218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1697 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 131 aa  257  4e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.1 
 
 		 129 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  52.07 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  51.24 
 
 		 137 aa  110  8.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  51.33 
 
 		 144 aa  104  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  45.9 
 
 		 124 aa  104  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.04 
 
 		 98 aa  103  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  57.83 
 
 		 98 aa  101  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  48.44 
 
 		 134 aa  101  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  48.65 
 
 		 108 aa  98.6  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  59.26 
 
 		 95 aa  97.1  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.22 
 
 		 100 aa  97.1  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.8 
 
 		 137 aa  96.3  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  45.9 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  44.19 
 
 		 133 aa  94  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  51.85 
 
 		 93 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  46.53 
 
 		 104 aa  89.7  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2293  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.4 
 
 		 109 aa  87.4  6e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0107303  normal  0.537391 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.15 
 
 		 99 aa  85.9  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  46.59 
 
 		 96 aa  84.3  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.78 
 
 		 102 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.05 
 
 		 93 aa  82.4  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4117  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.32 
 
 		 99 aa  80.9  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  46.84 
 
 		 91 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  47.5 
 
 		 91 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.5 
 
 		 91 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 		 153 aa  79.3  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  41.49 
 
 		 116 aa  79.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  40.62 
 
 		 123 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.62 
 
 		 93 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.41 
 
 		 130 aa  79.3  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.87 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.05 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  42.5 
 
 		 132 aa  78.2  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  41.67 
 
 		 89 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  45.08 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  42.35 
 
 		 89 aa  77  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  37.59 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  38.76 
 
 		 141 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.7 
 
 		 149 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0188  RNA-binding S4 domain protein  40.98 
 
 		 120 aa  73.9  0.0000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327144  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  40.48 
 
 		 89 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.5 
 
 		 139 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  40 
 
 		 131 aa  73.6  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6407  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.8 
 
 		 140 aa  73.6  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0756783  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  40.16 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  40 
 
 		 142 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.57 
 
 		 98 aa  72.8  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  37.7 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  37.7 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  37.7 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  36.67 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  37.7 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0254  RNA-binding S4 domain protein  46.59 
 
 		 109 aa  71.6  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  40.8 
 
 		 125 aa  72  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  37.7 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  37.7 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  37.7 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  38.21 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  38.02 
 
 		 134 aa  71.2  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.21 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  37.8 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0019  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.36 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.329407  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  37.69 
 
 		 167 aa  71.2  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  37.1 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  36.07 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  45.12 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  36.22 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  41.18 
 
 		 97 aa  70.5  0.000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.22 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  36.59 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0859  RNA-binding S4 domain protein  35.2 
 
 		 132 aa  69.7  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  37.93 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.75 
 
 		 89 aa  69.7  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  38.58 
 
 		 130 aa  69.7  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 140 aa  70.1  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  36.22 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03252  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  36.89 
 
 		 133 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.69 
 
 		 149 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  38.14 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  36.89 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  40 
 
 		 122 aa  69.3  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.21 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.4 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.59 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03204  hypothetical protein  36.89 
 
 		 133 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  38.14 
 
 		 117 aa  68.2  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.77 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4360  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.06 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  37.04 
 
 		 91 aa  67.8  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  36.07 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  36.07 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  35.43 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0228  RNA-binding S4  36.8 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  40.94 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0365  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.8 
 
 		 170 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  37.9 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.25 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.25 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  35.96 
 
 		 136 aa  67  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>