More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3627 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
295 aa  601  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  96.95 
 
 
295 aa  584  1e-166  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.42 
 
 
296 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.97 
 
 
294 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  62.37 
 
 
294 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.86 
 
 
298 aa  366  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.78 
 
 
294 aa  347  1e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.24 
 
 
294 aa  246  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  40.54 
 
 
297 aa  236  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.91 
 
 
306 aa  212  7e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.47 
 
 
309 aa  208  9e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.94 
 
 
308 aa  203  4e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.8 
 
 
309 aa  188  1e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.34 
 
 
299 aa  185  8e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  36.91 
 
 
302 aa  182  7e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.46 
 
 
302 aa  180  2e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.3 
 
 
298 aa  171  1e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.04 
 
 
314 aa  169  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.51 
 
 
320 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.64 
 
 
345 aa  166  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.13 
 
 
301 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.02 
 
 
321 aa  158  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  34.68 
 
 
317 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.9 
 
 
296 aa  156  4e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.11 
 
 
320 aa  155  8e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1324  hypothetical protein  34.97 
 
 
302 aa  155  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000450557  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.6 
 
 
303 aa  155  1e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
286 aa  153  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  33.79 
 
 
317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  31.53 
 
 
320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.09 
 
 
291 aa  150  2e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.52 
 
 
302 aa  149  4e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
326 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.45 
 
 
328 aa  145  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.95 
 
 
306 aa  144  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
320 aa  143  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
319 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.96 
 
 
321 aa  142  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  32.65 
 
 
340 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  30.23 
 
 
316 aa  141  9.999999999999999e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  29.72 
 
 
338 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
338 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.33 
 
 
336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  32.67 
 
 
319 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
308 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  32.31 
 
 
318 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.88 
 
 
321 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.98 
 
 
287 aa  139  6e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
512 aa  139  7.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074322  normal  0.90269 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  32.5 
 
 
320 aa  138  1e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  33.22 
 
 
334 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
319 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
319 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.67 
 
 
319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  39.11 
 
 
334 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.63 
 
 
318 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.01 
 
 
319 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.62 
 
 
229 aa  135  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  32.36 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.21 
 
 
328 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.41 
 
 
381 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  32.36 
 
 
328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.37 
 
 
412 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.57 
 
 
316 aa  132  6.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.17 
 
 
323 aa  132  9e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  28.62 
 
 
340 aa  131  1.0000000000000001e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1068  NmrA family protein  34.44 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.746478  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.78 
 
 
321 aa  130  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.95 
 
 
309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  30.8 
 
 
320 aa  129  6e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  33.88 
 
 
321 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.97 
 
 
335 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  32.75 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.89 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  32.23 
 
 
319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.01 
 
 
326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  34.56 
 
 
322 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  31.34 
 
 
334 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
320 aa  126  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.19 
 
 
318 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  34.3 
 
 
321 aa  125  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.22 
 
 
321 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.97 
 
 
320 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
353 aa  124  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.97 
 
 
319 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.97 
 
 
319 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.97 
 
 
319 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.97 
 
 
319 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  32.19 
 
 
312 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.97 
 
 
319 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  29.58 
 
 
327 aa  122  8e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.77 
 
 
310 aa  122  8e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.2 
 
 
319 aa  122  8e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.78 
 
 
439 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.17 
 
 
389 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>