83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_R0039 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0116  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0078  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 92 bp  103  7e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000549409  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5707  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 94 bp  103  7e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000958315  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4776  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 94 bp  103  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000022881  hitchhiker  0.0000000000000230511 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 92 bp  103  7e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000655937  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0525  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 94 bp  103  7e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.48136e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0601  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 94 bp  103  7e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000039109  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 95 bp  103  7e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000630306  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 95 bp  103  7e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00887784  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 95 bp  103  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000600892  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5672  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 92 bp  103  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000146838  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0075  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 92 bp  103  7e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681834  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0003  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000641066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  98 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0037  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11590  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27990  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0015  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0063  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0031  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.183154  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0073  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0017  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  84.27 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  82.42 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  82.42 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0054  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0731881 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  83.15 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  83.15 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0022  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0056  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0453  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  81.61 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  81.32 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0076  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0020  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000608606  hitchhiker  0.0000000136932 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.558819  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36870  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.339206  normal  0.059876 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0008  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>