More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1544 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1544  Generic methyltransferase  100 
 
 		 201 aa  410  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3232  hypothetical protein  31.06 
 
 		 323 aa  67  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.470904  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0317  Methyltransferase type 12  27.92 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2132  methyltransferase type 11  32.37 
 
 		 274 aa  61.2  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4274  methyltransferase type 11  31.4 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.254306  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2177  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  28.48 
 
 		 345 aa  61.2  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.225032  hitchhiker  0.000137631 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5793  Methyltransferase type 11  29.1 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0632  glycosyl transferase family protein  34.29 
 
 		 1312 aa  60.1  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.900451 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5441  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  29.02 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0577674  normal  0.255989 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0752  methyltransferase type 11  29.11 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0077  hypothetical protein  26.74 
 
 		 353 aa  59.7  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0080  Methyltransferase type 11  26.74 
 
 		 353 aa  59.7  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1111  Methyltransferase type 12  28.05 
 
 		 310 aa  58.2  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1298  Methyltransferase type 11  29.05 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356445  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1055  glycosyl transferase family 2  27.78 
 
 		 1162 aa  56.2  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.289988  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2682  Methyltransferase type 12  33.66 
 
 		 358 aa  56.2  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.454648  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02860  hypothetical protein  26.02 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.584838  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2740  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.53 
 
 		 238 aa  55.1  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4502  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  32.46 
 
 		 244 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1390  SAM-binding motif-containing protein  38 
 
 		 252 aa  54.7  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.671564 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4848  Methyltransferase type 11  29.53 
 
 		 241 aa  54.3  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00379  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  32 
 
 		 239 aa  54.3  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.296609  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4142  glycosyl transferase family protein  33.01 
 
 		 1287 aa  54.3  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000068759 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0456  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1 4-benzoquinol methylase-like  27.1 
 
 		 672 aa  53.1  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0617  Methyltransferase type 12  29.52 
 
 		 310 aa  52.8  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0164647 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2011  hypothetical protein  23.26 
 
 		 199 aa  52.8  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.714234 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0579  methyltransferase type 11  25.82 
 
 		 339 aa  53.1  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0298  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  35.65 
 
 		 254 aa  52.4  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1318  glycosyl transferase family protein  29.09 
 
 		 1314 aa  52.8  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.581884  normal  0.368047 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1324  methyltransferase type 11  27.43 
 
 		 248 aa  52.4  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.386033  hitchhiker  0.000000000822833 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3949  methyltransferase type 11  26 
 
 		 513 aa  52  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2963  methyltransferase type 12  32.74 
 
 		 303 aa  52  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5502  Methyltransferase type 12  28.91 
 
 		 217 aa  52  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.222085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3006  methyltransferase type 12  25 
 
 		 681 aa  51.6  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.633739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0453  hypothetical protein  30.91 
 
 		 305 aa  51.6  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3845  glycosyl transferase, group 1  47.92 
 
 		 802 aa  51.6  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.880485  normal  0.505849 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1578  hypothetical protein  27.45 
 
 		 447 aa  51.6  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.365139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1554  hypothetical protein  27.45 
 
 		 447 aa  51.6  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1306  hypothetical protein  33.66 
 
 		 297 aa  51.2  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.782095 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2510  hypothetical protein  26.92 
 
 		 308 aa  51.2  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1658  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  25.14 
 
 		 230 aa  50.8  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6261  Methyltransferase type 12  31 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.265147 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0490  Methyltransferase type 11  32.43 
 
 		 222 aa  50.8  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1285  hypothetical protein  28.57 
 
 		 249 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0162  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  25.42 
 
 		 277 aa  51.2  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.466565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1321  methyltransferase type 12  29.63 
 
 		 396 aa  51.2  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2110  methyltransferase type 11  29.41 
 
 		 266 aa  50.4  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.594236 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1664  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.4 
 
 		 230 aa  50.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0390  Methyltransferase type 11  24.16 
 
 		 267 aa  50.1  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 1094 aa  50.1  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2768  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.21 
 
 		 247 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03030  methionine biosynthesis protein MetW  30.66 
 
