42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2542 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_4979  hypothetical protein  69.66 
 
 		 434 aa  641    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.941662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5415  hypothetical protein  71.46 
 
 		 441 aa  660    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.602565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2001  hypothetical protein  81.26 
 
 		 443 aa  745    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0214645  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2542  hypothetical protein  100 
 
 		 443 aa  907    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.15406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1246  hypothetical protein  62.06 
 
 		 449 aa  570  1e-161  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000280967 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28830  hypothetical protein  62.07 
 
 		 431 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000708644  decreased coverage  0.000000000585098 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0190  hypothetical protein  61.41 
 
 		 448 aa  556  1e-157  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3425  hypothetical protein  63.03 
 
 		 431 aa  555  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.220732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4430  hypothetical protein  62.09 
 
 		 431 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462016  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1168  hypothetical protein  60.23 
 
 		 436 aa  549  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5142  hypothetical protein  59.27 
 
 		 434 aa  546  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.164057  normal  0.1076 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0140  hypothetical protein  59.08 
 
 		 432 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0223  hypothetical protein  60.56 
 
 		 423 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.227803  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0327  hypothetical protein  55.2 
 
 		 445 aa  521  1e-146  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.24422  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1077  hypothetical protein  51.35 
 
 		 446 aa  449  1e-125  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.044868  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0062  hypothetical protein  52.05 
 
 		 443 aa  437  1e-121  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0963  hypothetical protein  42.26 
 
 		 442 aa  355  1e-96  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1557  hypothetical protein  40 
 
 		 444 aa  343  5e-93  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4171  hypothetical protein  39.15 
 
 		 438 aa  333  3e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0130561 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2228  hypothetical protein  38.77 
 
 		 437 aa  330  3e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1524  hypothetical protein  36.26 
 
 		 443 aa  308  2.0000000000000002e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000521708 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2069  hypothetical protein  35.76 
 
 		 433 aa  305  7e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0391  hypothetical protein  37.26 
 
 		 442 aa  291  2e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.762631  normal  0.486737 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2562  hypothetical protein  42.54 
 
 		 406 aa  283  4.0000000000000003e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00055451  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1221  hypothetical protein  33.95 
 
 		 441 aa  249  9e-65  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0215115  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2147  putative ATP/GTP binding protein  27.71 
 
 		 435 aa  136  7.000000000000001e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.254333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0916  adenosylhomocysteinase  27.57 
 
 		 430 aa  113  7.000000000000001e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2956  putative ATP/GTP binding protein  26.88 
 
 		 442 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0271039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0075  putative ATP/GTP binding protein  27.01 
 
 		 435 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.858141 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3200  ATP/GTP binding protein  24.7 
 
 		 424 aa  109  8.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.819514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1237  putative ATP/GTP binding protein  25.3 
 
 		 450 aa  107  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0603  putative ATP/GTP binding protein  25.54 
 
 		 450 aa  106  9e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05240  hypothetical protein  26.67 
 
 		 440 aa  104  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.268611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1159  putative ATP/GTP binding protein  25.37 
 
 		 441 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1205  methyl-accepting chemotaxis protein  27.67 
 
 		 444 aa  100  5e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0899903  hitchhiker  0.00000283136 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7837  methyl-accepting chemotaxis protein  25.75 
 
 		 464 aa  99.4  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3078  putative ATP/GTP binding protein  24.01 
 
 		 440 aa  99.4  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1495  methyl-accepting chemotaxis protein  24.05 
 
 		 441 aa  94.7  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0711  putative ATP/GTP binding protein  23.24 
 
 		 441 aa  94  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0412472  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4278  methyl-accepting chemotaxis protein  23.94 
 
 		 436 aa  86.3  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3940  hypothetical protein  25.9 
 
 		 413 aa  62.4  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1769  hypothetical protein  33.58 
 
 		 330 aa  46.2  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>