More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1443 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002620  TC0623  Lon family protease  49.56 
 
 		 819 aa  766    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.209795  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1443  ATP-dependent protease La  100 
 
 		 805 aa  1647    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.638027 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0670  ATP-dependent protease La  45.62 
 
 		 791 aa  660    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13920  ATP-dependent protease La  80.25 
 
 		 800 aa  1324    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.235434  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3241  ATP-dependent protease La  53.07 
 
 		 800 aa  826    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4210  ATP-dependent protease La  87.22 
 
 		 805 aa  1449    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1535  ATP-dependent protease La  45.42 
 
 		 825 aa  674    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1080  ATP-dependent protease La  94.68 
 
 		 808 aa  1569    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3488  ATP-dependent protease La  61.34 
 
 		 812 aa  1010    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.438497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3944  peptidase S16, ATP-dependent protease La  87.47 
 
 		 805 aa  1451    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.036812 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1019  ATP-dependent protease La  53.32 
 
 		 800 aa  827    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000720396  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1252  PIM1 peptidase  64.43 
 
 		 797 aa  1025    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4579  PIM1 peptidase  88.1 
 
 		 807 aa  1464    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0591  La-like protease  52.04 
 
 		 814 aa  827    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000132222  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41620  predicted protein  46.24 
 
 		 936 aa  681    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1548  ATP-dependent protease La  60.26 
 
 		 853 aa  948    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.984629  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3332  ATP-dependent protease La  65.99 
 
 		 816 aa  1098    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2665  PIM1 peptidase  67.09 
 
 		 815 aa  1095    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.180346  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1223  ATP-dependent protease La  82.95 
 
 		 798 aa  1340    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00879429 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4278  ATP-dependent protease La  99.5 
 
 		 805 aa  1639    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4740  putative ATP-dependent protease  83.98 
 
 		 799 aa  1388    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.337635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54210  putative ATP-dependent protease  84.1 
 
 		 799 aa  1389    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.38684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_52138  predicted protein  46.24 
 
 		 936 aa  681    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4362  ATP-dependent protease La  97.27 
 
 		 805 aa  1604    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.304845  normal  0.0378199 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0534  PIM1 peptidase  55.51 
 
 		 809 aa  881    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18202  predicted protein  42.68 
 
 		 882 aa  627  1e-178  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.71122  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2299  ATP-dependent protease La  44.19 
 
 		 778 aa  616  1e-175  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0259  ATP-dependent protease La  41.04 
 
 		 806 aa  616  1e-175  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.485015  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06193  mitochondrial serine protease Pim1, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11740)  44.32 
 
 		 1104 aa  604  1.0000000000000001e-171  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.030325 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1099  ATP-dependent protease La  41.45 
 
 		 817 aa  597  1e-169  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000182753  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0874  ATP-dependent protease La  42.43 
 
 		 806 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3353  ATP-dependent protease La  42.84 
 
 		 806 aa  592  1e-168  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.273973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1560  ATP-dependent protease La  41.34 
 
 		 792 aa  593  1e-168  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0934  ATP-dependent protease La  42.26 
 
 		 775 aa  592  1e-168  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000076135  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1644  ATP-dependent protease La  41.74 
 
 		 776 aa  589  1e-167  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265783  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5273  ATP-dependent protease La  42.53 
 
 		 805 aa  592  1e-167  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1626  ATP-dependent protease La  41.09 
 
 		 880 aa  588  1e-166  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.641257  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3214  Lon-A peptidase  42.47 
 
 		 823 aa  588  1e-166  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0115305  hitchhiker  0.000000048524 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1382  ATP-dependent protease La  41.5 
 
 		 776 aa  586  1e-166  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.122129  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0691  ATP-dependent protease La  41.27 
 
 		 817 aa  588  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000937415  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3615  ATP-dependent protease La  41.79 
 
 		 788 aa  584  1.0000000000000001e-165  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0116  ATP-dependent protease La  41.61 
 
 		 800 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170632  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3193  ATP-dependent protease La  42.38 
 
 		 819 aa  582  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1698  ATP-dependent protease La  42.25 
 
 		 840 aa  579  1e-164  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2373  ATP-dependent protease La  41.87 
 
 		 807 aa  581  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1700  ATP-dependent protease La  40.86 
 
 		 867 aa  578  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.311837  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1469  ATP-dependent protease La  42.71 
 
 		 823 aa  576  1.0000000000000001e-163  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00898612  normal  0.863404 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1158  ATP-dependent protease La  42.71 
 
 		 802 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.326096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6585  ATP-dependent protease La  42.11 
 
 		 806 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.339926 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7407  ATP-dependent protease La  42.02 
 
