215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4105 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4105  major facilitator transporter  100 
 
 		 547 aa  1045    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000015602 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4070  HNH endonuclease  58.16 
 
 		 509 aa  499  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0139  beta-lactamase induction signal transducer protein  49.8 
 
 		 509 aa  431  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.143308  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0122  major facilitator transporter  49.22 
 
 		 509 aa  421  1e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00126713  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  35.17 
 
 		 412 aa  253  9.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1400  signal transducer ampG1  35.07 
 
 		 502 aa  242  1e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00988952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  34.41 
 
 		 416 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  51.58 
 
 		 429 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  51.13 
 
 		 426 aa  207  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  51.13 
 
 		 429 aa  205  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  52.74 
 
 		 495 aa  195  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  52.74 
 
 		 495 aa  194  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  50 
 
 		 491 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  51.71 
 
 		 492 aa  192  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  50 
 
 		 491 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  48.25 
 
 		 419 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  50 
 
 		 491 aa  191  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  50 
 
 		 491 aa  191  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  50 
 
 		 491 aa  191  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  50 
 
 		 491 aa  191  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  50 
 
 		 491 aa  191  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  50 
 
 		 491 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  31.53 
 
 		 475 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  50 
 
 		 491 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2584  major facilitator superfamily transporter  29.67 
 
 		 439 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  47.83 
 
 		 491 aa  187  5e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2881  muropeptide transporter  50.25 
 
 		 489 aa  186  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457618  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0547  muropeptide transporter  47.69 
 
 		 491 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  31.09 
 
 		 462 aa  184  3e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  45.7 
 
 		 492 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0146  muropeptide transporter  47.93 
 
 		 426 aa  184  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  45.7 
 
 		 492 aa  184  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  47.69 
 
 		 491 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0484  muropeptide transporter  47.69 
 
 		 493 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000603755  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0486  muropeptide transporter  47.69 
 
 		 491 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00924697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  47.69 
 
 		 493 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3072  muropeptide transporter  57.5 
 
 		 489 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000553099  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0147  major facilitator transporter  33.4 
 
 		 550 aa  182  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  29.19 
 
 		 461 aa  182  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  28.79 
 
 		 465 aa  182  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  45.25 
 
 		 492 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  29.18 
 
 		 463 aa  181  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  29.76 
 
 		 471 aa  181  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1449  major facilitator transporter  33.47 
 
 		 453 aa  180  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  29.56 
 
 		 471 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0059  major facilitator transporter  28.54 
 
 		 464 aa  179  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.955073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  29.67 
 
 		 465 aa  179  8e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  29.19 
 
 		 463 aa  179  9e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2276  major facilitator superfamily MFS_1  44.29 
 
 		 416 aa  177  4e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03703  putative muropeptide transport protein  26.07 
 
 		 448 aa  175  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  30.41 
 
 		 478 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2679  major facilitator transporter  29.67 
 
 		 465 aa  173  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000459278 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1235  muropeptide MFS uptake transporter AmpG  27.95 
 
 		 550 aa  173  6.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.988982 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2288  major facilitator transporter  30.54 
 
 		 468 aa  171  4e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  41.77 
 
 		 428 aa  169  8e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0110  major facilitator superfamily MFS_1  31.16 
 
 		 452 aa  169  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0140571  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1218  major facilitator superfamily MFS_1  43.9 
 
 		 425 aa  169  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1156  major facilitator transporter  28.74 
 
 		 553 aa  168  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0968602  normal  0.231698 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3114  major facilitator transporter  30.34 
 
 		 475 aa  166  9e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1355  AmpG-related permease  31.47 
 
 		 515 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.010612  normal  0.140605 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4383  ampG protein, putative  30.91 
 
 		 516 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.920569  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4078  AmpG-related permease  31.1 
 
 		 516 aa  161  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4369  AmpG-related permease  31.29 
 
 		 515 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389334 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4494  AmpG-related permease  31.25 
 
 		 515 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.769685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1198  AmpG permease  30 
 
 		 519 aa  159  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0962  AmpG-related permease  31.2 
 
 		 515 aa  157  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13420  AmpG-related permease  31.05 
 
 		 515 aa  157  6e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3596  major facilitator transporter  29.85 
 
 		 478 aa  157  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.597959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  51.97 
 
 		 388 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0944  MSF transporter  26.11 
 
 		 447 aa  150  7e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0190  major facilitator transporter  30.83 
 
 		 576 aa  148  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.397868 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0094  hypothetical protein  30.26 
 
 		 511 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.4429  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3244  AmpG-related permease  37.92 
 
 		 437 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0375  major facilitator superfamily muropeptide transporter  37.92 
 
 		 437 aa  144  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0333  major facilitator superfamily MFS_1  39.51 
 
 		 464 aa  144  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2905  AmpG-related permease  37.92 
 
 		 437 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2184  AmpG-related permease  37.92 
 
 		 437 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.452697  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0180  major facilitator transporter  37.92 
 
 		 437 aa  144  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.277448  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0190  major facilitator transporter  37.92 
 
 		 437 aa  144  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3443  AmpG-related permease  37.92 
 
 		 437 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0289  AmpG protein  36.17 
 
 		 433 aa  142  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  42.23 
 
 		 447 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1901  AmpG  35.87 
 
 		 433 aa  141  3e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.165833  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6452  major facilitator transporter  49.67 
 
 		 473 aa  141  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.554159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3117  major facilitator transporter  45 
 
 		 473 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4390  major facilitator superfamily (MFS)muropeptide transporter  39.02 
 
 		 464 aa  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2487  major facilitator transporter  45 
 
 		 473 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.60868  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3101  major facilitator transporter  45 
 
 		 473 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3156  major facilitator transporter  44.44 
 
 		 473 aa  140  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3039  major facilitator transporter  44.44 
 
 		 473 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0320  ampG protein, putative  42.86 
 
 		 409 aa  138  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2483  major facilitator transporter  39.91 
 
 		 411 aa  139  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  41.1 
 
 		 443 aa  139  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3834  major facilitator transporter  46.41 
 
 		 417 aa  139  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3098  major facilitator transporter  47.06 
 
 		 473 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0600  AmpG protein  45.33 
 
 		 428 aa  135  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.674312  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0155  AmpG-related permease  37.92 
 
 		 437 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0706  putative ampG protein  36.72 
 
 		 426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1299  major facilitator transporter  41.35 
 
 		 447 aa  130  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.333624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  45.14 
 
 		 457 aa  130  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0365182 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>