97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0555 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0555  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 94 aa  190  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.104449  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  88.24 
 
 		 442 aa  155  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4994  hypothetical protein  85.88 
 
 		 213 aa  148  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6837  hypothetical protein  80 
 
 		 154 aa  139  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3928  hypothetical protein  83.54 
 
 		 119 aa  135  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5028  hypothetical protein  83.54 
 
 		 119 aa  135  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  69.41 
 
 		 442 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  72.09 
 
 		 443 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  69.77 
 
 		 478 aa  120  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0362  DNA-directed DNA polymerase  62.79 
 
 		 127 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.890005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  57.32 
 
 		 420 aa  95.1  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7650  hypothetical protein  74.47 
 
 		 93 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  43.68 
 
 		 436 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  46.15 
 
 		 432 aa  62.4  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4880  hypothetical protein  58.93 
 
 		 178 aa  62  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  42.35 
 
 		 418 aa  60.5  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  41.38 
 
 		 437 aa  58.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  43.53 
 
 		 427 aa  58.2  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  35.96 
 
 		 418 aa  57.8  0.00000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  43.68 
 
 		 492 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  39.56 
 
 		 432 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0086  ultraviolet light resistance protein B  41.18 
 
 		 360 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  40.22 
 
 		 449 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  33.72 
 
 		 430 aa  54.7  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  44.19 
 
 		 423 aa  53.9  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  36.36 
 
 		 425 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  38.1 
 
 		 450 aa  52  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  37.5 
 
 		 425 aa  52  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  37.21 
 
 		 425 aa  50.8  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  34.88 
 
 		 426 aa  50.8  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  39.29 
 
 		 420 aa  49.7  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0459  DNA-directed DNA polymerase  42.39 
 
 		 423 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.204967  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  37.04 
 
 		 422 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4349  umuC protein  38.55 
 
 		 221 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.844535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  37.04 
 
 		 422 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  37.04 
 
 		 422 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  38.27 
 
 		 422 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  38.27 
 
 		 422 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4268  DNA-repair protein  41.57 
 
 		 382 aa  47.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4369  DNA-directed DNA polymerase  34.88 
 
 		 150 aa  47.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.56654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4898  DNA-directed DNA polymerase  36.45 
 
 		 180 aa  47.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.560843  normal  0.318536 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  36.05 
 
 		 426 aa  47.4  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  36.05 
 
 		 426 aa  47.4  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  35 
 
 		 422 aa  46.2  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  37.04 
 
 		 422 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  37.04 
 
 		 422 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  37.04 
 
 		 422 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  37.04 
 
 		 422 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2284  DNA-directed DNA polymerase  34.15 
 
 		 256 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.456765  normal  0.647779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  36.9 
 
 		 424 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  37.04 
 
 		 422 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  37.04 
 
 		 422 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  37.04 
 
 		 426 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2040  DNA-directed DNA polymerase  35.37 
 
 		 418 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939043  normal  0.0886472 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  35.37 
 
 		 422 aa  46.2  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4268  DNA-directed DNA polymerase  34.15 
 
 		 418 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  46 
 
 		 418 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  35.63 
 
 		 422 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  34.15 
 
 		 418 aa  45.4  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4407  DNA-directed DNA polymerase  34.15 
 
 		 418 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0591  impB/mucB/samB family protein  37.04 
 
 		 366 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.110123  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  31.76 
 
 		 418 aa  45.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  37.04 
 
 		 424 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  38.1 
 
 		 423 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2040  DNA polymerase V  45.9 
 
 		 79 aa  44.3  0.0006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000460164  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 428 aa  44.3  0.0006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 426 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  32.94 
 
 		 418 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1636  umuC protein  42 
 
 		 417 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  33.75 
 
 		 432 aa  43.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  35.29 
 
 		 437 aa  43.5  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  35.37 
 
 		 439 aa  43.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  31.71 
 
 		 419 aa  43.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  34.57 
 
 		 418 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  36.14 
 
 		 424 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  36.14 
 
 		 424 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  40.7 
 
 		 424 aa  43.5  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  36.14 
 
 		 424 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1964  DNA-directed DNA polymerase  38.78 
 
 		 418 aa  42.4  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  36.9 
 
 		 421 aa  42.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  35.63 
 
 		 426 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  33.72 
 
 		 425 aa  42  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3553  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 418 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  36.9 
 
 		 423 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  29.89 
 
 		 426 aa  42  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 450 aa  42  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  34.94 
 
 		 424 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  42.86 
 
 		 421 aa  42  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1200  DNA-directed DNA polymerase  37.35 
 
 		 432 aa  41.2  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  30.49 
 
 		 418 aa  41.2  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  33.33 
 
 		 418 aa  41.2  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.49 
 
 		 420 aa  41.2  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  29.41 
 
 		 446 aa  40.8  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  29.63 
 
 		 418 aa  40.8  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1178  DNA-directed DNA polymerase  34.48 
 
 		 424 aa  40.4  0.007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0736762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  40.82 
 
 		 418 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4172  DNA-directed DNA polymerase  32.93 
 
 		 416 aa  40.4  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.06239 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>