38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4452 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4452  hypothetical protein  100 
 
 		 194 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  34.62 
 
 		 186 aa  86.3  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6222  nuclease (SNase domain protein)  28.65 
 
 		 198 aa  68.6  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.515263 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4353  hypothetical protein  34.29 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  25.56 
 
 		 184 aa  62  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  33.82 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4183  nuclease (SNase-like)  32.47 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  33.55 
 
 		 534 aa  54.7  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  36.13 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  32.41 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  33.33 
 
 		 161 aa  52.4  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  36.03 
 
 		 214 aa  52.4  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  30.88 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  30.89 
 
 		 202 aa  52  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  33.02 
 
 		 242 aa  51.6  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  36.03 
 
 		 226 aa  51.6  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  35.09 
 
 		 242 aa  51.2  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  30.99 
 
 		 189 aa  50.1  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  30.99 
 
 		 189 aa  50.1  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6411  nuclease  32.34 
 
 		 233 aa  49.3  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  31.71 
 
 		 241 aa  49.7  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  31.09 
 
 		 185 aa  49.3  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  33.01 
 
 		 241 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  31.94 
 
 		 176 aa  48.5  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  35.71 
 
 		 243 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4568  nuclease  29.63 
 
 		 229 aa  46.6  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.313094  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  31.37 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  35.25 
 
 		 358 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1199  nuclease, putative  28.81 
 
 		 187 aa  45.8  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000552466  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  32.52 
 
 		 171 aa  45.8  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  32.58 
 
 		 214 aa  45.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9827  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  32.03 
 
 		 234 aa  43.9  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  29.6 
 
 		 249 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  23.68 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  29.01 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  24.63 
 
 		 168 aa  42.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  28.36 
 
 		 167 aa  41.6  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2377  SNase-like nuclease  31.97 
 
 		 185 aa  41.6  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0106322  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>