44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4320 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4320  NIPSNAP family protein  100 
 
 
122 aa  245  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353616  normal  0.0756838 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6545  NIPSNAP family containing protein  53.92 
 
 
107 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.344991  normal  0.706703 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5588  NIPSNAP family containing protein  52.94 
 
 
107 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0968963  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2528  NIPSNAP domain-containing protein  65.38 
 
 
104 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2212  NIPSNAP family protein  49.04 
 
 
104 aa  110  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00220241  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6250  NIPSNAP family protein  47.06 
 
 
108 aa  104  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.441941 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0611  NIPSNAP family containing protein  47.06 
 
 
110 aa  103  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6438  NIPSNAP family containing protein  49 
 
 
113 aa  100  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000233973 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20230  hypothetical protein  49.5 
 
 
102 aa  99.4  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2134  hypothetical protein  48.54 
 
 
118 aa  98.6  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0041  NIPSNAP family protein  45 
 
 
128 aa  97.8  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0586  NIPSNAP family protein  46.08 
 
 
106 aa  94.4  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1114  hypothetical protein  37.5 
 
 
104 aa  91.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3143  hypothetical protein  41 
 
 
113 aa  91.3  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3880  NIPSNAP family protein  41 
 
 
113 aa  91.3  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.273417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0070  hypothetical protein  46.08 
 
 
109 aa  90.9  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.382879  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2268  NIPSNAP  42.31 
 
 
108 aa  91.3  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.509505  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2151  NIPSNAP family protein  46.53 
 
 
102 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.341026 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1039  NIPSNAP family protein  42.31 
 
 
104 aa  85.9  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3219  NIPSNAP family protein  47.17 
 
 
106 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2132  hypothetical protein  46.6 
 
 
106 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6486  hypothetical protein  42.11 
 
 
110 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.870097  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6721  NIPSNAP family protein  42.11 
 
 
110 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.246115  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4010  NIPSNAP family protein  37.14 
 
 
112 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2606  NIPSNAP family containing protein  47.17 
 
 
106 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.288716  normal  0.0338124 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3119  NIPSNAP family protein  47.17 
 
 
106 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3611  hypothetical protein  37.37 
 
 
109 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2604  NIPSNAP family protein  37.11 
 
 
108 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.565176 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5546  NIPSNAP family containing protein  33.98 
 
 
105 aa  69.7  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2746  NIPSNAP family protein  37.11 
 
 
107 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2725  NIPSNAP family containing protein  38.3 
 
 
111 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20350  hypothetical protein  35.29 
 
 
108 aa  66.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982333  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2693  NIPSNAP family protein  36.17 
 
 
118 aa  63.9  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0954224 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2711  NIPSNAP family protein  32.98 
 
 
116 aa  60.5  0.000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00332524  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5493  hypothetical protein  29.79 
 
 
115 aa  55.5  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3225  NIPSNAP family containing protein  31.48 
 
 
108 aa  51.2  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.990074  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1202  NIPSNAP family protein  26.42 
 
 
120 aa  50.4  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04779  NIPSNAP family protein (AFU_orthologue; AFUA_3G06660)  33.33 
 
 
388 aa  48.9  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0962984  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2786  NIPSNAP  28.7 
 
 
108 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0225212  normal  0.675338 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2293  NIPSNAP domain-containing protein  29.13 
 
 
214 aa  45.4  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4475  hypothetical protein  29.63 
 
 
108 aa  43.9  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0760  NIPSNAP family containing protein  29.63 
 
 
108 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0973  hypothetical protein  30.63 
 
 
108 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.155392  normal  0.712944 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03240  conserved hypothetical protein  28.36 
 
 
317 aa  40.4  0.008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0352937  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>