150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0004 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  190  4e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 86 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0024  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0007  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0036  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0054  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000530132  hitchhiker  0.00450232 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0063  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0006  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0005  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0472485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0007  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0034  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.248772  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  50.1  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.303536  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0063  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.80963  normal  0.240218 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>