189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2763 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2763  ATP-grasp domain protein  100 
 
 
431 aa  884    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254472  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6014  ATP-grasp domain-containing protein  79.77 
 
 
432 aa  689    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3639  ATP-grasp domain-containing protein  69.12 
 
 
424 aa  599  1e-170  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00395408  normal  0.409997 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0305  ATP citrate lyase subunit 1  51.83 
 
 
423 aa  409  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1267  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  25.87 
 
 
423 aa  100  7e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1056  ATP citrate synthase, subunit 1  24.26 
 
 
435 aa  93.2  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00742266  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02435  citrate lyase subunit (Eurofung)  23.13 
 
 
485 aa  82.4  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.031235  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0191  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  28.05 
 
 
372 aa  70.9  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00800  conserved hypothetical protein  24.21 
 
 
1149 aa  64.7  0.000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0043  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.12 
 
 
360 aa  63.2  0.000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0516  Fis family transcriptional regulator  23.31 
 
 
372 aa  62.4  0.00000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0729  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.84 
 
 
385 aa  61.6  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000827995  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2396  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  24.78 
 
 
375 aa  61.6  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000351393  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0570  ATP-dependent citrate lyase beta subunit  21.78 
 
 
444 aa  61.6  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0074  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.65 
 
 
388 aa  61.2  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.698704  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04270  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.65 
 
 
389 aa  60.5  0.00000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1058  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.46 
 
 
385 aa  59.3  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0161245  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  29.61 
 
 
410 aa  59.3  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0060  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  28.64 
 
 
393 aa  59.7  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000156365 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3089  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  24.38 
 
 
425 aa  59.3  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000498843  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5543  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  29.41 
 
 
384 aa  58.2  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.59554 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0919  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.92 
 
 
386 aa  58.2  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3998  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.2 
 
 
387 aa  58.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0030268  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0911  succinyl-CoA synthetase subunit beta  28.32 
 
 
385 aa  57.4  0.0000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.793217  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_54477  atp-citrate synthase  22.91 
 
 
1082 aa  57.4  0.0000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1307  ATP citrate lyase subunit 1  22.89 
 
 
398 aa  57.4  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.810397  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1137  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.37 
 
 
387 aa  57.4  0.0000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.91 
 
 
386 aa  57  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2717  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.11 
 
 
387 aa  56.6  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0247  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.16 
 
 
388 aa  56.6  0.0000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0397  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  24.26 
 
 
417 aa  56.6  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.254112  normal  0.0232854 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04920  succinyl-CoA synthetase subunit beta  29.81 
 
 
389 aa  55.8  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.52 
 
 
386 aa  54.7  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0251  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  24.92 
 
 
392 aa  54.3  0.000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0727  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  27.31 
 
 
400 aa  53.9  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.813583  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0604  succinyl-CoA synthetase subunit beta  28.5 
 
 
392 aa  53.5  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.575557  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.2 
 
 
389 aa  53.5  0.000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00163339  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1831  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.8 
 
 
389 aa  53.1  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.410462  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1350  ATP-grasp domain protein  23.4 
 
 
398 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1716  malate--CoA ligase subunit beta  24.17 
 
 
399 aa  52.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.311565 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0654  succinyl-CoA synthetase subunit beta  29.13 
 
 
393 aa  53.1  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  0.308517 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0545  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  30 
 
 
696 aa  52.8  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0808  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  26.74 
 
 
386 aa  52.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.38 
 
 
397 aa  53.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0558  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.13 
 
 
387 aa  52.4  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.679932  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1392  ATP-grasp domain protein  23.05 
 
 
398 aa  52.8  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.254868  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1836  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  24.75 
 
 
689 aa  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3257  malate--CoA ligase subunit beta  25 
 
 
389 aa  52.4  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0530  succinyl-CoA synthetase subunit beta  22.75 
 
 
389 aa  51.2  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00340695  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.71 
 
 
397 aa  51.2  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2334  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit / succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  24.84 
 
 
700 aa  51.2  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.530303  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1276  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  26.4 
 
 
383 aa  51.6  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.295759  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1703  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.15 
 
 
388 aa  51.6  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.213189  normal  0.378528 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1716  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.14 
 
 
394 aa  51.6  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3590  succinyl-CoA synthetase subunit beta  28.89 
 
 
386 aa  51.6  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.71 
 
 
397 aa  51.2  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1232  ATP-grasp domain protein  23.66 
 
 
398 aa  51.6  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1397  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.13 
 
 
387 aa  51.6  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4221  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  28.24 
 
 
396 aa  50.8  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.687915  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4682  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.6 
 
 
386 aa  51.2  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21216  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3999  succinyl-CoA synthetase subunit beta  28.75 
 
 
411 aa  51.2  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00455857  normal  0.284515 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1882  succinyl-CoA synthetase beta chain (SCS-alpha)(vegetative protein 63) (VEG63)  25 
 
 
390 aa  51.2  0.00004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.028158  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0319  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  32.97 
 
 
382 aa  50.4  0.00006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0815  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.53 
 
 
389 aa  50.4  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0495  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.38 
 
 
386 aa  50.4  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000993882 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2699  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.38 
 
 
386 aa  50.4  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0793427 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0155  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  26.91 
 
 
388 aa  50.4  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3486  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  26.91 
 
 
388 aa  50.4  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.333849  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  24.11 
 
 
389 aa  50.4  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  22.53 
 
 
383 aa  50.1  0.00007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0469  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.53 
 
 
388 aa  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28160  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  31.02 
 
 
390 aa  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3666  malate--CoA ligase subunit beta  25.66 
 
 
392 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127325  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0737  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  26.92 
 
 
385 aa  50.1  0.00008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0637  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.13 
 
 
387 aa  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.69 
 
 
389 aa  50.1  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.28 
 
 
397 aa  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1089  ATP-grasp domain protein  24.2 
 
 
399 aa  49.7  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.520899  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0986  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  26.79 
 
 
368 aa  49.7  0.00009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000000000000927253  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31367  predicted protein  25.84 
 
 
420 aa  50.1  0.00009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00187629  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07000  succinyl-CoA synthetase beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G04520)  22.03 
 
 
440 aa  49.3  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0570406  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  22.36 
 
 
389 aa  49.3  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1061  citrate lyase, subunit 1  22.5 
 
 
398 aa  49.3  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1996  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  26.4 
 
 
398 aa  49.3  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  22.64 
 
 
399 aa  49.7  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0095  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  27.09 
 
 
359 aa  49.3  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0380  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.57 
 
 
392 aa  49.3  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0456  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.51 
 
 
400 aa  49.3  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00206405  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0438  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.68 
 
 
381 aa  49.7  0.0001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.179512  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.62 
 
 
386 aa  48.9  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0026  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  26.15 
 
 
709 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0502559 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1889  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.24 
 
 
387 aa  48.9  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3875  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.02 
 
 
392 aa  48.9  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1243  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  27.27 
 
 
393 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.766366  hitchhiker  0.00547287 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  21.45 
 
 
397 aa  48.5  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.51 
 
 
386 aa  48.5  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.62 
 
 
386 aa  48.9  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0072  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.49 
 
 
386 aa  48.9  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.442706 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  24.89 
 
 
392 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.85 
 
 
388 aa  49.3  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.131482 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>