53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6250 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_6250  NIPSNAP family protein  100 
 
 
108 aa  221  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.441941 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6545  NIPSNAP family containing protein  77.45 
 
 
107 aa  166  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.344991  normal  0.706703 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5588  NIPSNAP family containing protein  77.45 
 
 
107 aa  166  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0968963  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2212  NIPSNAP family protein  71.57 
 
 
104 aa  157  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00220241  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2268  NIPSNAP  46.6 
 
 
108 aa  100  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.509505  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3143  hypothetical protein  44 
 
 
113 aa  99.4  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3880  NIPSNAP family protein  44 
 
 
113 aa  99.4  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.273417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6438  NIPSNAP family containing protein  47 
 
 
113 aa  98.6  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000233973 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0611  NIPSNAP family containing protein  46.08 
 
 
110 aa  97.8  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4320  NIPSNAP family protein  47.06 
 
 
122 aa  97.1  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353616  normal  0.0756838 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6721  NIPSNAP family protein  47.92 
 
 
110 aa  94.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.246115  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6486  hypothetical protein  47.92 
 
 
110 aa  94.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.870097  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1114  hypothetical protein  39.22 
 
 
104 aa  94  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0586  NIPSNAP family protein  38.24 
 
 
106 aa  92  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2528  NIPSNAP domain-containing protein  50 
 
 
104 aa  91.7  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2134  hypothetical protein  43.27 
 
 
118 aa  89.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2151  NIPSNAP family protein  41 
 
 
102 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.341026 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1039  NIPSNAP family protein  40.2 
 
 
104 aa  87  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0041  NIPSNAP family protein  38 
 
 
128 aa  85.1  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2132  hypothetical protein  47.06 
 
 
106 aa  83.6  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3219  NIPSNAP family protein  41.35 
 
 
106 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20230  hypothetical protein  37 
 
 
102 aa  78.2  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5546  NIPSNAP family containing protein  40.24 
 
 
105 aa  77.8  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3119  NIPSNAP family protein  41.35 
 
 
106 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2606  NIPSNAP family containing protein  41.35 
 
 
106 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.288716  normal  0.0338124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2746  NIPSNAP family protein  34.34 
 
 
107 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20350  hypothetical protein  35.42 
 
 
108 aa  72.8  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982333  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2604  NIPSNAP family protein  34.74 
 
 
108 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.565176 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3611  hypothetical protein  37.63 
 
 
109 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4010  NIPSNAP family protein  32.38 
 
 
112 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2725  NIPSNAP family containing protein  31.37 
 
 
111 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0070  hypothetical protein  33.33 
 
 
109 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.382879  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2693  NIPSNAP family protein  29.03 
 
 
118 aa  64.7  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0954224 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2293  NIPSNAP domain-containing protein  31.73 
 
 
214 aa  59.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2711  NIPSNAP family protein  32.61 
 
 
116 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00332524  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03240  conserved hypothetical protein  31.07 
 
 
317 aa  54.3  0.0000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0352937  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1202  NIPSNAP family protein  28.43 
 
 
120 aa  51.6  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2786  NIPSNAP  37.66 
 
 
108 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0225212  normal  0.675338 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04779  NIPSNAP family protein (AFU_orthologue; AFUA_3G06660)  28.16 
 
 
388 aa  49.7  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0962984  normal 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_89274  predicted protein  28.57 
 
 
270 aa  49.3  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0444198  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3225  NIPSNAP family containing protein  29.52 
 
 
108 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.990074  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5493  hypothetical protein  28.57 
 
 
115 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2424  NIPSNAP family protein  36 
 
 
203 aa  48.1  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.049725 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4475  hypothetical protein  36.36 
 
 
108 aa  45.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0760  NIPSNAP family containing protein  32.47 
 
 
108 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6103  NIPSNAP family protein  30.69 
 
 
203 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.97177 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2700  NIPSNAP family protein  37.33 
 
 
203 aa  43.9  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.818576  normal  0.242194 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49396  predicted protein  29.91 
 
 
268 aa  43.5  0.0009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.699819  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2157  NIPSNAP family protein  36.49 
 
 
204 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1821  NIPSNAP family protein  26.67 
 
 
108 aa  41.6  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3412  NIPSNAP family protein  26.67 
 
 
108 aa  41.6  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.870754  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0395  NIPSNAP family containing protein  26.92 
 
 
262 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.865859  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0549  NIPSNAP  36.36 
 
 
204 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.759836  normal  0.865249 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>