More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1142 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1394  chorismate synthase  88.4 
 
 		 362 aa  672    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.187693  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0629  chorismate synthase  84.15 
 
 		 368 aa  635    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.548293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1212  chorismate synthase  90.3 
 
 		 361 aa  680    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.535517 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1142  chorismate synthase  100 
 
 		 362 aa  741    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.579597  normal  0.271094 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1314  chorismate synthase  88.09 
 
 		 361 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0770  chorismate synthase  85.52 
 
 		 366 aa  636    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.742046  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2470  chorismate synthase  83.1 
 
 		 361 aa  631  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0846  chorismate synthase  76.52 
 
 		 371 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.742224 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1868  chorismate synthase  77.62 
 
 		 373 aa  580  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.423516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2757  chorismate synthase  76.65 
 
 		 366 aa  567  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0933744 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4138  chorismate synthase  73.76 
 
 		 370 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3216  chorismate synthase  79.06 
 
 		 366 aa  555  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.279354  normal  0.10403 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3176  chorismate synthase  78.24 
 
 		 366 aa  553  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0392  chorismate synthase  76.03 
 
 		 390 aa  553  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2990  chorismate synthase  78.79 
 
 		 366 aa  552  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0730  chorismate synthase  71.7 
 
 		 364 aa  541  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0586  chorismate synthase  72.1 
 
 		 365 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0435  chorismate synthase  71.55 
 
 		 364 aa  536  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0627  chorismate synthase  71.55 
 
 		 365 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0254313 
 
 
-
 
NC_004310  BR0428  chorismate synthase  71.55 
 
 		 364 aa  536  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0539  chorismate synthase  72.1 
 
 		 364 aa  536  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1873  chorismate synthase  75.21 
 
 		 371 aa  525  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.17056  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0785  chorismate synthase  72.65 
 
 		 365 aa  525  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229169 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0397  chorismate synthase  67.13 
 
 		 364 aa  521  1e-146  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.209987  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0515  chorismate synthase  71.55 
 
 		 365 aa  520  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3132  chorismate synthase  68.51 
 
 		 357 aa  512  1e-144  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0111802  normal  0.087423 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1015  chorismate synthase  71.9 
 
 		 364 aa  508  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3961  chorismate synthase  68.23 
 
 		 421 aa  503  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168181  normal  0.429407 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2797  chorismate synthase  66.12 
 
 		 368 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1320  chorismate synthase  70.52 
 
 		 369 aa  487  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0852715  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0855  chorismate synthase  68.61 
 
 		 363 aa  475  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4332  chorismate synthase  65.85 
 
 		 366 aa  474  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.259213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1389  chorismate synthase  65.57 
 
 		 366 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0057  chorismate synthase  65.57 
 
 		 366 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.14254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3275  chorismate synthase  66.58 
 
 		 367 aa  465  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4770  chorismate synthase  66.85 
 
 		 356 aa  461  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00112305  normal  0.0417622 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0331  chorismate synthase  65.3 
 
 		 370 aa  459  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.288386 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3619  chorismate synthase  65.19 
 
 		 361 aa  459  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000281464  normal  0.087707 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0009  chorismate synthase  65.47 
 
 		 356 aa  457  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1568  chorismate synthase  62.64 
 
 		 364 aa  451  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002863  chorismate synthase  63.26 
 
 		 361 aa  451  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0659  chorismate synthase  65.11 
 
 		 358 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463158  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03114  chorismate synthase  62.43 
 
 		 384 aa  449  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2466  chorismate synthase  63.16 
 
 		 361 aa  451  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.358807  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1241  chorismate synthase  61.26 
 
 		 366 aa  442  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2623  chorismate synthase  65.67 
 
 		 366 aa  444  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2168  chorismate synthase  61.88 
 
 		 361 aa  443  1e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2819  chorismate synthase  62.02 
 
 		 370 aa  441  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0159117  normal  0.634482 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1327  Chorismate synthase  64.64 
 
 		 361 aa  435  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.54496  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2481  chorismate synthase  64.64 
 
 		 361 aa  435  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2938  chorismate synthase  61.05 
 
 		 369 aa  436  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1018  chorismate synthase  60.77 
 
 		 362 aa  437  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02254  chorismate synthase  64.36 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1699  chorismate synthase  63.29 
 
 		 361 aa  431  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2486  chorismate synthase  64.36 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.519758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2737  chorismate synthase  64.09 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3470  chorismate synthase  64.36 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2626  chorismate synthase  64.09 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000317199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2524  chorismate synthase  64.09 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2573  chorismate synthase  64.09 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2624  chorismate synthase  64.36 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2707  chorismate synthase  64.36 
 
 		 361 aa  432  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2091  chorismate synthase  59.62 
 
 		 371 aa  432  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1740  chorismate synthase  61.33 
 
 		 368 aa  434  1e-120  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.544591 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1323  chorismate synthase  64.36 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2613  chorismate synthase  64.09 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.730292  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1226  chorismate synthase  60.77 
 
 		 366 aa  431  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0161922 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2667  chorismate synthase  60.5 
 
 		 364 aa  431  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02214  hypothetical protein  64.36 
 
 		 361 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2811  chorismate synthase  62.91 
 
 		 361 aa  429  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.655428  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0702  chorismate synthase  60.5 
 
 		 366 aa  424  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1537  chorismate synthase  59.67 
 
 		 364 aa  425  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2159  chorismate synthase  58.84 
 
 		 365 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0377  chorismate synthase  61.81 
 
 		 361 aa  422  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3074  chorismate synthase  59.34 
 
 		 376 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1607  chorismate synthase  58.56 
 
 		 364 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.360545 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1405  chorismate synthase  61.81 
 
 		 361 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.47258  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2593  chorismate synthase  62.91 
 
 		 361 aa  422  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1514  chorismate synthase  61.81 
 
 		 361 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.85122  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2244  chorismate synthase  59.12 
 
 		 365 aa  424  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1453  chorismate synthase  61.54 
 
 		 361 aa  422  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.71846  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1345  chorismate synthase  62.15 
 
 		 361 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.607384  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2752  chorismate synthase  58.56 
 
 		 364 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.200726  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2451  chorismate synthase  58.29 
 
 		 364 aa  418  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3150  chorismate synthase  58.38 
 
 		 373 aa  419  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0946  chorismate synthase  60.16 
 
 		 369 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.718045  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0762  chorismate synthase  60.16 
 
 		 430 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0691461  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1538  chorismate synthase  57.14 
 
 		 366 aa  419  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1481  chorismate synthase  60.16 
 
 		 369 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.470447  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3374  chorismate synthase  60.99 
 
 		 361 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2846  chorismate synthase  58.56 
 
 		 364 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000803726 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0401  chorismate synthase  60.16 
 
 		 369 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2769  chorismate synthase  58.56 
 
 		 364 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.116753  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1689  chorismate synthase  59.89 
 
 		 369 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.537327  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2856  chorismate synthase  59.62 
 
 		 367 aa  416  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1972  chorismate synthase  58.56 
 
 		 363 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4605  chorismate synthase  59.07 
 
 		 366 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0590951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2614  chorismate synthase  59.89 
 
 		 369 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1713  chorismate synthase  59.89 
 
 		 369 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193941  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1789  chorismate synthase  59.07 
 
 		 366 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681987  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>