134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0025 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  97.33 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  94.81 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  93.51 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  93.51 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0012  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0011  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0038  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0011  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14037  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.897629 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0013  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.466573  normal  0.290235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0040  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0012  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.556924 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0044  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.695473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1394  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0016  tRNA-Ala  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0017  tRNA-Ala  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000513914  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0075  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10200  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.24537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>