 		 199 aa  50.1  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.767976  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1175  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.56 
 
 		 247 aa  49.7  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.125464  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5195  Methyltransferase type 11  26.67 
 
 		 273 aa  49.7  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2837  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.56 
 
 		 247 aa  49.7  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2840  Methyltransferase type 11  28.7 
 
 		 235 aa  49.7  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.998638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2260  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  34.19 
 
 		 254 aa  49.7  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0516247  normal  0.429891 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1271  methyltransferase type 11  31.2 
 
 		 274 aa  49.3  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.459603  hitchhiker  0.00156427 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0252  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1 4-benzoquinol methylase-like  28.4 
 
 		 273 aa  49.3  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.859955  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1530  3-demethylubiquinone-9 3-O-methyltransferase  33.06 
 
 		 237 aa  49.3  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1695  methyltransferase type 11  27.61 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0925048  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2471  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  26.28 
 
 		 253 aa  49.3  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1103  methyltransferase type 11  27.23 
 
 		 237 aa  49.3  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00292057  hitchhiker  0.000229506 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2593  methyltransferase type 11  32.46 
 
 		 238 aa  49.3  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4275  methyltransferase type 11  35.04 
 
 		 251 aa  48.9  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1348  methyltransferase type 11  23.7 
 
 		 286 aa  48.9  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.71095  hitchhiker  0.00964289 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3856  hypothetical protein  36.11 
 
 		 189 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.67552  normal  0.498735 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1576  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  25.73 
 
 		 229 aa  48.5  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0819441  unclonable  0.000000165496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0367  methionine biosynthesis protein MetW  29.71 
 
 		 206 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.802939  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5098  methionine biosynthesis protein MetW  29.93 
 
 		 212 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.435221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5520  Methyltransferase type 12  31.53 
 
 		 306 aa  48.1  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.281271 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0488  methionine biosynthesis protein MetW  29.71 
 
 		 206 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5148  methionine biosynthesis protein MetW  29.93 
 
 		 206 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.740945  normal  0.654734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4971  methionine biosynthesis protein MetW  29.93 
 
 		 206 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2154  methyltransferase type 11  23.6 
 
 		 291 aa  48.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1845  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  26.38 
 
 		 234 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00431464  normal  0.756459 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0233  Methyltransferase type 12  30.48 
 
 		 305 aa  48.1  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2173  Methyltransferase type 11  24.55 
 
 		 252 aa  48.1  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0630  hypothetical protein  47.73 
 
 		 240 aa  48.1  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0258  methyltransferase type 12  28.93 
 
 		 211 aa  48.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0504926 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05070  putative methionine biosynthesis protein  29.71 
 
 		 206 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23220  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  26.38 
 
 		 232 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0574161  hitchhiker  0.00443225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1958  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.16 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.937117  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2296  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.22 
 
 		 236 aa  47.4  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2732  hypothetical protein  27.62 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422466  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3104  methyltransferase type 12  23.24 
 
 		 396 aa  47.8  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3274  Methyltransferase type 11  31.13 
 
 		 261 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.689568  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3265  methyltransferase type 11  33.33 
 
 		 241 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0337  methionine biosynthesis protein MetW  32.77 
 
 		 202 aa  47.4  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5050  metW protein  29.93 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1209  Methyltransferase type 11  30.09 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2304  Methyltransferase type 11  25.91 
 
 		 317 aa  47  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000442527  normal  0.300878 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3138  Methyltransferase type 11  27.65 
 
 		 255 aa  47  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.893116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3550  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.7 
 
 		 248 aa  46.6  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2887  SAM-binding motif-containing protein  30.63 
 
 		 237 aa  46.6  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.015318 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1719  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  25.97 
 
 		 234 aa  46.6  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.815395  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3357  Methyltransferase type 11  25.79 
 
 		 211 aa  46.6  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2814  glycosyl transferase family protein  26.96 
 
 		 457 aa  46.6  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5124  methyltransferase type 11  34.17 
 
 		 241 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.306844 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21081  hypothetical protein  26.92 
 
 		 373 aa  47.4  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.781663  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>