26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0460 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  100 
 
 		 330 aa  662    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  90.87 
 
 		 271 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  86.42 
 
 		 263 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  59.64 
 
 		 356 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  29.37 
 
 		 295 aa  102  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  29.37 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  28.57 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  29.26 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  32.6 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.76 
 
 		 288 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  29.86 
 
 		 297 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  30.84 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.14 
 
 		 277 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  27.75 
 
 		 289 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  26.17 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  27.9 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  29.65 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  29.65 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  29.06 
 
 		 264 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0216  BLUF domain-containing protein  31.9 
 
 		 450 aa  55.8  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.811903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1565  AppA, antirepressor of ppsR, sensor of blue light  31.9 
 
 		 450 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.935845  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  28.08 
 
 		 261 aa  54.3  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3045  BLUF domain-containing protein  32.59 
 
 		 448 aa  50.4  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  25.89 
 
 		 286 aa  47.4  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  26.49 
 
 		 281 aa  47  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0625  hypothetical protein  27.36 
 
 		 181 aa  42.4  0.01  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>