130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0018 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  133  6e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  97.01 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0023  tRNA-Val  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_002950  PGt04  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt31  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt37  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_002950  PGt46  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0011  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.65946  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07697  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0051  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.484505  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13662  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.148645  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0035  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.115961  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0017  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.256418  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435872  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0044  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000172197  normal  0.222216 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tIle01  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.982278 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0014  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0028  tRNA-Val  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0008  tRNA-Val  89.36 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0047  tRNA-Val  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0087743  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0037  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0181  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00212444  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02187  tRNA-Val  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t24  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0032  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  hitchhiker  8.04575e-18 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0029  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0042  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00634518  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0043  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131984  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07685  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.954113  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0031  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.136071  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0034  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0899378  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0028  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t068  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0011202  hitchhiker  0.00473676 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t069  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122297  hitchhiker  0.00465561 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Val-1  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.301674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>