More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2587 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2587  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  100 
 
 
510 aa  987    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.278958 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3831  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  41.94 
 
 
412 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0107958  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0752  NADH dehydrogenase (quinone)  39.13 
 
 
505 aa  216  5e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1620  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  38.89 
 
 
426 aa  195  1e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.245783 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2485  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  36.57 
 
 
430 aa  195  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.429273 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3703  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  34.32 
 
 
433 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353792  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3690  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  34.32 
 
 
433 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3763  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  34.32 
 
 
433 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.948351 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4169  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  34.87 
 
 
430 aa  170  5e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0559  NADH dehydrogenase (quinone)  31.81 
 
 
624 aa  168  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.382532  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4427  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  35.88 
 
 
412 aa  168  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.301864  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0998  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  35.66 
 
 
408 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.353019  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  30.18 
 
 
607 aa  161  3e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  30.18 
 
 
607 aa  161  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  29.23 
 
 
626 aa  159  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2080  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  29.77 
 
 
635 aa  157  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0310665  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  30.35 
 
 
421 aa  156  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1887  NADH dehydrogenase (quinone)  32.08 
 
 
592 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4067  NADH dehydrogenase (quinone)  31.87 
 
 
428 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0902793  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2864  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  29.4 
 
 
454 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  hitchhiker  0.00675695 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1857  NADH dehydrogenase (quinone)  28.31 
 
 
600 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1686  NADH dehydrogenase (quinone)  26.45 
 
 
545 aa  153  5e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2625  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28 
 
 
427 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2252  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28 
 
 
427 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000522116 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1701  NADH dehydrogenase (quinone)  30.92 
 
 
604 aa  152  1e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  29.04 
 
 
434 aa  152  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  28.3 
 
 
545 aa  150  6e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0729  [Fe] hydrogenase, HymB subunit, putative  28.46 
 
 
623 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1318  NADH dehydrogenase (quinone)  30.19 
 
 
626 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  30.19 
 
 
626 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0954  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.17 
 
 
442 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.613915 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1123  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.47 
 
 
429 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13171  NADH dehydrogenase I chain F nuoF (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain F)  28.97 
 
 
445 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  28.02 
 
 
545 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1168  NADH dehydrogenase (quinone)  23.73 
 
 
538 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.073062  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3821  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.55 
 
 
426 aa  148  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.400637  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1096  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.57 
 
 
425 aa  148  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.763284  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_635  [Fe] hydrogenase, HymB subunit  28.73 
 
 
626 aa  147  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1116  NADH dehydrogenase (quinone)  29.71 
 
 
434 aa  147  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  27.52 
 
 
597 aa  148  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  28.98 
 
 
594 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  27.88 
 
 
602 aa  147  5e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1086  NADH dehydrogenase (quinone)  26.67 
 
 
526 aa  147  5e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0471  NADH dehydrogenase (quinone)  31.38 
 
 
620 aa  147  6e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000177124  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0661  NADH dehydrogenase (quinone)  28.01 
 
 
623 aa  147  6e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.435318  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2831  NADH dehydrogenase I chain F  26.95 
 
 
425 aa  147  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2700  NADH dehydrogenase I chain F  26.95 
 
 
425 aa  147  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0429  NADH dehydrogenase (quinone)  28.1 
 
 
624 aa  147  7.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4588  NADH dehydrogenase (quinone)  30.77 
 
 
414 aa  146  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.31058  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  30 
 
 
634 aa  146  8.000000000000001e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0860011  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0782  NADH dehydrogenase (quinone)  31.86 
 
 
640 aa  145  1e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  29.15 
 
 
443 aa  146  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_767  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit E subfamily  31.61 
 
 
641 aa  145  1e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  27.25 
 
 
610 aa  145  2e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1017  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.14 
 
 
425 aa  144  4e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.37 
 
 
447 aa  144  5e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_002936  DET0864  hydrogenase subunit HymB, putative  28.57 
 
 
640 aa  143  6e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0491  NADH dehydrogenase (quinone)  29.2 
 
 
623 aa  143  6e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  27.52 
 
 
588 aa  144  6e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1828  NADH dehydrogenase (quinone)  28.54 
 
 
407 aa  143  8e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4166  NADH dehydrogenase (quinone)  32.18 
 
 
530 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1545  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.15 
 
 
438 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.349481  normal  0.139293 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0109  NADH dehydrogenase (quinone)  29.22 
 
 
656 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2479  NADH dehydrogenase (quinone)  29.78 
 
 
535 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.858375  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0550  NADH-quinone oxidoreductase chain F  28.67 
 
 
422 aa  142  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.842517  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2161  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.63 
 
 
440 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.615795  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5572  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.63 
 
 
436 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.294569  normal  0.298665 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1498  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.1 
 
 
458 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.275368  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1632  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.63 
 
 
436 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1575  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.44 
 
 
438 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2268  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.63 
 
 
436 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.121706  normal  0.072136 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2244  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.63 
 
 
436 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1599  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.44 
 
 
438 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160681  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2160  NADH dehydrogenase (quinone)  28.33 
 
 
562 aa  141  3e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0757022  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1613  NADH dehydrogenase (ubiquinone), F subunit  28.67 
 
 
422 aa  141  3e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1959  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.94 
 
 
429 aa  141  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00121653  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24670  NADH:ubiquinone oxidoreductase, NADH-binding (51 kD) subunit  27.65 
 
 
597 aa  141  3e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0914  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.91 
 
 
446 aa  141  3e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2282  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.63 
 
 
436 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.502286  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3630  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  30.99 
 
 
424 aa  141  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.414875 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1760  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.27 
 
 
426 aa  141  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  26.96 
 
 
604 aa  140  3.9999999999999997e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7686  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  26.98 
 
 
441 aa  140  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1147  NADH-quinone oxidoreductase, chain F  27.53 
 
 
426 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.450213  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3441  NADH dehydrogenase I, F subunit  29 
 
 
423 aa  140  6e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1545  NADH dehydrogenase (quinone)  28.84 
 
 
668 aa  140  6e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.793702  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  28.57 
 
 
427 aa  140  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2004  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.4 
 
 
442 aa  140  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462519  normal  0.256027 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1955  NADH dehydrogenase (quinone)  30.49 
 
 
421 aa  140  7e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0948172  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0226  NADH dehydrogenase (quinone)  28.73 
 
 
632 aa  139  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.096685  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4553  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.17 
 
 
442 aa  139  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1440  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.4 
 
 
436 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0584655  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0286  NADH-quinone oxidoreductase subunit F  26.64 
 
 
428 aa  139  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4486  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  28.18 
 
 
438 aa  139  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.144316  hitchhiker  0.0024852 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3128  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  32.38 
 
 
446 aa  139  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  26.7 
 
 
428 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232944  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1304  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  27.4 
 
 
436 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4052  NADH dehydrogenase (quinone)  33.69 
 
 
543 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0991  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  26.67 
 
 
425 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.315379  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3209  putative NADH dehydrogenase I (chain F), NuoF  26.35 
 
 
442 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489699  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>