More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0164 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0164  cytidylate kinase  100 
 
 		 209 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0208  cytidylate kinase  91.75 
 
 		 212 aa  357  7e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.300993  normal  0.653073 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0191  cytidylate kinase  81.34 
 
 		 212 aa  325  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0398  cytidylate kinase  81.34 
 
 		 212 aa  322  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0641  cytidylate kinase  80.38 
 
 		 212 aa  316  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.112665 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0104  cytidylate kinase  74.16 
 
 		 212 aa  302  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.757727  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0066  cytidylate kinase  75.6 
 
 		 212 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0168644  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0614  cytidylate kinase  58.49 
 
 		 216 aa  223  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00523823 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2938  cytidylate kinase  59.11 
 
 		 211 aa  216  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.434038  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0026  cytidylate kinase  56.65 
 
 		 219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404349  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0025  cytidylate kinase  56.65 
 
 		 219 aa  212  3.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2457  cytidylate kinase  56.46 
 
 		 208 aa  204  8e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.164477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3607  cytidylate kinase  54.55 
 
 		 218 aa  202  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0733159  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2086  cytidylate kinase  57 
 
 		 222 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4031  cytidylate kinase  52.68 
 
 		 215 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1111  cytidylate kinase  58.85 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2129  cytidylate kinase  58.45 
 
 		 222 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.29015 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0030  cytidylate kinase  55.67 
 
 		 214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2406  cytidylate kinase  58.45 
 
 		 222 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.477842  normal  0.311621 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1304  cytidylate kinase  49.76 
 
 		 215 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00011985  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4361  cytidylate kinase  50.73 
 
 		 215 aa  194  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0102365 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0193  cytidylate kinase  50.98 
 
 		 217 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0150  cytidylate kinase  58.25 
 
 		 217 aa  192  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3457  cytidylate kinase  49.26 
 
 		 212 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0294  cytidylate kinase  57.28 
 
 		 213 aa  191  7e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0102  cytidylate kinase  52.17 
 
 		 216 aa  186  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5617  cytidylate kinase  56.31 
 
 		 212 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314381  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1023  cytidylate kinase  52.17 
 
 		 212 aa  181  5.0000000000000004e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283753  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7108  cytidylate kinase  57.28 
 
 		 217 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6548  cytidylate kinase  60 
 
 		 210 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219054  normal  0.440161 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3784  cytidylate kinase  50.25 
 
 		 194 aa  178  4.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.150684  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1324  cytidylate kinase  50.98 
 
 		 208 aa  174  7e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1494  cytidylate kinase  54.68 
 
 		 209 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.373102 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0030  cytidylate kinase  49.76 
 
 		 212 aa  167  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0197  cytidylate kinase  51.47 
 
 		 203 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3591  cytidylate kinase  51.23 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.39582  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3881  cytidylate kinase  50.75 
 
 		 211 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.46023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3276  cytidylate kinase  51.23 
 
 		 211 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811486  normal  0.522336 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0099  cytidylate kinase  50.26 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.906806 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2581  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 230 aa  157  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000568011  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1954  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 230 aa  157  8e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000903512  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2669  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 230 aa  157  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410063  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1708  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 229 aa  154  9e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000112654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0715  cytidylate kinase  53.68 
 
 		 204 aa  152  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1734  cytidylate kinase  43.46 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000603603  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1378  cytidylate kinase  43.96 
 
 		 228 aa  148  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.925348  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00914  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2733  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000397985  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2418  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000459306  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00921  hypothetical protein  44.34 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.411433  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1007  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000820305  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2210  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000277871  normal  0.370624 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1016  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1071  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000134482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2686  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000200966  normal  0.762789 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2002  cytidylate kinase  42.99 
 
 		 225 aa  147  9e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0311014  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1045  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.185526  normal  0.763998 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1429  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000204841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0986  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1078  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0687941 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1013  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0567176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2340  cytidylate kinase  41.55 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000158492  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1093  cytidylate kinase  44.34 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0104083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0977  cytidylate kinase  42.25 
 
 		 237 aa  146  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000004631  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1771  cytidylate kinase  41.71 
 
 		 228 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00506628  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0173  cytidylate kinase  42.79 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000480933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3943  cytidylate kinase  41.71 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.302806  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2467  cytidylate kinase  43.14 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000550284  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1362  cytidylate kinase  41.71 
 
 		 228 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105821  normal  0.0198977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1853  cytidylate kinase  42.44 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0179513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003019  cytidylate kinase  40.09 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000338917  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23320  cytidylate kinase  41.86 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000301501  normal  0.0247908 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1966  cytidylate kinase  41.4 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1674  cytidylate kinase  40.47 
 
 		 251 aa  140  9.999999999999999e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000210034  normal  0.368895 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0254  cytidylate kinase  38.53 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.13077  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2690  cytidylate kinase  39.11 
 
 		 218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000495966  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0725  cytidylate kinase  40.89 
 
 		 514 aa  139  3e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0311607  normal  0.0975143 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2243  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  41.2 
 
 		 674 aa  139  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1506  cytidylate kinase  40.55 
 
 		 229 aa  138  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000236579  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1332  cytidylate kinase  44.06 
 
 		 219 aa  138  6e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000433479  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09660  cytidylate kinase  41.89 
 
 		 223 aa  138  7e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02861  cytidylate kinase  39.63 
 
 		 226 aa  137  8.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2816  cytidylate kinase  41.47 
 
 		 244 aa  137  8.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0539109  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2055  cytidylate kinase  39.45 
 
 		 230 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  unclonable  0.0000241467 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3643  cytidylate kinase  41.98 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000551434  normal  0.674927 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0963  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  43.66 
 
 		 699 aa  137  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0179  cytidylate kinase  41.06 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000847233  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4073  cytidylate kinase  41.71 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293328  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2070  cytidylate kinase  40.55 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000348998  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1640  cytidylate kinase  36.24 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.302898 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1291  cytidylate kinase  45 
 
 		 228 aa  136  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2795  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  40.45 
 
 		 667 aa  136  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233138 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1923  cytidylate kinase  38.99 
 
 		 230 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000722421  unclonable  0.0000000000403388 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1976  cytidylate kinase  38.99 
 
 		 230 aa  136  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000166074  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1790  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  42.79 
 
 		 668 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00149687 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1588  cytidylate kinase  39.15 
 
 		 232 aa  135  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000460348  hitchhiker  0.0000979309 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1735  cytidylate kinase  39.13 
 
 		 231 aa  135  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610181  decreased coverage  0.000087686 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2403  cytidylate kinase  38.36 
 
 		 230 aa  135  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1749  cytidylate kinase  40.28 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00238031  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2043  cytidylate kinase  38.53 
 
 		 230 aa  135  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000246913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>