206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4078 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1355  AmpG-related permease  82.17 
 
 		 515 aa  820    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.010612  normal  0.140605 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4383  ampG protein, putative  97.09 
 
 		 516 aa  957    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.920569  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4078  AmpG-related permease  100 
 
 		 516 aa  1025    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1198  AmpG permease  89.2 
 
 		 519 aa  861    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1584 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4494  AmpG-related permease  82.56 
 
 		 515 aa  823    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.769685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0962  AmpG-related permease  83.91 
 
 		 515 aa  834    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13420  AmpG-related permease  73.01 
 
 		 515 aa  735    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4369  AmpG-related permease  82.75 
 
 		 515 aa  825    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389334 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4964  putative permease  52.64 
 
 		 594 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.559843  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57100  putative permease  52.64 
 
 		 594 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  45.05 
 
 		 472 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  46.85 
 
 		 471 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  47.14 
 
 		 471 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  46.06 
 
 		 471 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  46.06 
 
 		 471 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  46.91 
 
 		 463 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  47.61 
 
 		 461 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  46.51 
 
 		 465 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  47.63 
 
 		 463 aa  394  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  47.12 
 
 		 465 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  45.9 
 
 		 472 aa  387  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  45.08 
 
 		 471 aa  386  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  45.19 
 
 		 476 aa  384  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  46.97 
 
 		 478 aa  380  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0223  major facilitator transporter  46.76 
 
 		 461 aa  378  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0941  hypothetical protein  74.31 
 
 		 598 aa  375  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.274634 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  44.33 
 
 		 466 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3114  major facilitator transporter  46.15 
 
 		 475 aa  368  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0152  major facilitator superfamily transporter  43.81 
 
 		 466 aa  361  2e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.421087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  41.99 
 
 		 475 aa  360  5e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0147  major facilitator transporter  42.5 
 
 		 550 aa  349  6e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2584  major facilitator superfamily transporter  40.12 
 
 		 439 aa  326  8.000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1235  muropeptide MFS uptake transporter AmpG  40.28 
 
 		 550 aa  325  1e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.988982 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2143  major facilitator transporter  42.83 
 
 		 450 aa  323  5e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  41.42 
 
 		 462 aa  319  7.999999999999999e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1156  major facilitator transporter  40.24 
 
 		 553 aa  316  7e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0968602  normal  0.231698 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2288  major facilitator transporter  41.6 
 
 		 468 aa  306  7e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2679  major facilitator transporter  39.2 
 
 		 465 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000459278 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2009  major facilitator transporter  55.88 
 
 		 415 aa  236  6e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.872827  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1726  major facilitator superfamily MFS_1  54.41 
 
 		 417 aa  231  2e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.299438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  54.29 
 
 		 478 aa  231  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0209  major facilitator transporter  53.88 
 
 		 466 aa  225  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0276  major facilitator superfamily transporter  55.19 
 
 		 449 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  56.98 
 
 		 447 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0263  major facilitator superfamily MFS_1  56.82 
 
 		 462 aa  215  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464987  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0110  major facilitator superfamily MFS_1  34.58 
 
 		 452 aa  211  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0140571  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0214  major facilitator superfamily MFS_1  55.68 
 
 		 444 aa  209  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.131109  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  47.12 
 
 		 1565 aa  208  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  47.12 
 
 		 1565 aa  208  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002702  AmpG permease  29 
 
 		 450 aa  205  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2937  major facilitator transporter  34.5 
 
 		 443 aa  203  6e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0516  major facilitator transporter  57.78 
 
 		 441 aa  203  8e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2636  major facilitator transporter  53.93 
 
 		 429 aa  202  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103448  normal  0.465614 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1667  major facilitator transporter  29.67 
 
 		 451 aa  196  6e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0579205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1889  putative ampG protein  29.64 
 
 		 462 aa  193  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1773  major facilitator transporter  40.93 
 
 		 630 aa  185  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03281  hypothetical protein  29.65 
 
 		 409 aa  179  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1400  signal transducer ampG1  29.81 
 
 		 502 aa  176  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00988952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02935  signal transducer  45.02 
 
 		 431 aa  168  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.726126  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3596  major facilitator transporter  40.87 
 
 		 478 aa  164  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.597959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4105  major facilitator transporter  29.96 
 
 		 547 aa  164  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000015602 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0139  beta-lactamase induction signal transducer protein  31.46 
 
 		 509 aa  161  2e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.143308  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0122  major facilitator transporter  31.6 
 
 		 509 aa  160  4e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00126713  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3691  major facilitator transporter  39.66 
 
 		 454 aa  160  6e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  42.08 
 
 		 457 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  43.68 
 
 		 447 aa  157  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  40.64 
 
 		 459 aa  156  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3063  major facilitator transporter  40.52 
 
 		 452 aa  156  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797307  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  39.13 
 
 		 495 aa  155  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  38.67 
 
 		 495 aa  155  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0664  major facilitator transporter  41.18 
 
 		 456 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757276  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  34.13 
 
 		 491 aa  154  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  41.38 
 
 		 492 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  36.76 
 
 		 492 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  41.38 
 
 		 492 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  41.38 
 
 		 492 aa  151  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  42.63 
 
 		 443 aa  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  34.92 
 
 		 491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0190  major facilitator transporter  46.07 
 
 		 576 aa  147  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.397868 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  34.52 
 
 		 491 aa  144  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  34.52 
 
 		 491 aa  144  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0296  AmpG protein  37.5 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0367426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0770  major facilitator transporter  41.1 
 
 		 455 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.742854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  39.52 
 
 		 482 aa  141  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  39.52 
 
 		 482 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1648  major facilitator transporter  41.05 
 
 		 450 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0486  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 491 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00924697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0484  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 493 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000603755  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 493 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7340  major facilitator superfamily permease  39.15 
 
 		 460 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0547  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 491 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4070  HNH endonuclease  27.6 
 
 		 509 aa  138  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  34.92 
 
 		 491 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  39.61 
 
 		 504 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>