADH dehydrogenase subunit I  70.81 
 
 		 180 aa  241  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  0.392913 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2560  NADH dehydrogenase subunit I  68.86 
 
 		 180 aa  242  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0213368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2657  NADH dehydrogenase subunit I  70.81 
 
 		 180 aa  241  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2549  NADH dehydrogenase subunit I  68.86 
 
 		 180 aa  242  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02166  hypothetical protein  70.81 
 
 		 180 aa  241  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2460  NADH dehydrogenase subunit I  68.86 
 
 		 180 aa  242  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2430  NADH dehydrogenase subunit I  70.81 
 
 		 180 aa  241  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2667  NADH dehydrogenase subunit I  68.26 
 
 		 180 aa  240  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1567  NADH dehydrogenase subunit I  67.66 
 
 		 180 aa  238  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.997394  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1809  NADH dehydrogenase subunit I  67.66 
 
 		 180 aa  238  2.9999999999999997e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.693845 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1461  NADH dehydrogenase subunit I  67.66 
 
 		 180 aa  238  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1352  NADH dehydrogenase subunit I  67.25 
 
 		 171 aa  238  4e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1696  NADH dehydrogenase subunit I  69.01 
 
 		 164 aa  234  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00251501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0107  NADH dehydrogenase subunit I  69.01 
 
 		 164 aa  233  7e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.807538  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2562  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 		 182 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29920  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 		 182 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.546828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1743  NADH dehydrogenase subunit I  68.42 
 
 		 164 aa  232  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00386762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28510  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 		 182 aa  231  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559317  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2419  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 		 182 aa  230  9e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3125  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 		 179 aa  229  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1014  NADH dehydrogenase subunit I  64.57 
 
 		 180 aa  228  3e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3204  NADH dehydrogenase subunit I  65.27 
 
 		 182 aa  228  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0843328  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4126  NADH dehydrogenase subunit I  65.27 
 
 		 182 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3698  NADH dehydrogenase subunit I  65.27 
 
 		 182 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.380267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1739  NADH dehydrogenase subunit I  65.27 
 
 		 182 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.220023 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1120  NADH dehydrogenase subunit I  65.27 
 
 		 180 aa  226  1e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.311189  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1866  NADH dehydrogenase subunit I  65.27 
 
 		 182 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3372  NADH dehydrogenase I, I subunit  64.67 
 
 		 182 aa  226  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.675448  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1692  NADH dehydrogenase subunit I  64.91 
 
 		 182 aa  226  2e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3610  NADH dehydrogenase subunit I  64.07 
 
 		 182 aa  225  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.487333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0711  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  64.33 
 
 		 170 aa  223  8e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0425782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2867  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  59.06 
 
 		 171 aa  223  8e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.708253  normal  0.0292468 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1113  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  62.57 
 
 		 170 aa  215  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182151  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3818  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  61.4 
 
 		 171 aa  211  4.9999999999999996e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1020  NADH dehydrogenase subunit I  61.4 
 
 		 171 aa  210  7e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.755319  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0580  NADH dehydrogenase subunit I  60.82 
 
 		 182 aa  209  1e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0627884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0374  NADH dehydrogenase subunit I  59.88 
 
 		 180 aa  209  2e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0591  NADH dehydrogenase subunit I  60.23 
 
 		 182 aa  207  5e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0623179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1940  NADH dehydrogenase subunit I  57.96 
 
 		 178 aa  172  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.509162 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0323  NADH dehydrogenase subunit I  54.72 
 
 		 176 aa  169  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3434  NADH dehydrogenase subunit I  54.72 
 
 		 176 aa  167  6e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460482  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0163  NADH dehydrogenase subunit I  52.83 
 
 		 184 aa  161  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0211  NADH dehydrogenase subunit I  50.31 
 
 		 176 aa  155  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0172  NADH dehydrogenase subunit I  50.65 
 
 		 176 aa  149  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0154  NADH dehydrogenase subunit I  50 
 
