64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5028 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3928  hypothetical protein  100 
 
 		 119 aa  233  7e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5028  hypothetical protein  100 
 
 		 119 aa  233  7e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  91.3 
 
 		 442 aa  167  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4994  hypothetical protein  87.91 
 
 		 213 aa  155  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0555  DNA-directed DNA polymerase  83.54 
 
 		 94 aa  135  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.104449  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6837  hypothetical protein  81.25 
 
 		 154 aa  131  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  67.09 
 
 		 442 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  70 
 
 		 443 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  68.75 
 
 		 478 aa  106  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  57.14 
 
 		 420 aa  91.3  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0362  DNA-directed DNA polymerase  60 
 
 		 127 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.890005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7650  hypothetical protein  72.92 
 
 		 93 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4880  hypothetical protein  59.32 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  57.14 
 
 		 432 aa  59.3  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  50 
 
 		 432 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  40.58 
 
 		 418 aa  54.3  0.0000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4349  umuC protein  35.29 
 
 		 221 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.844535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  53.57 
 
 		 492 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  48.44 
 
 		 449 aa  51.6  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  47.54 
 
 		 427 aa  50.4  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  37.14 
 
 		 436 aa  49.7  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  40.91 
 
 		 418 aa  49.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4369  DNA-directed DNA polymerase  45.9 
 
 		 150 aa  48.5  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.56654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  35.71 
 
 		 437 aa  48.1  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  46.55 
 
 		 423 aa  47.8  0.00005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0086  ultraviolet light resistance protein B  46.27 
 
 		 360 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4898  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 		 180 aa  46.2  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.560843  normal  0.318536 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  43.14 
 
 		 425 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4268  DNA-repair protein  43.66 
 
 		 382 aa  45.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2284  DNA-directed DNA polymerase  30.12 
 
 		 256 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.456765  normal  0.647779 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  32.94 
 
 		 418 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2040  DNA polymerase V  45.9 
 
 		 79 aa  45.1  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000460164  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  40.82 
 
 		 425 aa  44.3  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  31.76 
 
 		 418 aa  44.3  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  40.82 
 
 		 425 aa  44.3  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2120  DNA-repair protein  32.53 
 
 		 339 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  43.14 
 
 		 418 aa  43.5  0.0009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  36.36 
 
 		 418 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  31.76 
 
 		 418 aa  43.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  41.18 
 
 		 418 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3553  DNA-directed DNA polymerase  42.31 
 
 		 418 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  37.25 
 
 		 422 aa  42.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  45.1 
 
 		 418 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4268  DNA-directed DNA polymerase  40.38 
 
 		 418 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4407  DNA-directed DNA polymerase  40.38 
 
 		 418 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  37.97 
 
 		 426 aa  42.4  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1964  DNA-directed DNA polymerase  40.38 
 
 		 418 aa  42.7  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  41.18 
 
 		 421 aa  41.6  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  35.38 
 
 		 450 aa  41.6  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  37.1 
 
 		 425 aa  41.2  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  43.14 
 
 		 418 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2040  DNA-directed DNA polymerase  38.46 
 
 		 418 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939043  normal  0.0886472 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  35.85 
 
 		 418 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  35.85 
 
 		 418 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1292  DNA-directed DNA polymerase  44.44 
 
 		 424 aa  40.8  0.006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.355097  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  35.85 
 
 		 418 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  39.58 
 
 		 422 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  31.43 
 
 		 426 aa  40.8  0.007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  39.58 
 
 		 422 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  39.58 
 
 		 422 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0459  DNA-directed DNA polymerase  45.28 
 
 		 423 aa  40.8  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.204967  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  41.67 
 
 		 422 aa  40.4  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  41.67 
 
 		 422 aa  40.4  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  39.22 
 
 		 418 aa  40.4  0.009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>