More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2579 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2579  response regulator receiver protein  100 
 
 		 547 aa  1136    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  41.18 
 
 		 546 aa  452  1.0000000000000001e-126  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0897  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 546 aa  184  4.0000000000000006e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1854  response regulator receiver domain-containing protein  27.24 
 
 		 549 aa  180  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.274781 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0795  response regulator receiver protein  26.76 
 
 		 535 aa  178  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184844 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0768  response regulator/TPR domain-containing protein  26.76 
 
 		 535 aa  178  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0809  response regulator receiver protein  26.48 
 
 		 535 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4421  response regulator receiver protein  25.14 
 
 		 535 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.763745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0359  putative PAS/PAC sensor protein  25.75 
 
 		 560 aa  167  5.9999999999999996e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  25.54 
 
 		 534 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2074  response regulator receiver domain-containing protein  26.92 
 
 		 551 aa  161  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  26.62 
 
 		 533 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0477  response regulator receiver domain-containing protein  25.79 
 
 		 537 aa  158  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  27.02 
 
 		 533 aa  156  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2920  response regulator receiver protein  24.8 
 
 		 538 aa  143  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0284416  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4101  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  28.1 
 
 		 572 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1169  two component transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 549 aa  133  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0041  response regulator  24.84 
 
 		 535 aa  133  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2318  response regulator receiver protein  28.83 
 
 		 403 aa  130  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1458  response regulator receiver protein  27.19 
 
 		 416 aa  125  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.893415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06171  hypothetical protein  27.3 
 
 		 555 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1176  response regulator receiver protein  28.62 
 
 		 540 aa  118  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1457  response regulator receiver protein  25 
 
 		 421 aa  116  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02197  response regulator receiver protein  22.45 
 
 		 540 aa  116  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00179351  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1268  response regulator receiver protein  22.77 
 
 		 513 aa  111  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0145  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  28.18 
 
 		 449 aa  107  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01769  response regulator receiver protein  22.61 
 
 		 561 aa  102  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.4688  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1257  response regulator VieB  25.65 
 
 		 553 aa  99.4  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00784807  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1420  response regulator receiver domain-containing protein  22.93 
 
 		 561 aa  95.9  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2578  response regulator receiver protein  23.75 
 
 		 577 aa  94  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000176794 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3634  response regulator receiver  21.97 
 
 		 587 aa  80.5  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.351597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01904  CheY-like receiver protein  27.37 
 
 		 533 aa  76.3  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.466885  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0315  putative response regulator  21.9 
 
 		 576 aa  61.2  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.601639  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.75 
 
 		 900 aa  61.6  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0999  response regulator receiver protein  26.36 
 
 		 132 aa  60.5  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1860  putative response regulator  23.4 
 
 		 432 aa  60.1  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.436307  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0741  chemotaxis response regulator transcription regulator protein  26.92 
 
 		 134 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.555358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0930  response regulator receiver protein  25.2 
 
 		 130 aa  59.3  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000284085  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4055  response regulator receiver protein  26.15 
 
 		 133 aa  58.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4167  response regulator receiver protein  26.15 
 
 		 133 aa  58.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.937704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1342  two component transcriptional regulator, winged helix family  35 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0144629  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0947  response regulator receiver protein  24.12 
 
 		 539 aa  57.8  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00824863  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3780  two component transcriptional regulator  30.53 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.17 
 
 		 234 aa  57  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.63 
 
 		 402 aa  57.4  0.0000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1684  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 210 aa  57  0.0000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.248292  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2729  two component transcriptional regulator, winged helix family  30 
 
 		 228 aa  57  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.981161  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0751  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.2 
 
 		 490 aa  56.6  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.664159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0204  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 242 aa  57  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00392261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2712  response regulator receiver protein  28.69 
 
 		 131 aa  56.2  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0748  response regulator receiver domain-containing protein  24.8 
 
 		 137 aa  56.6  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.927301  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  31.78 
 
 		 239 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.69 
 
 		 229 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0140851  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  28.26 
 
 		 229 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  28.26 
 
 		 229 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1402  chemotaxis response regulator transcription regulator protein  26.15 
 
 		 133 aa  56.2  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.176551 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0324  response regulator receiver protein  24.79 
 
 		 126 aa  55.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.336165  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  55.8  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0381  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.62 
 
 		 233 aa  55.5  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  28.26 
 
 		 229 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 235 aa  56.2  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06210  chemotaxis response regulator CheY  26.19 
 
 		 130 aa  55.8  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.987782  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00956  chemotaxis response regulator CheY  26.19 
 
 		 130 aa  55.8  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.328186  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1366  response regulator receiver protein  25.4 
 
 		 131 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.280194  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3564  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  27.2 
 
 		 492 aa  55.5  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0895  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.78 
 
 		 232 aa  55.8  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0435  transcriptional regulator PhoB  28.99 
 
 		 229 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2604  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.46 
 
 		 246 aa  55.1  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6752  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.01 
 
 		 230 aa  55.5  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2498  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  27.34 
 
 		 367 aa  55.1  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.751736 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0496  transcriptional regulator PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  54.7  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  54.7  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  29.78 
 
 		 230 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0435  transcriptional regulator PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  54.7  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.464381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  31.03 
 
 		 232 aa  54.7  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0897  response regulator receiver domain-containing protein  26.45 
 
 		 131 aa  54.7  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.13034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5840  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.01 
 
 		 230 aa  54.7  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.99298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0666  response regulator receiver  27.46 
 
 		 240 aa  54.7  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  54.7  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3276  two component transcriptional regulator  28.26 
 
 		 229 aa  54.3  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0923  two-component response regulator; MrsR2 protein  28.8 
 
 		 240 aa  54.3  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.227452  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3136  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  28.26 
 
 		 229 aa  54.3  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0906  response regulator  28.8 
 
 		 240 aa  54.3  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  27.54 
 
 		 229 aa  54.3  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.57 
 
 		 223 aa  54.7  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3286  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  28.26 
 
 		 230 aa  54.7  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0413143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  25.88 
 
 		 240 aa  54.3  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1723  response regulator receiver (CheY-like) modulated serine phosphatase  26.49 
 
 		 381 aa  54.3  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00833768  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3302  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  28.26 
 
 		 229 aa  54.3  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  31.58 
 
 		 231 aa  54.3  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1008  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  28.26 
 
 		 229 aa  54.3  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.91 
 
 		 251 aa  53.9  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0537  two component transcriptional regulator  25.4 
 
 		 223 aa  53.9  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.340982  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0193  response regulator receiver protein  21.95 
 
 		 127 aa  53.9  0.000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00528064  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  29.79 
 
 		 220 aa  53.5  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>