 		 176 aa  147  5e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.947551 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0917  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  46.15 
 
 		 179 aa  120  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.5865  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1275  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  43.36 
 
 		 199 aa  115  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1869  NADH-quinone oxidoreductase chain I  41.96 
 
 		 177 aa  113  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1322  NADH dehydrogenase subunit I  43.75 
 
 		 164 aa  111  5e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.323962  normal  0.0547108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7011  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.35 
 
 		 169 aa  108  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3248  NADH dehydrogenase subunit I  40.13 
 
 		 165 aa  108  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2993  NADH dehydrogenase subunit I  44.63 
 
 		 161 aa  107  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1187  NADH dehydrogenase subunit I  41.27 
 
 		 164 aa  107  7.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.438944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2238  NADH dehydrogenase subunit I  43.55 
 
 		 163 aa  107  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.180184 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2054  NADH dehydrogenase subunit I  42.96 
 
 		 163 aa  107  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.151951 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2206  NADH dehydrogenase subunit I  42.96 
 
 		 163 aa  107  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1883  NADH dehydrogenase subunit I  42.96 
 
 		 163 aa  107  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.604396 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0754  NADH dehydrogenase subunit I  42.06 
 
 		 164 aa  107  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.180315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0969  NADH dehydrogenase subunit I  42.31 
 
 		 163 aa  106  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0765514  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1099  NADH dehydrogenase subunit I  39.1 
 
 		 162 aa  105  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_18502  predicted protein  39.85 
 
 		 167 aa  105  2e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0613487 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0935  NADH dehydrogenase subunit I  42.31 
 
 		 163 aa  105  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.13658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1301  NADH dehydrogenase subunit I  43.8 
 
 		 162 aa  105  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00320411  normal  0.488956 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1411  NADH dehydrogenase subunit I  41.35 
 
 		 165 aa  104  6e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0328529 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1150  NADH dehydrogenase subunit I  40.6 
 
 		 162 aa  104  6e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2292  NADH dehydrogenase subunit I  43.8 
 
 		 161 aa  104  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0929  NADH dehydrogenase subunit I  37.59 
 
 		 163 aa  104  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1997  NADH dehydrogenase subunit I  42.15 
 
 		 167 aa  104  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0825  NADH dehydrogenase subunit I  38.16 
 
 		 163 aa  104  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0592  Formate hydrogenlyase subunit 6/NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kD subunit (chain I)-like protein  42.03 
 
 		 171 aa  104  7e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1185  NADH dehydrogenase subunit I  42.5 
 
 		 167 aa  103  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0684834  normal  0.389473 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2523  NADH dehydrogenase subunit I  42.5 
 
 		 167 aa  103  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.208294  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6086  NADH dehydrogenase subunit I  43.8 
 
 		 211 aa  103  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00224994  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1030  NADH dehydrogenase subunit I  39.69 
 
 		 163 aa  103  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.206882  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3502  NADH dehydrogenase subunit I  38.16 
 
 		 181 aa  103  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0980  NADH dehydrogenase subunit I  42.15 
 
 		 169 aa  102  2e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1750  NADH dehydrogenase subunit I  41.54 
 
 		 161 aa  103  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0957  NADH dehydrogenase subunit I  41.54 
 
 		 162 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0765322  normal  0.470027 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3336  NADH dehydrogenase subunit I  41.32 
 
 		 162 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.463064  normal  0.437664 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1363  NADH dehydrogenase subunit I  41.32 
 
 		 162 aa  102  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.353821  normal  0.140777 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0275  NADH dehydrogenase subunit I  35.19 
 
 		 199 aa  103  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1432  NADH dehydrogenase subunit I  37.5 
 
 		 165 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2415  NADH dehydrogenase subunit I  38.93 
 
 		 163 aa  102  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.87535  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5172  NADH dehydrogenase subunit I  42.19 
 
 		 169 aa  102  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.950727  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>