40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2746 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2746  NIPSNAP family protein  100 
 
 		 107 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2604  NIPSNAP family protein  99.06 
 
 		 108 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.565176 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20350  hypothetical protein  76.92 
 
 		 108 aa  170  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982333  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4010  NIPSNAP family protein  65.38 
 
 		 112 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2711  NIPSNAP family protein  65.05 
 
 		 116 aa  138  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00332524  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2725  NIPSNAP family containing protein  61.32 
 
 		 111 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2693  NIPSNAP family protein  59.8 
 
 		 118 aa  132  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0954224 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1202  NIPSNAP family protein  60.58 
 
 		 120 aa  130  6e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5493  hypothetical protein  56.57 
 
 		 115 aa  120  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0586  NIPSNAP family protein  41.41 
 
 		 106 aa  94  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6438  NIPSNAP family containing protein  38.95 
 
 		 113 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000233973 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3880  NIPSNAP family protein  38.95 
 
 		 113 aa  82  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.273417 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3143  hypothetical protein  38.95 
 
 		 113 aa  82  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2151  NIPSNAP family protein  41.05 
 
 		 102 aa  78.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.341026 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1039  NIPSNAP family protein  37.5 
 
 		 104 aa  78.2  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6250  NIPSNAP family protein  34.34 
 
 		 108 aa  73.9  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.441941 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2212  NIPSNAP family protein  34.78 
 
 		 104 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00220241  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20230  hypothetical protein  35.79 
 
 		 102 aa  70.9  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5588  NIPSNAP family containing protein  33.7 
 
 		 107 aa  70.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0968963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3219  NIPSNAP family protein  41.05 
 
 		 106 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6721  NIPSNAP family protein  36.17 
 
 		 110 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.246115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6486  hypothetical protein  36.17 
 
 		 110 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.870097  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6545  NIPSNAP family containing protein  33.7 
 
 		 107 aa  70.1  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.344991  normal  0.706703 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2134  hypothetical protein  35.71 
 
 		 118 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1114  hypothetical protein  29.17 
 
 		 104 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4320  NIPSNAP family protein  37.11 
 
 		 122 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353616  normal  0.0756838 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0041  NIPSNAP family protein  32.99 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2268  NIPSNAP  32.99 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.509505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0611  NIPSNAP family containing protein  31.25 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5546  NIPSNAP family containing protein  34.34 
 
 		 105 aa  62  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3119  NIPSNAP family protein  41.05 
 
 		 106 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2606  NIPSNAP family containing protein  41.05 
 
 		 106 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.288716  normal  0.0338124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3611  hypothetical protein  28.43 
 
 		 109 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2528  NIPSNAP domain-containing protein  38.14 
 
 		 104 aa  57.8  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2132  hypothetical protein  29.41 
 
 		 106 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0973  hypothetical protein  26.42 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.155392  normal  0.712944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3255  NIPSNAP family protein  27.36 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2786  NIPSNAP  26.92 
 
 		 108 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0225212  normal  0.675338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4475  hypothetical protein  26.32 
 
 		 108 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2293  NIPSNAP domain-containing protein  26.53 
 
 		 214 aa  40.4  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>