123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4270 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4270  hypothetical protein  100 
 
 		 141 aa  283  5e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.372249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4168  hypothetical protein  89.44 
 
 		 142 aa  256  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.250781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1291  hypothetical protein  85.82 
 
 		 141 aa  253  6e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4804  hypothetical protein  82.98 
 
 		 141 aa  233  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.558671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6907  hypothetical protein  64.71 
 
 		 139 aa  170  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2885  hypothetical protein  39.86 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.101704  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2661  hypothetical protein  39.13 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189501  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2855  hypothetical protein  39.13 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.266671  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2860  hypothetical protein  39.13 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00728659 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2582  hypothetical protein  37.68 
 
 		 143 aa  107  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.532005  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2902  hypothetical protein  37.68 
 
 		 143 aa  107  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0045  cytidine deaminase  33.83 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.51644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1508  cytidine deaminase  35.04 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0011  cytidine deaminase  33.58 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0081  cytidine deaminase  32.56 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000394049  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3635  cytidine deaminase  30.88 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.825648 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0042  cytidine deaminase  33.93 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0173738 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1469  cytidine deaminase  35.96 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0427929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1203  cytidine deaminase  28.68 
 
 		 138 aa  60.1  0.000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0287032  normal  0.397725 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0081  cytidine deaminase  30.23 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000436242  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0137  cytidine deaminase  32.33 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1085  cytidine deaminase  31.82 
 
 		 138 aa  57.4  0.00000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1634  cytidine deaminase  32.12 
 
 		 160 aa  56.6  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.574132  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1794  cytidine deaminase  33.03 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000395488  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01844  Cytidine deaminase  34.55 
 
 		 157 aa  55.5  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595326  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1068  cytidine deaminase  32.59 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1777  cytidine deaminase  32.08 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.172773  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_11146  cytidine deaminase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02770)  29.53 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.152404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1324  cytidine deaminase  28.79 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0294653  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1286  cytidine deaminase, homotetrameric  30.22 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.887812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2480  cytidine deaminase  28.26 
 
 		 142 aa  54.3  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548526  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1001  cytidine deaminase  29.09 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2422  cytidine deaminase  30.97 
 
 		 159 aa  54.3  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4191  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  33.58 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4381  cytidine deaminase  32.12 
 
 		 132 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00104367  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3099  cytidine deaminase  32.84 
 
 		 138 aa  53.5  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.296617 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4418  cytidine deaminase  32.12 
 
 		 132 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0143762  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1469  cytidine deaminase  30.23 
 
 		 388 aa  53.5  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.127234  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0739  cytidine deaminase  35.4 
 
 		 137 aa  52.8  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4152  cytidine deaminase  32.12 
 
 		 132 aa  52.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000232365  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4200  cytidine deaminase  31.39 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0101414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4038  cytidine deaminase  31.39 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000126639  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4048  cytidine deaminase  31.39 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000101486  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4525  cytidine deaminase  31.39 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00234494  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0599  cytidine deaminase  33.03 
 
 		 129 aa  52.8  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0636  cytidine deaminase  29.37 
 
 		 139 aa  52.4  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119957 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4323  cytidine deaminase  31.39 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.09373e-57 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1828  cytidine deaminase  29.36 
 
 		 132 aa  51.6  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2657  cytidine deaminase  36.7 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.697109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0818  cytidine deaminase  31.39 
 
 		 132 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000529216  decreased coverage  5.58138e-23 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12520  cytidine deaminase  29.71 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1028  cytidine deaminase  36.61 
 
 		 132 aa  51.6  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4434  cytidine deaminase  31.85 
 
 		 132 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000171056  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1755  cytidine deaminase  31.34 
 
 		 131 aa  51.2  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000792295  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2390  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  33.86 
 
 		 249 aa  50.8  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1393  cytidine deaminase  28.89 
 
 		 125 aa  50.4  0.000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.245306  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1459  cytidine deaminase  32.41 
 
 		 396 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1757  cytidine deaminase  29.85 
 
 		 131 aa  50.4  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000261998  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1735  cytidine deaminase  29.85 
 
 		 131 aa  50.4  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000541202  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1706  cytidine deaminase  29.85 
 
 		 131 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000355072  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1895  cytidine deaminase  29.85 
 
 		 131 aa  50.4  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738736  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2005  cytidine deaminase  32.14 
 
 		 131 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000237527  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1930  cytidine deaminase  29.85 
 
 		 131 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  8.03425e-50 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0578  cytidine deaminase  28.44 
 
 		 129 aa  50.1  0.000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0827  cytidine deaminase  29.79 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0111434  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1582  cytidine deaminase  26.87 
 
 		 138 aa  49.7  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.993126  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05430  cytidine deaminase  34.23 
 
 		 134 aa  49.7  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.764877  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1135  cytidine deaminase  34.21 
 
 		 134 aa  48.9  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1898  cytidine deaminase  30.3 
 
 		 131 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000087188  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3448  cytidine deaminase  30.3 
 
 		 131 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000204883 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1978  cytidine deaminase  32.73 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00152916  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0740  cytidine deaminase  30.28 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.0487267 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4587  cytidine deaminase  30.37 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00127227  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0498  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  26.09 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.115067 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0733  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  26.09 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00269425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4396  cytidine deaminase  35.78 
 
 		 136 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6450  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  33.93 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0855  cytidine deaminase  30.91 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1470  cytidine deaminase  28.24 
 
 		 131 aa  47.8  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000737931  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0331  cytidine deaminase  25.74 
 
 		 131 aa  47.4  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0953  cytidine deaminase  30 
 
 		 129 aa  47.4  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.234119  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1065  cytidine deaminase  32.61 
 
 		 135 aa  47.4  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.805536  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5437  hypothetical protein  34.91 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.491914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1779  cytidine deaminase  31.78 
 
 		 133 aa  47.4  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.713344  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1626  cytidine deaminase  33.63 
 
 		 134 aa  47  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1660  cytidine deaminase  33.63 
 
 		 134 aa  47  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1316  cytidine deaminase  28.87 
 
 		 145 aa  47.4  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.501646 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0790  cytidine deaminase  23.94 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000426322  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0998  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.349207  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6435  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  30.56 
 
 		 161 aa  46.6  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0667145  normal  0.662331 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1507  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.492073  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0968  cytidine deaminase  28.26 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.365904  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4276  cytidine deaminase  30.56 
 
 		 139 aa  45.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0811  cytidine deaminase  33.64 
 
 		 234 aa  45.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.699286 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1838  cytidine deaminase  33.94 
 
 		 144 aa  45.1  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1931  cytidine deaminase  29.17 
 
 		 136 aa  44.7  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1390  hypothetical protein  28.04 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0025  cytidine deaminase  26.62 
 
 		 134 aa  44.3  0.0006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00901236 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0754  cytidine deaminase  24.82 
 
 		 175 aa  44.3  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3376  cytidine deaminase  27.74 
 
 		 132 aa  43.9  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.212028  normal  0.0792246 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>