More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_43630 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_43630  periplasmic sugar binding protein  100 
 
 
328 aa  656    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0314584  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2757  sugar-binding protein, putative  88.67 
 
 
323 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2996  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  88.67 
 
 
323 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.809705  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2996  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein, putative  78.77 
 
 
334 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2877  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  78.7 
 
 
334 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.475569  normal  0.844103 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43620  ribose ABC transporter  74.92 
 
 
335 aa  459  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0182793  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2758  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein, putative  68.87 
 
 
342 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.904203  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2995  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  70.59 
 
 
342 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.700398  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6459  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64.73 
 
 
337 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0427942  normal  0.0971645 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5972  rbsB; ABC transporter substrate binding protein (ribose)  64.73 
 
 
337 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118573  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5165  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  59.42 
 
 
337 aa  362  4e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0135  ABC periplasmic-binding sugar transport protein  64.18 
 
 
338 aa  362  4e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0366053  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1513  putative carbohydrate ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  64.18 
 
 
521 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0414  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein, putative  64.18 
 
 
336 aa  362  6e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1426  putative carbohydrate ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  64.18 
 
 
336 aa  362  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.134002  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1166  ABC periplasmic-binding sugar transport protein  64.18 
 
 
336 aa  362  6e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.11964  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2365  ABC sugar (ribose) transporter, periplasmic substrate-binding subunit  55.48 
 
 
320 aa  342  8e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.149259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.48 
 
 
320 aa  342  8e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0023  ABC transporter ATP-binding protein  63.35 
 
 
875 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4173  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.72 
 
 
317 aa  291  9e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2724  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.01 
 
 
327 aa  209  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.76 
 
 
372 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2876  hypothetical protein  30.99 
 
 
358 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0845  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.34 
 
 
381 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1193  hypothetical protein  31.82 
 
 
357 aa  106  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1283  hypothetical protein  31.12 
 
 
358 aa  105  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.81326  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3048  hypothetical protein  31.43 
 
 
358 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0661  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.62 
 
 
370 aa  100  4e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1137  hypothetical protein  31.28 
 
 
354 aa  100  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2457  hypothetical protein  30.83 
 
 
358 aa  99.4  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2370  hypothetical protein  30.99 
 
 
357 aa  99.4  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3029  hypothetical protein  30.83 
 
 
358 aa  98.6  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000284319  normal  0.0136248 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0909  methylthioribose-binding protein  28.2 
 
 
370 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0665  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.52 
 
 
370 aa  98.2  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2556  putative sugar ABC transporter  30.83 
 
 
358 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2406  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.92 
 
 
303 aa  96.3  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.362363  normal  0.524454 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.72 
 
 
326 aa  88.2  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.22 
 
 
317 aa  85.9  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  29.36 
 
 
308 aa  84.7  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.27 
 
 
309 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  27.92 
 
 
309 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  26.89 
 
 
307 aa  80.5  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  27.44 
 
 
295 aa  79.3  0.00000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2861  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.83 
 
 
309 aa  79  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00405542  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  26.67 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2171  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.52 
 
 
343 aa  77  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.982265  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6712  ABC transporter  28.1 
 
 
315 aa  77  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0620834  normal  0.169373 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2806  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  26.21 
 
 
313 aa  77  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  23.26 
 
 
316 aa  76.3  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.91 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5339  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  27.52 
 
 
329 aa  74.3  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.58 
 
 
306 aa  73.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.310763 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0209  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  25.52 
 
 
314 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3071  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
309 aa  72.8  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.636476  normal  0.77485 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.91 
 
 
319 aa  72.8  0.000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2837  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
309 aa  72.4  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.165899  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  26.56 
 
 
322 aa  72.4  0.00000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  24.31 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.76 
 
 
310 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  30.38 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0195  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  25.17 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1653  ABC transporter sugar-binding protein  25.17 
 
 
314 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6100  carbohydrate binding protein  28.03 
 
 
345 aa  70.9  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.207702  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0284  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  25.17 
 
 
314 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.63 
 
 
322 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  27.62 
 
 
338 aa  69.7  0.00000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1857  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.82 
 
 
322 aa  69.3  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.566225  hitchhiker  0.00271003 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4780  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.75 
 
 
372 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462835  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  24.91 
 
 
289 aa  68.9  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.19 
 
 
315 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  24.1 
 
 
306 aa  67.4  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.92 
 
 
325 aa  67.4  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1961  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.08 
 
 
309 aa  67  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0249015 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0287  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28 
 
 
313 aa  67  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.59 
 
 
311 aa  66.2  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2804  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  26.16 
 
 
313 aa  66.2  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331827  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.36 
 
 
311 aa  65.9  0.0000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  24.07 
 
 
296 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  23.05 
 
 
296 aa  65.1  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.68 
 
 
337 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1916  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.82 
 
 
386 aa  65.1  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0176531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.3 
 
 
320 aa  64.7  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50320  ABC transporter substrate binding protein  26.13 
 
 
315 aa  65.1  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.26 
 
 
337 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2371  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.56 
 
 
341 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50140  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  28.86 
 
 
310 aa  63.9  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.67 
 
 
350 aa  63.9  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  28.95 
 
 
299 aa  63.5  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  23.73 
 
 
296 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  23.73 
 
 
296 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  23.73 
 
 
296 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  23.73 
 
 
296 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  23.73 
 
 
296 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5599  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.34 
 
 
307 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.49086  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  23.73 
 
 
294 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  23.73 
 
 
294 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.92 
 
 
313 aa  62.8  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3042  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.94 
 
 
315 aa  62.4  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.6 
 
 
321 aa  62.4  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.07 
 
 
324 aa  62.4  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>