76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2340 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2340  ABC transporter binding protein  100 
 
 		 351 aa  705    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0518238  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4828  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  61.71 
 
 		 347 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0277486  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5886  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.17 
 
 		 346 aa  385  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.651755 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6563  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.04 
 
 		 348 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32007 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6148  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  52.75 
 
 		 348 aa  364  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0762309  hitchhiker  0.00309202 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2579  ABC transporter substrate-binding protein  53.37 
 
 		 344 aa  362  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.090256 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6181  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.64 
 
 		 356 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.391334 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1256  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.64 
 
 		 356 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.307544  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6576  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.64 
 
 		 356 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0517  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  59.12 
 
 		 346 aa  360  3e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5162  ABC transporter binding protein  55.73 
 
 		 348 aa  345  6e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2580  ABC transporter substrate-binding protein  48.76 
 
 		 345 aa  308  6.999999999999999e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840198 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5159  ABC transporter binding protein  50.29 
 
 		 347 aa  295  6e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.535798  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0404  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  40.75 
 
 		 368 aa  232  6e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.54 
 
 		 372 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0845  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.16 
 
 		 381 aa  188  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0665  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.26 
 
 		 370 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0909  methylthioribose-binding protein  34.94 
 
 		 370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0661  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  34.29 
 
 		 370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2876  hypothetical protein  34.38 
 
 		 358 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2457  hypothetical protein  31.74 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3029  hypothetical protein  31.46 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000284319  normal  0.0136248 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1137  hypothetical protein  30.97 
 
 		 354 aa  145  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1193  hypothetical protein  32.48 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2556  putative sugar ABC transporter  31.18 
 
 		 358 aa  143  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1283  hypothetical protein  32.18 
 
 		 358 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.81326  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3048  hypothetical protein  32.18 
 
 		 358 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2370  hypothetical protein  29.8 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.63 
 
 		 354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.00000233808  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43630  periplasmic sugar binding protein  28.26 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0314584  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.31 
 
 		 328 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.82 
 
 		 345 aa  53.5  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2758  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein, putative  25.37 
 
 		 342 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.904203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.31 
 
 		 328 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.28 
 
 		 317 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.13 
 
 		 310 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.01 
 
 		 319 aa  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0776  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.7 
 
 		 314 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 310 aa  50.4  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2251  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.89 
 
 		 320 aa  50.1  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0113  putative ABC-type sugar transport system  25.9 
 
 		 331 aa  49.7  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3126  monosaccharide-transporting ATPase  26.67 
 
 		 310 aa  49.3  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5972  rbsB; ABC transporter substrate binding protein (ribose)  25.56 
 
 		 337 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2995  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.07 
 
 		 342 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.700398  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1358  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.21 
 
 		 337 aa  48.9  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43620  ribose ABC transporter  32.54 
 
 		 335 aa  48.5  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0182793  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.22 
 
 		 306 aa  47.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2365  ABC sugar (ribose) transporter, periplasmic substrate-binding subunit  25.1 
 
 		 320 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.149259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.1 
 
 		 320 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.97 
 
 		 322 aa  47  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.47 
 
 		 326 aa  46.6  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  24.7 
 
 		 309 aa  46.6  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2877  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.54 
 
 		 334 aa  46.6  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.475569  normal  0.844103 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2757  sugar-binding protein, putative  26.27 
 
 		 323 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.3 
 
 		 309 aa  46.2  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4173  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.61 
 
 		 317 aa  45.4  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.19 
 
 		 326 aa  45.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.8 
 
 		 338 aa  45.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4123  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.74 
 
 		 361 aa  45.1  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.472584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.57 
 
 		 308 aa  44.7  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0987  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.25 
 
 		 392 aa  44.3  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1533  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.49 
 
 		 378 aa  44.3  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0868667  normal  0.874786 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.75 
 
 		 306 aa  43.9  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.310763 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  23.11 
 
 		 310 aa  43.9  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.08 
 
 		 335 aa  44.3  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2996  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 		 323 aa  43.5  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.809705  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6384  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  25.58 
 
 		 379 aa  43.5  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.108159  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.3 
 
 		 345 aa  43.9  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  26.77 
 
 		 300 aa  43.9  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0157  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  22.53 
 
 		 329 aa  43.1  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000969227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4364  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.15 
 
 		 371 aa  43.1  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0398536  normal  0.0596861 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.64 
 
 		 310 aa  42.7  0.009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.02 
 
 		 311 aa  42.7  0.009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.66 
 
 		 348 aa  42.7  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1418  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.89 
 
 		 319 aa  42.7  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01040  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.48 
 
 		 327 aa  42.7  0.01  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.677942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>