32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1077 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3184  O-antigen polymerase  80.09 
 
 		 442 aa  699    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1077  O-antigen polymerase  100 
 
 		 440 aa  877    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.7973  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0963  O-antigen polymerase  35.89 
 
 		 460 aa  223  4.9999999999999996e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.18005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4944  O-antigen polymerase  27.36 
 
 		 434 aa  94  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367217  normal  0.330229 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5938  exopolysaccharide production protein  25.82 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1378  O-antigen polymerase  24.48 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486003  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1176  O-antigen polymerase  29.45 
 
 		 433 aa  71.2  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1531  O-antigen polymerase  30.41 
 
 		 419 aa  70.9  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543111  normal  0.517094 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1130  O-antigen polymerase  32.41 
 
 		 438 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3696  O-antigen polymerase  28.18 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0487808  normal  0.621123 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4842  O-antigen polymerase  26.86 
 
 		 433 aa  68.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000342709  normal  0.0564871 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6232  O-antigen polymerase  30.16 
 
 		 441 aa  67  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.394036  normal  0.503415 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6427  O-antigen polymerase  27.05 
 
 		 439 aa  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.445902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1973  O-antigen polymerase  24.17 
 
 		 433 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.15228 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2587  O-antigen polymerase  26.29 
 
 		 409 aa  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0274  O-antigen polymerase  25 
 
 		 444 aa  61.6  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1380  O-antigen polymerase  27.27 
 
 		 313 aa  59.3  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.563149  normal  0.0271558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4801  O-antigen polymerase  25.45 
 
 		 440 aa  58.5  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.141517 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1208  O-antigen polymerase  25.74 
 
 		 429 aa  58.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0304  O-antigen polymerase  31.36 
 
 		 451 aa  57  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2549  putative polysaccharide polymerase  24.83 
 
 		 429 aa  57  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1091  exopolysaccharide production protein  24 
 
 		 429 aa  54.3  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.802391  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2821  O-antigen polymerase  25.63 
 
 		 437 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1688  O-antigen polymerase  27.67 
 
 		 421 aa  52.8  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0910283  normal  0.076767 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0651  O-antigen polymerase  25.56 
 
 		 428 aa  52.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1595  O-antigen polymerase  25.9 
 
 		 467 aa  52.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0665  O-antigen polymerase  27.59 
 
 		 436 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.658587 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4237  O-antigen polymerase  27.3 
 
 		 429 aa  48.5  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.201172  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0108  exopolysaccharide production protein, putative  24.44 
 
 		 441 aa  48.5  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4579  O-antigen polymerase  37.84 
 
 		 448 aa  45.8  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.17078 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3343  O-antigen polymerase  25.17 
 
 		 401 aa  45.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4530  O-antigen polymerase  31.82 
 
 		 444 aa  45.8  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>