32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1093 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1093  relaxase/mobilization nuclease domain protein  100 
 
 		 805 aa  1667    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.246621  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3557  relaxase/mobilization nuclease family protein  29.44 
 
 		 635 aa  201  5e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.58608  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0036  relaxase/mobilization nuclease MobA, putative  28.68 
 
 		 651 aa  187  8e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.844727  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0029  relaxase/mobilization nuclease MobA, putative  28.88 
 
 		 650 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0136618  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3574  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  29.07 
 
 		 743 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4671  conjugal transfer relaxase TraI  26.14 
 
 		 713 aa  147  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0026  conjugal transfer relaxase TraI  26.22 
 
 		 873 aa  137  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000771366  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6526  conjugal transfer relaxase TraI  26.02 
 
 		 746 aa  128  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.439323  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6611  conjugal transfer relaxase TraI  25.86 
 
 		 746 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2533  relaxase/mobilization nuclease family protein  27.33 
 
 		 659 aa  125  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4315  conjugal transfer relaxase TraI  25.86 
 
 		 752 aa  125  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0074  putative relaxase/mobilization nuclease domain protein  30.09 
 
 		 899 aa  120  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0174778 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0058  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  28.87 
 
 		 899 aa  115  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0607238  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0373  traI protein, putative  25.47 
 
 		 650 aa  108  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4982  relaxase/mobilization nuclease family protein  32.65 
 
 		 843 aa  101  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154729  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2249  conjugal transfer relaxase TraI  27 
 
 		 830 aa  100  9e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2322  relaxase/mobilization nuclease family protein  34.21 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0766  Relaxase/mobilization nuclease family protein  21.49 
 
 		 521 aa  73.2  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2790  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  36.67 
 
 		 557 aa  65.5  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2797  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  32.04 
 
 		 398 aa  58.2  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.276128  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0072  hypothetical protein  27.27 
 
 		 657 aa  52  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385572 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0832  relaxase/mobilization nuclease family protein  37.5 
 
 		 455 aa  50.8  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003243  type IV secretory pathway VirD2 component  29.57 
 
 		 443 aa  49.3  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.403709  n/a   
 
 
-
 
NC_014250  Aazo_5344  relaxase/mobilization nuclease family protein  27.71 
 
 		 279 aa  48.9  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0745  hypothetical protein  38.89 
 
 		 154 aa  48.5  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0051  relaxase  25.73 
 
 		 1201 aa  47.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08174  relaxase NikB  34.57 
 
 		 977 aa  47.4  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5445  Relaxase/mobilization nuclease family protein  33.78 
 
 		 306 aa  47  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.201668 
 
 
-
 
NC_013738  Slin_7068  Relaxase/mobilization nuclease family protein  35.14 
 
 		 315 aa  46.6  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2839  hypothetical protein  34.38 
 
 		 208 aa  45.8  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0868  mobilization protein  26.23 
 
 		 307 aa  45.4  0.004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.024127 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7564  relaxase/mobilization nuclease family protein  26.98 
 
 		 1019 aa  44.3  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0784017  normal  0.290124 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>