30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3353 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3353  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 112 aa  219  7e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  63.27 
 
 		 549 aa  123  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3505  DNA polymerase beta subunit  60.61 
 
 		 115 aa  116  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3592  DNA polymerase beta domain protein region  60 
 
 		 96 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000372185  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0221  hypothetical protein  45.36 
 
 		 112 aa  91.7  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1021  nucleotidyltransferase  45.36 
 
 		 99 aa  90.5  7e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.598559  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0918  putative nucleotidyltransferase  44.33 
 
 		 99 aa  88.2  4e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1735  DNA polymerase beta domain protein region  48.89 
 
 		 106 aa  87.8  5e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4035  DNA polymerase beta subunit  43.81 
 
 		 103 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2935  DNA polymerase beta subunit  53.93 
 
 		 115 aa  76.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2086  DNA polymerase beta subunit  43.88 
 
 		 111 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.166795  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0268  DNA polymerase beta domain protein region  29.47 
 
 		 100 aa  73.2  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07030  nucleotidyltransferase  43.75 
 
 		 114 aa  71.6  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0417  DNA polymerase beta domain protein region  39.18 
 
 		 109 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2535  DNA polymerase, beta-like region  35.42 
 
 		 116 aa  52  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000686331  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0893  DNA polymerase beta domain-containing protein region  39.76 
 
 		 143 aa  51.2  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1471  DNA polymerase beta domain protein region  36.46 
 
 		 139 aa  47.4  0.00006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.764189  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1772  DNA polymerase beta domain protein region  30.77 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0766  DNA polymerase beta subunit  37.21 
 
 		 139 aa  44.7  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0551  DNA polymerase beta domain protein region  29.91 
 
 		 106 aa  43.9  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1589  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.382693  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1972  DNA polymerase beta domain protein region  41.67 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18731 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2973  DNA polymerase beta subunit  46.43 
 
 		 132 aa  42.7  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1674  DNA polymerase, beta-like region  35.71 
 
 		 105 aa  42.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.538651  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1363  nucleotidyltransferase, putative  38.1 
 
 		 134 aa  41.6  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00238094  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0769  DNA polymerase beta domain protein region  41.1 
 
 		 106 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1475  DNA polymerase beta domain protein region  37.14 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0332  DNA polymerase beta domain protein region  38.1 
 
 		 94 aa  40.8  0.007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0594  hypothetical protein  28.57 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1359  nucleotidyltransferase, putative  36.51 
 
 		 134 aa  40.4  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>