116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4898 on replicon NC_008759
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008759  Pnap_4898  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 180 aa  366  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.560843  normal  0.318536 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  44.16 
 
 		 432 aa  148  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  40.1 
 
 		 432 aa  142  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4268  DNA-repair protein  42.13 
 
 		 382 aa  140  8e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  39 
 
 		 449 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  37.11 
 
 		 427 aa  99  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  32.5 
 
 		 450 aa  94.4  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0459  DNA-directed DNA polymerase  34.55 
 
 		 423 aa  87  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.204967  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0086  ultraviolet light resistance protein B  34.54 
 
 		 360 aa  87  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  29.74 
 
 		 421 aa  86.3  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  32.32 
 
 		 450 aa  85.9  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  31.82 
 
 		 423 aa  81.3  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  30.1 
 
 		 425 aa  80.9  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  29.56 
 
 		 420 aa  79.3  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  28.86 
 
 		 425 aa  78.2  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  30.1 
 
 		 426 aa  77.8  0.00000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  31.58 
 
 		 439 aa  77.8  0.00000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  29.9 
 
 		 418 aa  77  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  29 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  30 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  30 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  29 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  29.29 
 
 		 423 aa  76.6  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  29.59 
 
 		 425 aa  75.9  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4369  DNA-directed DNA polymerase  36.5 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.56654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1434  DNA-directed DNA polymerase  38.62 
 
 		 497 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  30 
 
 		 422 aa  75.5  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  29 
 
 		 422 aa  75.1  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  28.5 
 
 		 422 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  28.5 
 
 		 422 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  29.7 
 
 		 426 aa  74.7  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  31.82 
 
 		 437 aa  74.7  0.0000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  28.5 
 
 		 422 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  28.5 
 
 		 422 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  28.5 
 
 		 422 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  28.5 
 
 		 422 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  32.84 
 
 		 424 aa  74.7  0.0000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  31.44 
 
 		 492 aa  73.6  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  30.1 
 
 		 418 aa  72.4  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  35.56 
 
 		 418 aa  71.6  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  31.84 
 
 		 425 aa  71.6  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  29.35 
 
 		 426 aa  71.2  0.000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1178  DNA-directed DNA polymerase  30.46 
 
 		 424 aa  71.2  0.000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0736762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1292  DNA-directed DNA polymerase  32.32 
 
 		 424 aa  70.5  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.355097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  29.63 
 
 		 426 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  24.5 
 
 		 422 aa  69.3  0.00000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 		 426 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  34.81 
 
 		 418 aa  68.6  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  29.59 
 
 		 422 aa  68.9  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  28.28 
 
 		 426 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  27.41 
 
 		 421 aa  66.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  26.13 
 
 		 422 aa  65.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0591  impB/mucB/samB family protein  28.28 
 
 		 366 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.110123  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  27.55 
 
 		 423 aa  65.1  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0920  DNA-directed DNA polymerase  29.65 
 
 		 423 aa  65.1  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.21788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  28.79 
 
 		 424 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  28.79 
 
 		 424 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  28.79 
 
 		 424 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1200  DNA-directed DNA polymerase  30.81 
 
 		 432 aa  63.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  26.77 
 
 		 430 aa  63.5  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  23.12 
 
 		 446 aa  63.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  29.21 
 
 		 420 aa  64.3  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  28.28 
 
 		 424 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  28.06 
 
 		 421 aa  62.4  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  25.87 
 
 		 424 aa  62  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  30.77 
 
 		 478 aa  60.8  0.000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  28.08 
 
 		 423 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07071  putative UmuC protein  25.68 
 
 		 422 aa  60.1  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.109713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  28.95 
 
 		 424 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  28.35 
 
 		 443 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  29.21 
 
 		 442 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  25.4 
 
 		 424 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  24 
 
 		 419 aa  55.5  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4994  hypothetical protein  34.81 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15961  putative UmuC protein  29.08 
 
 		 424 aa  55.5  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  23.96 
 
 		 418 aa  53.9  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 418 aa  53.9  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  28.87 
 
 		 418 aa  53.1  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10201  putative UmuC protein  23.94 
 
 		 430 aa  53.5  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.31245  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  29.46 
 
 		 418 aa  52  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  25 
 
 		 437 aa  51.6  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.72 
 
 		 420 aa  50.8  0.000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 		 418 aa  50.4  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  27 
 
 		 423 aa  50.1  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  26.63 
 
 		 428 aa  50.1  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  41.38 
 
 		 418 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  31.53 
 
 		 436 aa  48.9  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4349  umuC protein  47.17 
 
 		 221 aa  48.9  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.844535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  29.55 
 
 		 418 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  22.96 
 
 		 417 aa  48.9  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2040  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 418 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939043  normal  0.0886472 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  29.55 
 
 		 418 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  29.55 
 
 		 418 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1335  DNA-directed DNA polymerase  28.21 
 
 		 419 aa  48.5  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2171  DNA-directed DNA polymerase  29.46 
 
 		 417 aa  48.5  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  47.17 
 
 		 418 aa  48.5  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2120  DNA-repair protein  30.43 
 
 		 339 aa  48.1  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  30.43 
 
 		 418 aa  48.1  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0555  DNA-directed DNA polymerase  36.45 
 
 		 94 aa  47.8  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.104449  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2466  DNA-repair protein  29.46 
 
 		 417 aa  47.8  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0312138  normal  0.965014 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>