57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0362 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0362  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 127 aa  259  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.890005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  87.4 
 
 		 443 aa  224  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  85.04 
 
 		 478 aa  221  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  67.72 
 
 		 442 aa  163  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6837  hypothetical protein  68.64 
 
 		 154 aa  161  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  65.08 
 
 		 442 aa  159  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4994  hypothetical protein  63.78 
 
 		 213 aa  156  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0555  DNA-directed DNA polymerase  62.79 
 
 		 94 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.104449  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  47.15 
 
 		 420 aa  106  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5028  hypothetical protein  60 
 
 		 119 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3928  hypothetical protein  60 
 
 		 119 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  38.93 
 
 		 449 aa  69.7  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4880  hypothetical protein  61.4 
 
 		 178 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  36.59 
 
 		 432 aa  65.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  37.93 
 
 		 418 aa  62.8  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.23 
 
 		 420 aa  62.8  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7650  hypothetical protein  60.38 
 
 		 93 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  35.43 
 
 		 432 aa  61.6  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  32.31 
 
 		 424 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  32.8 
 
 		 426 aa  58.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0459  DNA-directed DNA polymerase  34.68 
 
 		 423 aa  58.9  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.204967  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  35.83 
 
 		 426 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4268  DNA-repair protein  36.22 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  32.76 
 
 		 426 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0086  ultraviolet light resistance protein B  34.75 
 
 		 360 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  32.23 
 
 		 426 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  34.45 
 
 		 423 aa  55.1  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0591  impB/mucB/samB family protein  30.17 
 
 		 366 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.110123  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4369  DNA-directed DNA polymerase  31.2 
 
 		 150 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.56654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  28.69 
 
 		 450 aa  52  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  29.41 
 
 		 430 aa  51.6  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  30 
 
 		 422 aa  51.2  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  31.09 
 
 		 422 aa  50.4  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  33.62 
 
 		 424 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  33.62 
 
 		 424 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  31.15 
 
 		 422 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  31.15 
 
 		 422 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  31.15 
 
 		 422 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  32.52 
 
 		 423 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1335  DNA-directed DNA polymerase  32.5 
 
 		 419 aa  46.2  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 492 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  32.95 
 
 		 436 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4349  umuC protein  27.42 
 
 		 221 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.844535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  31.93 
 
 		 420 aa  44.3  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  32.26 
 
 		 426 aa  43.9  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  28.33 
 
 		 418 aa  43.9  0.0007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  31.97 
 
 		 423 aa  43.5  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  29.84 
 
 		 426 aa  43.5  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  25.81 
 
 		 419 aa  42.4  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  28.57 
 
 		 425 aa  42.4  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  31.86 
 
 		 432 aa  42.7  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2040  DNA polymerase V  38.98 
 
 		 79 aa  42  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000460164  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  28.45 
 
 		 421 aa  42  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  30.17 
 
 		 427 aa  41.6  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  28.95 
 
 		 418 aa  40.4  0.008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  27.64 
 
 		 439 aa  40.4  0.009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  31.53 
 
 		 417 aa  40.4  0.009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>