63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1793 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  476  1e-134  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  59.4 
 
 		 235 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  53.7 
 
 		 222 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  56.48 
 
 		 219 aa  242  3e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  52.53 
 
 		 227 aa  239  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.92 
 
 		 224 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  53 
 
 		 222 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  49.77 
 
 		 234 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.4 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.26 
 
 		 244 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.26 
 
 		 222 aa  185  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.54 
 
 		 232 aa  182  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.89 
 
 		 222 aa  174  9e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.6 
 
 		 220 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  42.18 
 
 		 223 aa  172  5e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.72 
 
 		 228 aa  171  5.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  42.73 
 
 		 225 aa  171  9e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.82 
 
 		 222 aa  168  7e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  42.22 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.98 
 
 		 222 aa  166  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  41.55 
 
 		 226 aa  161  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  41.28 
 
 		 223 aa  158  9e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  38.97 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.14 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.98 
 
 		 218 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  40.09 
 
 		 220 aa  151  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.69 
 
 		 221 aa  148  9e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  36.87 
 
 		 218 aa  148  9e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.69 
 
 		 221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.69 
 
 		 221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  41.49 
 
 		 192 aa  145  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.18 
 
 		 221 aa  144  9e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.67 
 
 		 220 aa  144  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.79 
 
 		 212 aa  143  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  37.29 
 
 		 243 aa  139  3e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.29 
 
 		 222 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.16 
 
 		 236 aa  139  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.5 
 
 		 224 aa  138  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.63 
 
 		 214 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  35.57 
 
 		 214 aa  123  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.49 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  35.51 
 
 		 150 aa  90.5  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  40 
 
 		 117 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.46 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.21 
 
 		 125 aa  51.6  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.91 
 
 		 262 aa  49.3  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  31.75 
 
 		 114 aa  47.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  28 
 
 		 132 aa  46.6  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.85 
 
 		 231 aa  46.6  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  30.12 
 
 		 228 aa  45.8  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  35 
 
 		 223 aa  45.8  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.8 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.65 
 
 		 246 aa  44.7  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.65 
 
 		 249 aa  44.3  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  29.23 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  23.08 
 
 		 246 aa  43.1  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.53 
 
 		 206 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.8 
 
 		 243 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.8 
 
 		 243 aa  42.7  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.73 
 
 		 214 aa  43.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.8 
 
 		 243 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.8 
 
 		 240 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.12 
 
 		 216 aa  42  0.009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>