298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0037 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  96.77 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  94.12 
 
 		 77 bp  103  5e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  94.44 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0021  tRNA-Val  97.78 
 
 		 69 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0023  tRNA-Val  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0036  tRNA-Val  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.432227 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  97.37 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0052  tRNA-Val  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00919857  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0028  tRNA-Val  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0044  tRNA-Val  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.64476  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0036  tRNA-Val  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309173  tRNA-Val  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02187  tRNA-Val  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309100  tRNA-Val  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t069  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122297  hitchhiker  0.00465561 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0047  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0087743  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0045  tRNA-Val  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0449962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  91.84 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0029  tRNA-Val  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t068  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0011202  hitchhiker  0.00473676 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0042  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00634518  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0043  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131984  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0063  tRNA-Val  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.741524  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0057  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385214  hitchhiker  0.00196821 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  88.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0007  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00275012  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0033  tRNA-Val  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435872  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal03  tRNA-Val  88.46 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>