195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1217 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1217  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
290 aa  597  1e-170  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.6801  normal  0.977815 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3031  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.6 
 
 
336 aa  200  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.857502  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1912  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  40.15 
 
 
302 aa  186  6e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3479  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  38.46 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.120308 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1372  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  38.31 
 
 
307 aa  179  5.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0288734 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1781  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  38.28 
 
 
312 aa  179  5.999999999999999e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0753  D-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent enzyme  37.54 
 
 
318 aa  175  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1391  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.49 
 
 
306 aa  171  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4580  putative D-cysteine desulfhydrase  37.25 
 
 
319 aa  169  7e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5444  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  38.64 
 
 
310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00640  putative D-cysteine desulfhydrase (DcyD)  37.54 
 
 
289 aa  166  2.9999999999999998e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2577  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.79 
 
 
287 aa  159  5e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1895  putative D-cysteine desulfhydrase (DcyD)  41.2 
 
 
310 aa  154  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0834874 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1914  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  38.81 
 
 
304 aa  150  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6027  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  39.31 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.581609  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0431  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  35.69 
 
 
311 aa  144  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0953  putative D-cysteine desulfhydrase, DcyD  36.03 
 
 
314 aa  143  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561188  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03343  putative D-cysteine desulfhydrase  31.1 
 
 
307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1730  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  33.56 
 
 
325 aa  124  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1663  D-cysteine desulfhydrase  31.48 
 
 
336 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000049313  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2947  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  33.77 
 
 
314 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896331  normal  0.271855 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3686  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase, putative  32.78 
 
 
312 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3802  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase, putative  32.41 
 
 
314 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1569  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  32.79 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.836174  normal  0.209686 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0723  D-cysteine desulfhydrase  30.07 
 
 
312 aa  112  6e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000361727  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0699  D-cysteine desulfhydrase  30.07 
 
 
312 aa  112  6e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108217  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1676  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase, putative  32.89 
 
 
314 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.334967  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3733  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  33.69 
 
 
297 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2515  D-cysteine desulfhydrase  31.03 
 
 
340 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2162  D-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent enzyme  31.94 
 
 
312 aa  106  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0392224 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5266  pyridoxal phosphate-dependent enzyme, D- cysteine desulfhydrase family  28.7 
 
 
337 aa  105  7e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2009  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase, putative  32.32 
 
 
297 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336209  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24190  putative 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  31.6 
 
 
310 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0268894  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3235  D-cysteine desulfhydrase  28.25 
 
 
331 aa  103  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2048  ACC deaminase/D-cysteine desulfhydrase family protein  32.53 
 
 
310 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0600526  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1541  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  32.09 
 
 
297 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.974247  normal  0.412213 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3263  D-cysteine desulfhydrase  27.71 
 
 
331 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.374487  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3005  D-cysteine desulfhydrase  28.21 
 
 
331 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3236  D-cysteine desulfhydrase  28.21 
 
 
331 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.387589  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2992  D-cysteine desulfhydrase  27.56 
 
 
331 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2930  D-cysteine desulfhydrase  27.33 
 
 
331 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.398699  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2951  D-cysteine desulfhydrase  27.94 
 
 
331 aa  100  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851709  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1802  D-cysteine desulfhydrase  27.16 
 
 
337 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.729924  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3241  D-cysteine desulfhydrase  27.56 
 
 
331 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2011  D-cysteine desulfhydrase  27.56 
 
 
331 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1404  D-cysteine desulfhydrase  27.6 
 
 
337 aa  99  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3261  D-cysteine desulfhydrase  27.65 
 
 
331 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.238478  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1167  D-cysteine desulfhydrase  27.84 
 
 
328 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.174791  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1439  D-cysteine desulfhydrase  29.08 
 
 
347 aa  97.8  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.457826  normal  0.632152 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2168  D-cysteine desulfhydrase  27.84 
 
 
328 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.406051  hitchhiker  0.0000160197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2115  D-cysteine desulfhydrase  27.84 
 
 
328 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000146031 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2109  D-cysteine desulfhydrase  27.84 
 
 
328 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497431  normal  0.0120182 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28382  predicted protein  28.44 
 
