35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2786 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2786  NIPSNAP  100 
 
 		 108 aa  223  6e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0225212  normal  0.675338 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3225  NIPSNAP family containing protein  87.96 
 
 		 108 aa  205  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.990074  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4475  hypothetical protein  80.56 
 
 		 108 aa  189  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3412  NIPSNAP family protein  72.22 
 
 		 108 aa  173  8e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.870754  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1821  NIPSNAP family protein  72.22 
 
 		 108 aa  173  8e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0760  NIPSNAP family containing protein  65.74 
 
 		 108 aa  154  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0973  hypothetical protein  62.96 
 
 		 108 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.155392  normal  0.712944 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2970  NIPSNAP family protein  60.19 
 
 		 108 aa  139  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5794  NIPSNAP family protein  58.33 
 
 		 108 aa  136  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0486998  normal  0.119522 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3255  NIPSNAP family protein  59.26 
 
 		 108 aa  135  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0395  NIPSNAP family containing protein  38.46 
 
 		 262 aa  85.1  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.865859  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0089  NIPSNAP family containing protein  39.25 
 
 		 184 aa  80.5  0.000000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348759  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1039  NIPSNAP family protein  34.26 
 
 		 104 aa  58.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2212  NIPSNAP family protein  30.56 
 
 		 104 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00220241  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0535  NIPSNAP family containing protein  31.71 
 
 		 267 aa  55.1  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.563369 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6250  NIPSNAP family protein  37.66 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.441941 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5588  NIPSNAP family containing protein  28.57 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0968963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6545  NIPSNAP family containing protein  28.57 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.344991  normal  0.706703 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3143  hypothetical protein  27.88 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3880  NIPSNAP family protein  27.88 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.273417 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20230  hypothetical protein  29.81 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0611  NIPSNAP family containing protein  28.85 
 
 		 110 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0586  NIPSNAP family protein  27.62 
 
 		 106 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2151  NIPSNAP family protein  28.16 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.341026 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2693  NIPSNAP family protein  25.47 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0954224 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20350  hypothetical protein  23.58 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982333  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5546  NIPSNAP family containing protein  27.88 
 
 		 105 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2604  NIPSNAP family protein  26.92 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.565176 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2746  NIPSNAP family protein  26.92 
 
 		 107 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6438  NIPSNAP family containing protein  29.87 
 
 		 113 aa  41.6  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000233973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3219  NIPSNAP family protein  31.48 
 
 		 106 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4320  NIPSNAP family protein  28.7 
 
 		 122 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353616  normal  0.0756838 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6721  NIPSNAP family protein  33.77 
 
 		 110 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.246115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6486  hypothetical protein  33.77 
 
 		 110 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.870097  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1202  NIPSNAP family protein  26.74 
 
 		 120 aa  40  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>