More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3551 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
316 aa  647    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.61 
 
 
319 aa  467  9.999999999999999e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.05 
 
 
360 aa  450  1e-125  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26434  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.64 
 
 
318 aa  443  1e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.21 
 
 
325 aa  428  1e-119  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.64 
 
 
329 aa  427  1e-118  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.92 
 
 
317 aa  425  1e-118  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.03 
 
 
323 aa  424  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0431145  normal  0.15102 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.1 
 
 
316 aa  418  1e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.556452  hitchhiker  0.000650625 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.1 
 
 
317 aa  419  1e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307285  normal  0.160905 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.2 
 
 
318 aa  408  1e-113  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.46 
 
 
313 aa  402  1e-111  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.74 
 
 
322 aa  400  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0900  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.83 
 
 
326 aa  400  9.999999999999999e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.425817  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3393  dTDP-glucose 4,6-dehydratase, NAD-dependent epimerase/dehydratase-related protein  63.16 
 
 
326 aa  400  9.999999999999999e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.229105  normal  0.0838562 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.17 
 
 
329 aa  400  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.228757  normal  0.0226045 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3245  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.17 
 
 
331 aa  400  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.221391 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.17 
 
 
329 aa  399  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.34994  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60 
 
 
316 aa  396  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.2 
 
 
330 aa  394  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3525  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.84 
 
 
326 aa  392  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.783462 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02955  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  58.5 
 
 
339 aa  387  1e-106  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.54 
 
 
327 aa  382  1e-105  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.31 
 
 
313 aa  382  1e-105  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.186347 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.52 
 
 
312 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0684106  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.28 
 
 
330 aa  379  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.64 
 
 
318 aa  377  1e-103  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2009  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.22 
 
 
312 aa  375  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.22 
 
 
312 aa  375  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0395145  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5517  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.67 
 
 
315 aa  372  1e-102  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11280  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  58.33 
 
 
329 aa  368  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883785  normal  0.146231 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3805  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.51 
 
 
314 aa  369  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.387069 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.19 
 
 
313 aa  365  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000855956  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.83 
 
 
325 aa  359  3e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.47 
 
 
325 aa  359  4e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.13 
 
 
340 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.13 
 
 
340 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0814825 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1611  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.02 
 
 
313 aa  356  2.9999999999999997e-97  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.709629  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1815  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.52 
 
 
311 aa  355  6.999999999999999e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.437537  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.21 
 
 
314 aa  353  2e-96  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.167111  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.34 
 
 
319 aa  349  3e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26091  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  55.31 
 
 
313 aa  349  3e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.91787 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.19 
 
 
318 aa  347  2e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954538 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1149  dTDP-glucose 46-dehydratase  54.75 
 
 
325 aa  347  2e-94  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.985297 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.21 
 
 
311 aa  346  2e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0132998  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2307  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.85 
 
 
311 aa  347  2e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00124145  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.58 
 
 
321 aa  345  4e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.23 
 
 
308 aa  344  1e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.04 
 
 
341 aa  344  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14221  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  53.25 
 
 
311 aa  344  1e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.84912  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.21 
 
 
315 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.57 
 
 
318 aa  342  4e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4588  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  53.53 
 
 
311 aa  340  1e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.73 
 
 
318 aa  340  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.61 
 
 
316 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301245  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.73 
 
 
309 aa  340  2.9999999999999998e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0129  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.26 
 
 
322 aa  339  2.9999999999999998e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1140  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.9 
 
 
312 aa  339  4e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.193248  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1937  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.26 
 
 
311 aa  338  5e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.26 
 
 
311 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.366265  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.4 
 
 
313 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.57 
 
 
311 aa  337  9.999999999999999e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0189  putative nucleoside-diphosphate sugar epimerase  54.25 
 
 
316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.496773  decreased coverage  0.00806939 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0782  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.65 
 
 
316 aa  336  3.9999999999999995e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182086  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0893  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.94 
 
 
308 aa  335  5e-91  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0262  sugar nucleotide dehydratase  53.7 
 
 
317 aa  335  7e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.129808  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
318 aa  335  7e-91  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000151711  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4391  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.02 
 
 
350 aa  334  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.626317  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3252  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.58 
 
 
314 aa  334  1e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0363049  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.61 
 
 
308 aa  334  1e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0917118  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0162  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.07 
 
 
313 aa  333  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.4 
 
 
313 aa  333  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.376158  normal  0.0242286 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.59 
 
 
330 aa  333  3e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000230956 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3791  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.75 
 
 
313 aa  333  3e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.41 
 
 
315 aa  332  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.710301 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0261  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.09 
 
 
311 aa  332  4e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.370218  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3060  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  51.59 
 
 
331 aa  332  6e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0392933  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.58 
 
 
318 aa  330  1e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.96 
 
 
312 aa  330  1e-89  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.61 
 
 
342 aa  330  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.72 
 
 
310 aa  331  1e-89  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.453654  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.79 
 
 
324 aa  330  2e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43376  predicted protein  52.58 
 
 
326 aa  330  2e-89  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.412352  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1165  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.29 
 
 
320 aa  330  3e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0499982  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3556  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.29 
 
 
321 aa  329  4e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.45 
 
 
347 aa  328  6e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.61 
 
 
320 aa  328  6e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.579578  normal 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41531  nad-dependent epimerase/dehydratase  49.36 
 
 
514 aa  328  9e-89  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0221  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.56 
 
 
319 aa  327  1.0000000000000001e-88  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.53 
 
 
346 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.544479  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.41 
 
 
309 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.98 
 
 
348 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0212169 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
315 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.380397  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.9 
 
 
336 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.04 
 
 
330 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5784  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.91 
 
 
319 aa  326  3e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.667939  normal  0.0304013 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0024  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.44 
 
 
326 aa  323  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235622  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.1 
 
 
343 aa  323  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0230856  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14001  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  49.01 
 
 
316 aa  323  3e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
311 aa  323  3e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.747671  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>