 		 806 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14505  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2681  ATP-dependent protease La  41.8 
 
 		 806 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.492035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2806  Lon-A peptidase  42.97 
 
 		 802 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5136  ATP-dependent protease La  41.88 
 
 		 808 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1065  ATP-dependent protease La  41.37 
 
 		 812 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.677641  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2559  ATP-dependent protease La  40.93 
 
 		 810 aa  576  1.0000000000000001e-163  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0082  Lon-A peptidase  44.1 
 
 		 815 aa  577  1.0000000000000001e-163  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2418  ATP-dependent protease La  41.8 
 
 		 806 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.805498 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2915  ATP-dependent protease La  41.82 
 
 		 805 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3307  ATP-dependent protease La  41.81 
 
 		 810 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1106  ATP-dependent protease La  41.25 
 
 		 812 aa  573  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.521594  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3084  ATP-dependent protease La  41.11 
 
 		 898 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.981667 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2169  ATP-dependent protease La  42.64 
 
 		 821 aa  573  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.000197845  unclonable  0.00000000135432 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0618  ATP-dependent protease La  40.93 
 
 		 817 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.26983e-33 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1340  ATP-dependent protease La  40.62 
 
 		 805 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.501913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0548  ATP-dependent protease La  41.2 
 
 		 807 aa  573  1.0000000000000001e-162  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0654617  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2182  ATP-dependent protease La  41.51 
 
 		 804 aa  574  1.0000000000000001e-162  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.542449 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2051  ATP-dependent protease La  40.44 
 
 		 814 aa  574  1.0000000000000001e-162  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1171  Lon-A peptidase  41.47 
 
 		 804 aa  573  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618926  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3593  ATP-dependent protease La  41.62 
 
 		 805 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.333831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1249  ATP-dependent protease La  40.62 
 
 		 805 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0493  ATP-dependent protease La  40.71 
 
 		 797 aa  570  1e-161  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.229233  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2110  ATP-dependent protease La  42.13 
 
 		 793 aa  572  1e-161  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0560  ATP-dependent protease La  40.49 
 
 		 807 aa  569  1e-161  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2565  ATP-dependent protease La  42.02 
 
 		 812 aa  572  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.498787  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4570  ATP-dependent protease La  41.46 
 
 		 807 aa  570  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0604  ATP-dependent protease La  40.93 
 
 		 816 aa  571  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2892  ATP-dependent protease La  42.02 
 
 		 812 aa  572  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.169901 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2557  ATP-dependent protease La  42.66 
 
 		 802 aa  570  1e-161  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0122618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1246  ATP-dependent protease La  40.81 
 
 		 772 aa  569  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09893  ATP-dependent protease  39.79 
 
 		 816 aa  567  1e-160  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0389  ATP-dependent protease La  41.49 
 
 		 810 aa  565  1e-160  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00469679  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1866  ATP-dependent protease La  39.36 
 
 		 856 aa  568  1e-160  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2996  ATP-dependent protease La  40.66 
 
 		 815 aa  565  1e-160  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2444  Lon-A peptidase  39.9 
 
 		 809 aa  568  1e-160  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.431002  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0700  ATP-dependent protease La  40.65 
 
 		 794 aa  567  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000293647 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1429  ATP-dependent protease La  39.22 
 
 		 825 aa  567  1e-160  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.067641  normal  0.0902926 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2204  ATP-dependent protease La  41.48 
 
 		 812 aa  566  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2227  ATP-dependent protease La  41.57 
 
 		 807 aa  567  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1777  ATP-dependent protease La  40.96 
 
 		 802 aa  568  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.169591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1856  ATP-dependent protease La  38.95 
 
 		 820 aa  566  1e-160  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0499044  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2778  ATP-dependent protease La  41.94 
 
 		 802 aa  566  1e-160  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1493  ATP-dependent protease La  42.32 
 
 		 802 aa  568  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0489479  normal  0.577481 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0919  ATP-dependent protease La  42.24 
 
 		 813 aa  562  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.124707  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2098  ATP-dependent protease La  41.53 
 
 		 828 aa  563  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.293508 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7794  DNA-binding ATP-dependent protease La  41.46 
 
 		 786 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0810999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1476  ATP-dependent protease La  42.18 
 
 		 797 aa  565  1.0000000000000001e-159  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.10535  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0689  ATP-dependent protease La  40.39 
 
 		 794 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0785815  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0485  ATP-dependent protease La  40.13 
 
 		 830 aa  565  1.0000000000000001e-159  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0185488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0775  Lon-A peptidase  40.88 
 
 		 802 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.577145  normal  0.0448115 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0489  ATP-dependent protease La  40.73 
 
 		 772 aa  561  1e-158  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.263842  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>