 
365 aa  97.8  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.226671  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1290  D-cysteine desulfhydrase  27.84 
 
 
328 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290271 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1321  hypothetical protein  26.42 
 
 
299 aa  97.1  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0359  D-cysteine desulfhydrase  27.6 
 
 
332 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1301  D-cysteine desulfhydrase  26.98 
 
 
336 aa  96.3  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166023  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2377  D-cysteine desulfhydrase  28.33 
 
 
339 aa  95.5  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1047  D-cysteine desulfhydrase  27.63 
 
 
328 aa  95.5  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.106931  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2153  D-cysteine desulfhydrase  27.3 
 
 
342 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0177604  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2030  D-cysteine desulfhydrase  28.33 
 
 
339 aa  95.5  9e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1727  pyridoxal phosphate-dependent enzymes, D-cysteine desulfhydrase family  27.63 
 
 
328 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00524906  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1263  D-cysteine desulfhydrase  27.63 
 
 
328 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0547515  normal  0.0193238 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2275  D-cysteine desulfhydrase  28.33 
 
 
330 aa  95.5  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2018  D-cysteine desulfhydrase  27.63 
 
 
328 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0820004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2693  D-cysteine desulfhydrase  27.63 
 
 
328 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102426  normal  0.0614251 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1185  pyridoxal phosphate-dependent enzymes, D-cysteine desulfhydrase family  27.68 
 
 
332 aa  95.5  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0389534  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1720  D-cysteine desulfhydrase  27.63 
 
 
328 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.628209 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1318  hypothetical protein  26.09 
 
 
299 aa  94.4  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2666  D-cysteine desulfhydrase  30.48 
 
 
330 aa  94.4  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5179  pyridoxal phosphate-dependent deaminase, putative  26.95 
 
 
332 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3180  D-cysteine desulfhydrase  28.35 
 
 
333 aa  89.4  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.526016  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0245  D-cysteine desulfhydrase  27.78 
 
 
334 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.944644  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2010  D-cysteine desulfhydrase  29.33 
 
 
334 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.152874  decreased coverage  0.00891545 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1432  D-cysteine desulfhydrase  31.86 
 
 
340 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.189366  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2428  D-cysteine desulfhydrase  31.86 
 
 
340 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.551753  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2397  D-cysteine desulfhydrase  29.63 
 
 
337 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2937  D-cysteine desulfhydrase  27.67 
 
 
330 aa  86.7  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1604  D-cysteine desulfhydrase  26.62 
 
 
340 aa  85.5  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.033923  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5055  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  29.28 
 
 
331 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0798685  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1784  D-cysteine desulfhydrase  26.64 
 
 
332 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181648  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0406  D-cysteine desulfhydrase  24.92 
 
 
334 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4875  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  29.28 
 
 
331 aa  83.2  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.338198  normal  0.0605398 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2506  D-cysteine desulfhydrase  27.96 
 
 
361 aa  83.2  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.119507  normal  0.820205 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0413  D-cysteine desulfhydrase  24.27 
 
 
334 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.486407  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2581  D-cysteine desulfhydrase  24.61 
 
 
333 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.525939  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3582  D-cysteine desulfhydrase  26.11 
 
 
338 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2469  hypothetical protein  26.73 
 
 
311 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.566058  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1828  D-cysteine desulfhydrase  26.62 
 
 
340 aa  80.1  0.00000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0858  hypothetical protein  24.3 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000626583 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0604  D-cysteine desulfhydrase  25.77 
 
 
332 aa  79  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_3183  predicted protein  28.92 
 
 
327 aa  76.6  0.0000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0144015  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2279  hypothetical protein  25.41 
 
 
325 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2147  hypothetical protein  26.86 
 
 
308 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.145489  normal  0.847177 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1836  D-cysteine desulfhydrase  27.09 
 
 
332 aa  75.9  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6869  D-cysteine desulfhydrase  24.47 
 
 
359 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2876  D-cysteine desulfhydrase  25.71 
 
 
342 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.247142  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4819  D-cysteine desulfhydrase  28.09 
 
 
322 aa  74.7  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0518  hypothetical protein  25.68 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0124166  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4836  D-cysteine desulfhydrase  28.09 
 
 
322 aa  73.9  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>